GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 51 - 75 of 252 in total
Pathway Name Protein Name ▲ UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
EPHB-mediated forward signaling
  • ARPC1A
  • actba
  • actbb
  • actr2
  • actr2a
  • actr2b
  • actr3
  • arp2a
  • arp2b
  • arpc1a
  • arpc1b
  • arpc2
  • arpc3
  • arpc4
  • arpc4l
  • arpc5b
  • bact
  • bactin1
  • bactin2
  • bactzf
  • cb440
  • cb871
  • cdc42
  • cdc42a
  • fa07b12
  • fj15h02
  • fj62g06
  • fk84a07
  • hrasb
  • hrasl
  • rasa1b
  • rhoac
  • rock2
  • rock2a
  • rok2
  • sdc2
  • wasla
  • wu:fa07b12
  • wu:fa22f07
  • wu:fb07d08
  • wu:fb63b05
  • wu:fj08e12
  • wu:fj15h02
  • wu:fj62g06
  • wu:fk84a07
  • wu:fk93e03
  • zgc:101093
  • zgc:103676
  • zgc:110734
  • zgc:158395
  • zgc:63918
  • zgc:64056
  • zgc:77769
  • zgc:77932
  • zgc:86828
Danio rerio (zebrafish)
RHO GTPases Activate Formins
  • actba
  • actbb
  • bact
  • bactin1
  • bactin2
  • bactzf
  • daam1b
  • daam1l
  • dvl2
  • fa91a03
  • fc83b10
  • fmnl1a
  • hm:zeh0341
  • pfn1
  • pfn2
  • pfn2a
  • pfn2b
  • pfn2l
  • rac1
  • rac1a
  • rhoac
  • sb:cb813
  • sb:eu471
  • si:ch211-87i20.1
  • srgap2
  • wu:fa91a03
  • wu:fb01g08
  • wu:fb02e10
  • wu:fb54f09
  • wu:fc05d12
  • wu:fc83b10
  • wu:fd16e02
  • wu:fd58f06
  • wu:fi35b08
  • wu:fo71e09
  • wu:fp54a02
  • zgc:55372
  • zgc:55823
  • zgc:55917
  • zgc:86790
  • zgc:86934
Danio rerio (zebrafish)
Platelet degranulation
  • ANX V
  • CYB5R1
  • IGF-1
  • IGF-1L
  • IGF-1a
  • IGF-I
  • LOC792613
  • MRP
  • PAI
  • PAI-1
  • PAI1
  • PLANH1
  • TAGLN
  • Tbeta11
  • VWF
  • abcc4
  • actbb
  • actn2
  • actn2b
  • ahsg
  • ahsg1
  • ai39657
  • aldoa
  • aldoaa
  • antivin
  • anx
  • anx5
  • anxa5
  • anxa5b
  • apoa
  • apoa1
  • apoa1a
  • apool
  • app
  • appa
  • atv
  • atv2
  • bactin2
  • cb1019
  • cb223
  • cb420
  • cb720
  • cb73
  • cb79
  • cb989
  • cd163
  • cd36
  • cd63
  • cdc37l1
  • cfd
  • cfdl
  • chid1
  • clu
  • ctsf
  • cuzn
  • cxcl-c13d
  • cxcl8b.1
  • cxcl8b.3
  • cyb5r1
  • dZ52I16.4
  • dia1
  • etID32613.12
  • f13a1
  • f13a1b
  • f5
  • fa92e03
  • fa96h09
  • fam3c
  • fam49bb
  • fb08c07
  • fb11g09
  • fb52d02
  • fb61f12
  • fb63c02
  • fc21c08
  • fc21h08
  • fe38b03
  • fi27b02
  • figf
  • fj34a12
  • fj40h03
  • fo83d04
  • gas6
  • hm:zeh0062
  • hm:zehn2160
  • igf1
  • igf2
  • igf2a
  • igf2b
  • ik:tdsubc_2b12
  • il8l1
  • im:6902790
  • im:6909481
  • im:7044540
  • im:7144020
  • ino80e
  • itga2b
  • itgb3.1
  • itgb3b
  • itih3a
  • itih3a.1
  • lft1
  • lft2
