GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 676 - 700 of 2090 in total
Pathway Name Protein Name ▲ UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
tRNA modification in the nucleus and cytosol
  • ABH8
  • ADAT1
  • ADAT2
  • ADAT3
  • ALKBH8
  • ATPBD3
  • C12orf1
  • C14orf172
  • C16orf84
  • C20orf64
  • C4orf23
  • C6orf75
  • C8orf79
  • C9orf74
  • CCDC76
  • CDKAL1
  • CTU1
  • CTU2
  • DEADC1
  • DNMT2
  • DUS2
  • DUS2L
  • DXS9879E
  • EPRS
  • EPRS1
  • ESO3
  • FTSJ1
  • GCPL1
  • GITA
  • GLNS
  • ICF45
  • IPT
  • ITBA2
  • KIAA1153
  • KIAA1456
  • KIAA1767
  • KIAA1897
  • LAGE3
  • METTL1
  • METTL19
  • MOD5
  • NCS2
  • NCS6
  • NOPD1
  • NSUN2
  • NSUN6
  • OSGEP
  • PARS
  • PRPK
  • PUS3
  • PUS7
  • QARS
  • QPRS
  • QTRT1
  • QTRT2
  • QTRTD1
  • RG9MTD2
  • SAKI
  • TAD3
  • TGT
  • TGUT
  • THADA
  • THG1L
  • TP53RK
  • TPRKB
  • TRDMT1
  • TRIT1
  • TRM4
  • TRM6
  • TRM61
  • TRM9L
  • TRMT1
  • TRMT10A
  • TRMT11
  • TRMT112
  • TRMT13
  • TRMT44
  • TRMT6
  • TRMT61A
  • TRMT9B
  • URM1
  • WDR4
Homo sapiens (human)
Plasmalogen biosynthesis
  • AGPS
  • DAPAT
  • DHAPAT
  • DHRS7B
  • GNPAT
  • SDR32C1
Homo sapiens (human)
Maturation of spike protein
  • C20orf31
  • C20orf49
  • CANX
  • CGS23
  • CXorf11
  • DAD1
  • DDOST
  • EDEM2
  • FUT8
  • G19P1
  • G2AN
  • GANAB
  • GCP16
  • GCS1
  • GGNT1
  • GGNT5
  • GLCT1
  • GLYT1
  • GOLGA7
  • IAG2
  • ITM1
  • KIAA0088
  • KIAA0115
  • KIAA1292
  • KIAA1748
  • MAGT1
  • MAN1B1
  • MAN2A1
  • MANA2
  • MGAT
  • MGAT1
  • MGAT2
  • MGAT4A
  • MGAT4B
  • MGAT4C
  • MGAT5
  • MOGS
  • N33
  • NANTA3
  • OST48
  • PRKCSH
  • REAM
  • REC
  • RPN1
  • RPN2
  • S
  • SIAT1
  • SIAT3C
  • SIAT4
  • SIAT4A
  • SIAT4B
  • SIAT4C
  • SIAT6
  • SIAT7B
  • SIAT7C
  • SIAT7D
  • SIATL1
  • ST3GAL1
  • ST3GAL2
  • ST3GAL3
  • ST3GAL4
  • ST6GAL1
  • ST6GALNAC2
  • ST6GALNAC3
  • ST6GALNAC4
  • STHM
  • STT3A
  • STZ
  • TMC
  • TUSC3
  • ZDHHC10
  • ZDHHC11
  • ZDHHC2
  • ZDHHC20
  • ZDHHC3
  • ZDHHC5
  • ZDHHC8
  • ZDHHC9
  • ZDHHCL1
  • ZNF372
  • ZNF375
  • ZNF378
  • ZNF379
  • ZNF380
  • ZNF399
Homo sapiens (human)
Biosynthesis of the N-glycan precursor (dolichol lipid-linked oligosaccharide, LLO) and transfer to a nascent protein
  • ALG1
  • ALG10
  • ALG10A
  • ALG10B
  • ALG11
  • ALG12
  • ALG13
  • ALG14
  • ALG2
  • ALG3
  • ALG6
  • ALG8
  • ALG9
  • CXorf45
  • DIBD1
  • DPAGT1
  • DPAGT2
  • GLT28D1
  • GT8
  • HMAT1
  • HMT1
  • KCR1
  • MPDU1
  • NOT
  • NOT56L
  • RFT1
Homo sapiens (human)
Defective ALG9 causes CDG-1l
  • ALG9
  • DIBD1
Homo sapiens (human)
Maturation of spike protein
  • CANX
  • G19P1
  • G2AN