  • lgals3bp
  • lgals3bpa
  • lhfpl2a
  • mage
  • manf
  • ndnl2
  • ola1
  • pdgfab
  • pdgfbb
  • plek
  • pros1
  • sb:cb420
  • sb:cb79
  • sccpdha
  • sccpdha.1
  • scg3
  • selp
  • sepp1a
  • serpine1
  • serpinf2b
  • si:busm1-52i16.4
  • si:bz20i5.3
  • si:ch1073-474e24.1
  • si:ch211-133n4.4
  • si:ch211-138a11.1
  • si:ch211-165i18.2
  • si:ch211-186e20.7
  • si:ch211-229i10.3
  • si:ch211-260g14.4
  • si:ch211-284e20.8
  • si:ch73-54f23.2
  • si:dkey-243k1.3
  • si:dkey-27b3.6
  • si:dkey-46g23.4
  • si:dkeyp-105g12.2
  • si:dz202l16.5
  • si:dz52i16.4
  • sm22[a]
  • sod1
  • sparc
  • stxbp2
  • sytl4
  • tagln2
  • tagln3
  • tex264a
  • tgfb1
  • tgfb1a
  • tgfb2
  • tgfb3
  • timp2
  • timp2a
  • timp2b
  • timp2l
  • tmsb4x
  • tmx3b
  • tor4a
  • vcl
  • vcla
  • vegf
  • vegf-d
  • vegfa
  • vegfaa
  • vegfc
  • vegfd
  • vti1b
  • vwf
  • wu:fa28b10
  • wu:fa92e03
  • wu:fa96h09
  • wu:fa98f06
  • wu:fb08c07
  • wu:fb10b11
  • wu:fb11g09
  • wu:fb13a07
  • wu:fb13e02
  • wu:fb15h03
  • wu:fb16b08
  • wu:fb52d02
  • wu:fb61f12
  • wu:fb63c02
  • wu:fb63g02
  • wu:fc21c08
  • wu:fc21h08
  • wu:fc32c12
  • wu:fc34h12
  • wu:fc78g09
  • wu:fd21h06
  • wu:fd44c03
  • wu:fe38b03
  • wu:fi27b02
  • wu:fj08a12
  • wu:fj10f10
  • wu:fj34a12
  • wu:fj34d10
  • wu:fj40h03
  • wu:fk65e12
  • wu:fo83d04
  • xx:ai39657
  • xx:tdsubc_2b12
  • zgc:101850
  • zgc:103687
  • zgc:109940
  • zgc:123223
  • zgc:136726
  • zgc:153093
  • zgc:153249
  • zgc:153327
  • zgc:153334
  • zgc:153988
  • zgc:154001
  • zgc:158410
  • zgc:171446
  • zgc:172339
  • zgc:195198
  • zgc:56042
  • zgc:63525
  • zgc:63860
  • zgc:65825
  • zgc:65967
  • zgc:66013
  • zgc:73352
  • zgc:77709
  • zgc:85740
  • zgc:85799
  • zgc:85807
  • zgc:92058
  • zgc:92376
  • zgc:92513
  • zgc:92525
Danio rerio (zebrafish)
Acyl chain remodelling of PG
  • aytl2
  • cpla2
  • crls1
  • fc21c12
  • fj66b10
  • lpcat1
  • lpgat1
  • pla2g10
  • pla2g12a
  • pla2g3
  • pla2g4
  • pla2g4a
  • si:dkey-30h14.2
  • wu:fc21c12
  • wu:fj66b10
  • zgc:112278
  • zgc:162119
  • zgc:85909
Danio rerio (zebrafish)
Glycerophospholipid biosynthesis
  • agk
  • cpne7
  • mulk
Danio rerio (zebrafish)
PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases
  • LOC100004299
  • arhgap35a
  • crk
  • dock1
  • fb34h10
  • fc05a01
  • fi19g05
  • hrasb
  • hrasl
  • nras
  • ptk6b
  • pxn
  • pxna
  • rac1
  • rac1a
  • rasa1b
  • rhoac
  • wu:fb34h10
  • wu:fc05a01
  • wu:fc54a04
  • wu:fd16e02
  • wu:fi19g05
  • wu:fw71f12
  • zgc:100936
  • zgc:110734
  • zgc:153964
  • zgc:55823
  • zgc:55917
  • zgc:86934
Danio rerio (zebrafish)
ARMS-mediated activation
  • arms
  • crk
  • fb34h10
  • fc05a01
  • fi19g05
  • kidins220
  • kidins220b
  • ngf
  • ngfb
  • rap1a
  • rap1aa
  • wu:fb34h10
  • wu:fc05a01
  • wu:fc54a04
  • wu:fc66g06
  • wu:fi19g05
  • zgc:100936
  • zgc:86676
Danio rerio (zebrafish)
Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity
  • hint1
  • kit
  • kita
  • kitla
  • kitlga
  • mapk1
  • mitfb
  • sparse
  • zERK2
Danio rerio (zebrafish)
Surfactant metabolism
  • NaPi-IIb2
  • a2aa
  • ada2a
  • adora2a.1
  • adora2aa
  • adora2b
  • cecr1
  • cecr1a
  • ckap4
  • dhhc2
  • etID42583.2
  • fb68b07
  • hbl3
  • hbl4
  • mbl
  • mbl2
  • scara5
  • si:ch211-284o19.5
  • si:dkey-13b16.1
  • slc34a2b
  • wu:fb68b07
  • wu:fi68d06
  • zdhhc2
  • zgc:109836
Danio rerio (zebrafish)
Methylation
  • AHCY
  • CYP1A
  • D150
  • MAT2AA
  • ahcy
  • as3mt
  • cb1079
  • comta
  • cyp1A1
  • cyp1a
  • cyp1a1
  • ducttrip
  • fd12a12
  • fd58h04
  • gsto1
  • hm:zeh1173
  • hm:zeh1364
  • mat1a
  • mat2a
  • mat2aa
  • mat2b
  • n6amt1
  • si:ch73-340n8.1
  • si:ch73-345a19.3
  • tpmt
  • tpmt.2
  • trmt112
  • wu:fb63b04
  • wu:fb95e01
  • wu:fd12a12
  • wu:fd58h04
  • wu:fi35e01
  • wu:fj67b02
  • zfCYP1A
  • zgc:109747
  • zgc:110652
  • zgc:136933
  • zgc:55442
  • zgc:64002
  • zgc:92254
  • zgc:92834
Danio rerio (zebrafish)
EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination
  • adgrg6
  • gpr126
Danio rerio (zebrafish)
Calcitonin-like ligand receptors
  • adm2
  • adm2a
  • calc
  • calca
  • calcrl
  • calcrla
  • cgrp
  • imdn
  • ramp1
  • ramp2
  • si:dkey-22l11.3
  • zgc:174936
  • zgc:92886
Danio rerio (zebrafish)
Peptide ligand-binding receptors
  • ACTH
  • DOR2
  • EDN3
  • EDN3a
  • Ednra2
  • MSH
  • NPYRYC
  • Npy1r
  • PPSS1
  • PPSS3
  • SI:bZ36D5.1
  • SI:bZ36D5.4
  • SS1
  • SS2
  • agt
  • agtr1b
  • agtr2
  • agtrl1
  • agtrl1a
  • agtrl1b
  • apln
  • aplnr2
  • aplnr3
  • aplnra
  • aplnrb
  • cort
  • ece1
  • edn1
  • edn3
  • edn3b
  • ednr-a
  • ednra
  • ednraa
  • ednrb1
  • ednrb1a
  • ednrba
  • et-1
  • fb12g05
  • fb14d01
  • fd11b07
  • fd57e04
  • gal
  • galn
  • galr2a
  • gper1
  • grn
  • im:7160079
  • kiss1
  • kiss1rb
  • mc1r
  • mc2r
  • mc3r
  • mc4r
  • mc5br
  • mc5ra
  • mc5rb
  • npy
  • npy1r
  • npy4r
  • npy8ar
  • npy8br
  • npyrya
  • npyryb
  • npyryc
  • nts
  • ntsr1
  • oprd1b
  • or4
  • penk
  • penkb
  • pomc
  • pomca
  • ppg
  • prok1
  • prok2
  • prokr1a
  • prokr1b
  • prokr1l
  • pyy
  • pyya
  • sb:eu249
  • si:bz36d5.2