  • GANAB
  • GCS1
  • GGNT1
  • GLCT1
  • GLYT1
  • KIAA0088
  • MGAT
  • MGAT1
  • MOGS
  • PRKCSH
  • S
Homo sapiens (human)
N-glycan trimming and elongation in the cis-Golgi
  • GGNT1
  • GLCT1
  • GLYT1
  • MANEA
  • MGAT
  • MGAT1
Homo sapiens (human)
N-Glycan antennae elongation
  • B4GALT1
  • B4GALT2
  • B4GALT3
  • B4GALT4
  • B4GALT5
  • B4GALT6
  • CGS23
  • GGNT5
  • GGTB2
  • MGAT4A
  • MGAT4B
  • MGAT4C
  • MGAT5
  • NANTA3
  • SIAT1
  • SIAT4C
  • SIAT8B
  • SIAT8C
  • SIAT8F
  • ST3GAL4
  • ST6GAL1
  • ST8SIA2
  • ST8SIA3
  • ST8SIA6
  • STX
  • STZ
Homo sapiens (human)
Defective MGAT2 causes CDG-2a
  • MGAT2
Homo sapiens (human)
COPII-mediated vesicle transport
  • AAT
  • ANKRD28
  • AREG
  • AREGB
  • BET1
  • BET3
  • BET5
  • C11orf23
  • C14orf163
  • C20orf140
  • C5orf8
  • CD59
  • CNIH
  • CNIH1
  • CNIH2
  • CNIH3
  • CNIL
  • COL7A1
  • CPPI
  • CSNK1D
  • CTSC
  • CTSZ
  • D3S1231E
  • EHOC1
  • ERGIC53
  • ERGL
  • F5
  • F5F8D
  • F8
  • F8C
  • FOLR
  • FOLR1
  • GLUA1
  • GLUH1
  • GLUR1
  • GOLGA2
  • GOLPH5
  • GORASP1
  • GOSR2
  • GRASP65
  • GRIA1
  • GS27
  • HCKID
  • KIAA0079
  • KIAA0310
  • KIAA0379
  • KIAA0755
  • KIAA0905
  • KIAA0917
  • KIAA1115
  • KIAA1558
  • KIAA1882
  • KIAA1928
  • LMAN1
  • LMAN1L
  • LMAN2
  • LMAN2L
  • LZTR2
  • MCFD2
  • MIC11
  • MIN1
  • MIN2
  • MIN3
  • MSK21
  • MUM2
  • NAPA
  • NAPB
  • NAPG
  • NIBP
  • NSF
  • PI
  • PP6R1
  • PP6R3
  • PPP6
  • PPP6C
  • PPP6R1
  • PPP6R3
  • PREB
  • RAB1
  • RAB1A
  • RAB1B
  • RGPR
  • RNP24
  • SAPL
  • SAPS1
  • SAPS3
  • SAR1B
  • SARA2
  • SARB
  • SBDN
  • SCFD1
  • SDGF
  • SDNSF
  • SEC12
  • SEC13
  • SEC13A
  • SEC13L1
  • SEC13R
  • SEC16
  • SEC16A
  • SEC16B
  • SEC16L
  • SEC16S
  • SEC22A
  • SEC22B
  • SEC22C
  • SEC22L1
  • SEC22L2
  • SEC22L3
  • SEC23A
  • SEC23IP
  • SEC24A
  • SEC24B
  • SEC24C
  • SEC24D
  • SEC31A
  • SEC31L1
  • SEDL
  • SERPINA1
  • SNAPA
  • SNAPB
  • SNAPG
  • STX17
  • STX5
  • STX5A
  • STXBP1L2
  • TBC1D20
  • TFG
  • TGFA
  • TMED10
  • TMED2
  • TMEM1
  • TMP21
  • TRAPPC1
  • TRAPPC10
  • TRAPPC2
  • TRAPPC2L
  • TRAPPC3
  • TRAPPC4
  • TRAPPC5
  • TRAPPC6A
  • TRAPPC6B
  • TRAPPC9
  • USO1
  • VDP
  • VIPL
  • YKT6
Homo sapiens (human)
Cargo concentration in the ER
  • AAT
  • AREG
  • AREGB
  • C5orf8
  • CD59
  • CNIH
  • CNIH1
  • CNIH2
  • CNIH3
  • CNIL
  • COL7A1
  • CPPI
  • CTAGE5
  • CTSC
  • CTSZ
  • ERGIC53
  • ERGL
  • F5
  • F5F8D
  • F8
  • F8C
  • FOLR
  • FOLR1
  • GLUA1
  • GLUH1
  • GLUR1
  • GOSR2
  • GRIA1
  • GS27
  • KIAA0079
  • KIAA0268
  • KIAA0755
  • LMAN1
  • LMAN1L
  • LMAN2
  • LMAN2L
  • MCFD2
  • MEA11
  • MEA6