  • si:ch211-157p22.8
  • si:ch211-202p1.5
  • si:ch211-44l19.2
  • si:dkey-211h10.1
  • si:dkey-253i9.3
  • sst1
  • sst1.1
  • sst3
  • sst7
  • sstr1b
  • sstr5
  • wu:fb12g05
  • wu:fb14d01
  • wu:fb62f06
  • wu:fb75g12
  • wu:fd11b07
  • wu:fd57e04
  • wu:fj87b02
  • zMC5b
  • zgc:111892
  • zgc:113016
  • zgc:153708
  • zgc:154079
  • zgc:194217
  • zgc:194235
  • zgc:194624
  • zgc:194648
  • zgc:194694
  • zgc:194705
  • zgc:195074
  • zgc:195090
  • zgc:92779
  • zya
  • zyb
Danio rerio (zebrafish)
RND2 GTPase cycle
  • Aldh-III
  • CAV1
  • LOC100004299
  • Rho
  • aldh3a2
  • aldh3a2a
  • arhgap1
  • arhgap35a
  • arhgap5
  • arhn
  • arms
  • cav1
  • ckap4
  • dsg2
  • dsg2.1
  • dsga
  • epha2
  • epha2a
  • fam83b
  • fk03b12
  • fk61c06
  • frs3
  • heg
  • id:ibd5152
  • kctd13
  • kidins220
  • kidins220b
  • llk
  • lrrc1
  • nudc
  • pik3r1
  • pik3r2
  • plxnd1
  • rbm39a
  • rbm39b
  • rnd2
  • rnpc2
  • rnpc2l
  • rtk6
  • scrb1
  • scrib
  • si:dz163l24.1
  • stb2
  • stbm
  • tfr1a
  • tnfaip1
  • tri
  • vangl1
  • vangl2
  • wu:cegs2891
  • wu:fa97g07
  • wu:fb09c08
  • wu:fb65b05
  • wu:fc06b11
  • wu:fc07c04
  • wu:fi06b02
  • wu:fk03b12
  • wu:fk61c06
  • zgc:101523
  • zgc:110361
  • zgc:112139
  • zgc:113117
  • zgc:153204
  • zgc:55302
  • zgc:55780
  • zgc:56099
  • zgc:77379
  • zgc:85670
  • zgc:92064
Danio rerio (zebrafish)
RND1 GTPase cycle
  • Aldh-III
  • CAV1
  • LOC100004299
  • aldh3a2
  • aldh3a2a
  • arhgap35a
  • arhgap5
  • arms
  • cav1
  • cpda
  • dspa
  • epha2
  • epha2a
  • fam83b
  • fb36h09
  • fi33b05
  • flot2a
  • frs3
  • heg
  • id:ibd5152
  • im:6911394
  • kidins220
  • kidins220b
  • pik3r1
  • pik3r2
  • plxna1
  • plxna1b
  • rbm39a
  • rbm39b
  • rnd1a
  • rnd1b
  • rnd1l
  • rnpc2
  • rnpc2l
  • rras2
  • rtk6
  • scg10
  • scgn10
  • si:dkey-181m9.10
  • stb2
  • stbm
  • stip1
  • stmn2
  • stmn2b
  • tfr1a
  • tmem59
  • tri
  • vangl1
  • vangl2
  • wu:fa97g07
  • wu:fb09c08
  • wu:fb36h09
  • wu:fb65b05
  • wu:fc06b11
  • wu:fc07c04
  • wu:fc47b08
  • wu:fi33b05
  • wu:fk50c04
  • zgc:110132
  • zgc:110215
  • zgc:112139
  • zgc:113117
  • zgc:153089
  • zgc:194621
  • zgc:55780
  • zgc:92064
  • zgc:92133
Danio rerio (zebrafish)
Fructose biosynthesis
  • akr1b1.2
  • si:dkey-180p18.9
  • zgc:153855
Danio rerio (zebrafish)
Digestion
  • alp3
  • alpi
  • alpi.1
  • alpi.2
  • fb68b10
  • im:7149588
  • si:ch211-262h13.1
  • si:ch211-262h13.2
  • wu:fa95f04
  • wu:fb68b10
  • zgc:110409
  • zgc:110794
Danio rerio (zebrafish)
Synthesis of Dolichyl-phosphate
  • dhdds