  • MGEA11
  • MGEA6
  • MIA2
  • MIA3
  • MIC11
  • MIN1
  • MIN2
  • MIN3
  • MSK21
  • PI
  • PREB
  • RNP24
  • SAR1B
  • SARA2
  • SARB
  • SDGF
  • SDNSF
  • SEC12
  • SEC22B
  • SEC22L1
  • SEC23A
  • SEC24A
  • SEC24B
  • SEC24C
  • SEC24D
  • SERPINA1
  • STX5
  • STX5A
  • TANGO
  • TGFA
  • TMED10
  • TMED2
  • TMP21
  • VIPL
Homo sapiens (human)
Adrenoceptors
  • ADRA1A
  • ADRA1B
  • ADRA1C
  • ADRA1D
  • ADRA2A
  • ADRA2B
  • ADRA2C
  • ADRA2L1
  • ADRA2L2
  • ADRA2R
  • ADRA2RL1
  • ADRA2RL2
  • ADRAR
  • ADRB1
  • ADRB1R
  • ADRB2
  • ADRB2R
  • ADRB3
  • ADRB3R
  • B1AR
  • B2AR
  • B3AR
Homo sapiens (human)
Sialic acid metabolism
  • C1orf13
  • C20orf147
  • CGS23
  • CMAS
  • CTSA
  • ELNR1
  • GLB1
  • GLCNE
  • GNE
  • HDHD4
  • IBM2
  • KIAA1877
  • NANH
  • NANP
  • NANS
  • NANTA3
  • NEU1
  • NEU2
  • NEU3
  • NEU4
  • NPL
  • PPGB
  • PST
  • PST1
  • SAS
  • SIAT1
  • SIAT10
  • SIAT2
  • SIAT3C
  • SIAT4
  • SIAT4A
  • SIAT4B
  • SIAT4C
  • SIAT6
  • SIAT7A
  • SIAT7B
  • SIAT7C
  • SIAT7D
  • SIAT7E
  • SIAT7F
  • SIAT8
  • SIAT8A
  • SIAT8B
  • SIAT8C
  • SIAT8D
  • SIAT8E
  • SIAT8F
  • SIAT9
  • SIATL1
  • SLC17A5
  • SLC35A1
  • ST3GAL1
  • ST3GAL2
  • ST3GAL3
  • ST3GAL4
  • ST3GAL5
  • ST3GAL6
  • ST6GAL1
  • ST6GAL2
  • ST6GALNAC1
  • ST6GALNAC2
  • ST6GALNAC3
  • ST6GALNAC4
  • ST6GALNAC5
  • ST6GALNAC6
  • ST8SIA1
  • ST8SIA2
  • ST8SIA3
  • ST8SIA4
  • ST8SIA5
  • ST8SIA6
  • STHM
  • STX
  • STZ
Homo sapiens (human)
Dissolution of Fibrin Clot
  • AAP
  • ANX2
  • ANX2L4
  • ANX2LG
  • ANXA2
  • CAL1H
  • CAL1L
  • CLP11
  • HRG
  • LPC2D
  • MO3
  • PAI1
  • PAI2
  • PI6
  • PI7
  • PI8
  • PLANH1
  • PLANH2
  • PLAT
  • PLAU
  • PLAUR
  • PLG
  • PLI
  • PN1
  • PTI
  • S100A10
  • SERPINB2
  • SERPINB6
  • SERPINB8
  • SERPINE1
  • SERPINE2
  • SERPINF2
  • UPAR
Homo sapiens (human)
Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation
  • A2M
  • AT3
  • BDK
  • C1IN
  • C1NH
  • C1QBP
  • CPAMD5
  • F10
  • F11
  • F12
  • F2
  • F8
  • F8C
  • F8VWF
  • F9
  • GC1QBP
  • GP1BA
  • GP1BB
  • GP5
  • GP9
  • HABP1
  • HCF2
  • KLK3
  • KLKB1
  • KNG
  • KNG1
  • PCI
  • PCP
  • PI7
  • PLANH3
  • PN1
  • PRCP
  • PROC
  • PROCI
  • PROS
  • PROS1
  • SERPINA5
  • SERPINC1
  • SERPIND1
  • SERPINE2
  • SERPING1
  • SF2P32
  • VWF
Homo sapiens (human)
HDL assembly
  • A2M
  • ABC1
  • ABCA1
  • APOA1
  • CERP
  • CPAMD5
  • KIAA1292
  • PKACA
  • PRKACA
  • PRKACB
  • PRKACG
  • ZDHHC8
  • ZDHHCL1
  • ZNF378
Homo sapiens (human)
Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor
  • ADRA2A
  • ADRA2B
  • ADRA2C
  • ADRA2L1
  • ADRA2L2
  • ADRA2R
  • ADRA2RL1
  • ADRA2RL2
  • ADRAR
Homo sapiens (human)
CS/DS degradation
  • ARSB
  • BCAN
  • BEHAB
  • BGN
  • CALEB
  • CSPG2
  • CSPG3
  • CSPG4
  • CSPG5
  • CSPG7
  • DCN
  • HEXA
  • HEXB
  • HYAL1
  • HYAL3
  • IDS
  • IDUA
  • LUCA1
  • LUCA3
  • MCSP
  • NCAN
  • NEUR
  • NGC
  • SIDS
  • SLRR1A
  • SLRR1B
  • VCAN
Homo sapiens (human)
MPS I - Hurler syndrome
  • IDUA
Homo sapiens (human)
Termination of O-glycan biosynthesis
  • C6orf205
  • CA125
  • CGS23
  • DRCC1
  • KIAA1359
  • MG2
  • MUC1
  • MUC11
  • MUC12
  • MUC13
  • MUC15
  • MUC16
  • MUC17
  • MUC19
  • MUC2
  • MUC20
  • MUC21
  • MUC3
  • MUC3A
  • MUC3B
  • MUC4
  • MUC5
  • MUC5AC
  • MUC5B
  • MUC6
  • MUC7
  • MUCL1
  • NANTA3
  • PUM
  • RECC
  • SBEM
  • SIAT1
  • SIAT3C
  • SIAT4
  • SIAT4A
  • SIAT4B
  • SIAT4C
  • SIAT6
  • SIAT7B
  • SIAT7C
  • SIAT7D
  • SIATL1
  • SMUC
  • ST3GAL1
  • ST3GAL2
  • ST3GAL3
  • ST3GAL4
  • ST6GAL1
  • ST6GALNAC2
  • ST6GALNAC3
  • ST6GALNAC4
  • STHM
  • STZ
Homo sapiens (human)
Maturation of protein 3a
  • 3a
  • CGS23
  • GALNT1
  • NANTA3
  • SIAT1
  • SIAT3C
  • SIAT4
  • SIAT4A
  • SIAT4B
  • SIAT4C
  • SIAT6
  • SIAT7B
  • SIAT7C
  • SIAT7D
  • SIATL1
  • ST3GAL1
  • ST3GAL2
  • ST3GAL3
  • ST3GAL4
  • ST6GAL1
  • ST6GALNAC2
  • ST6GALNAC3
  • ST6GALNAC4
  • STHM
  • STZ
Homo sapiens (human)
Maturation of protein 3a
  • 3a
  • CGS23
  • GALNT1
  • NANTA3
  • SIAT1
  • SIAT3C
  • SIAT4
  • SIAT4A
  • SIAT4B
  • SIAT4C
  • SIAT6
  • SIAT7B
  • SIAT7C
  • SIAT7D
  • SIATL1
  • ST3GAL1
  • ST3GAL2
  • ST3GAL3
  • ST3GAL4
  • ST6GAL1
  • ST6GALNAC2
  • ST6GALNAC3
  • ST6GALNAC4
  • STHM
  • STZ
Homo sapiens (human)
MPS IIIB - Sanfilippo syndrome B
  • NAGLU
  • UFHSD1
Homo sapiens (human)
Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components
  • ACTN1
  • ARHGEF6
  • COOL2
  • KIAA0006
  • LIMS1
  • MXRA2
  • PARVA
  • PARVB
  • PINCH
  • PINCH1
  • PIXA
  • PXN
  • RSP1
  • RSU1
  • TESK1
Homo sapiens (human)
Syndecan interactions
  • ACTN1
  • CASK
  • CD49B
  • FGF2
  • FGFB
  • FNRB
  • GP3A
  • HSPG1
  • HXB
  • ITGA2
  • ITGA6
  • ITGAV
  • ITGB1
  • ITGB3
  • ITGB4
  • ITGB5
  • KIAA0468
  • LIN2
  • MDF2
  • MSK12
  • MSK8
  • PKCA
  • PRKACA
  • PRKCA
  • SBDN
  • SDC
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • TGFB
  • TGFB1
  • THBS1
  • TNC
  • TRAPPC4
  • TSP
  • TSP1
  • VNRA
  • VTN
  • VTNR
Homo sapiens (human)

About Release Notes Help Feedback

International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Contact: support@glycosmos.org

This work is licensed under Creative Commons Attribution 4.0 International


GlyCosmos Portal v4.0.0

Last updated: August 19, 2024