  • dolk
  • dolpp1
  • mvd
  • mvda
  • ngbr
  • nus1
  • srd5a3
  • wu:fd56c06
  • zgc:101585
  • zgc:77088
Danio rerio (zebrafish)
Lewis blood group biosynthesis
  • LOC565422
  • LOC796410
  • LOC798349
  • b3galt10.1
  • b3galt11
  • b3galt2
  • fe05b03
  • fut10
  • fut11
  • fut7
  • fut9a
  • im:7151092
  • siat4c
  • st3gal4
  • wu:fe05b03
  • zgc:152705
  • zgc:158162
  • zgc:194168
  • zgc:194170
  • zgc:194313
  • zgc:194330
  • zgc:76904
Danio rerio (zebrafish)
Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway
  • CH73-301C19.1
  • chst10
  • fuca1.2
  • fut8a
  • mgat2
  • wu:fb02a09
  • zgc:162268
Danio rerio (zebrafish)
Biosynthesis of the N-glycan precursor (dolichol lipid-linked oligosaccharide, LLO) and transfer to a nascent protein
  • alg1
  • alg12
  • alg3
  • alg8
  • dpagt1
  • fb18d03
  • mpdu1b
  • si:ch211-117m20.1
  • si:dkey-164m14.3
  • si:rp71-1p14.2
  • wu:fb18d03
  • wu:fi19e09
  • wu:fi19f07
  • wu:fi34b12
  • zgc:112396
  • zgc:112507
  • zgc:66221
  • zgc:86765
Danio rerio (zebrafish)
N-glycan trimming and elongation in the cis-Golgi
  • fi29h09
  • manea
  • mgat1b
  • si:ch211-152p11.3
  • wu:fi29h09
  • zgc:153912
  • zgc:92825
Danio rerio (zebrafish)
N-Glycan antennae elongation
  • CH1073-177A15.1
  • b4galt1l
  • b4galt2
  • b4galt4
  • b4galt5
  • b4galt6
  • cb394
  • fk70b01
  • id:ibd5161
  • im:7151092
  • mgat4bQ9UQ53
  • mgat5
  • mgat5a
  • si:ch211-261p7.4
  • si:dkeyp-4h4.2
  • siat 8C
  • siat4c
  • siat8
  • st3gal4
  • st8sia2
  • st8sia3
  • wu:fk70b01
  • zgc:101780
  • zgc:136939
  • zgc:154116
  • zgc:158162
  • zgc:55730
Danio rerio (zebrafish)
Adrenoceptors
  • adra1bb
  • adra2a
  • adra2b
  • adra2c
  • adrb1
  • adrb2b
  • zgc:103685
  • zgc:162188
  • zgc:194728
  • zgc:194731
Danio rerio (zebrafish)
G alpha (12/13) signalling events
  • adra1bb
  • arhgef11
  • arhgef18
  • arhgef18a
  • arhgef37
  • arhgef39
  • fgd4
  • fgd4a
  • fj59e07
  • gna12
  • gna12a
  • gna12l
  • gna13
  • gna13a
  • rasgrf2
  • rhoac
  • rock2
  • rock2a
  • rok2
  • si:ch211-194i18.1
  • si:dkey-57m7.1
  • sos1
  • tbxa2r
  • trio
  • wu:fc21e04
  • wu:fe25e05
  • wu:fj05f11
  • wu:fj59e07
  • zgc:103517
  • zgc:103685
  • zgc:112436
  • zgc:158274
  • zgc:85686
Danio rerio (zebrafish)

About Release Notes Help Feedback

International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


Logo License Policies Site Map

Contact: support@glycosmos.org

This work is licensed under Creative Commons Attribution 4.0 International


GlyCosmos Portal v4.0.0

Last updated: August 19, 2024