GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 101 - 125 of 263 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
B-WICH complex positively regulates rRNA expression
  • ACTB
  • DEK
  • H2A-IX
  • H2AF
  • H2AFX
  • H2AZ2
  • H2B-I
  • H2B-II
  • H2B-III
  • H2B-IV
  • H2B-V
  • H2B-VI
  • H2B-VII
  • H2B-VIII
  • H3-I
  • H3-II
  • H3-III
  • H3-IV
  • H3-IX
  • H3-V
  • H3-VI
  • H3-VII
  • H3-VIII
  • H3-X
  • H4-I
  • H4-II
  • H4-III
  • H4-IV
  • H4-V
  • H4-VI
  • H4-VII
  • HIST1H2B5L
  • LOC100859381
  • LOC426037
  • POLR1B
  • POLR2E
  • POLR2L
  • RPB6
  • SF3B1
  • TAF1B
  • TBP
Gallus gallus (chicken)
Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere
  • APITD1
  • CENPH
  • CENPI
  • CENPL
  • CENPM
  • CENPN
  • CENPO
  • CENPS
  • CENPT
  • CENPW
  • H2A-IX
  • H2AF
  • H2AFX
  • H2AZ2
  • H2B-I
  • H2B-II
  • H2B-III
  • H2B-IV
  • H2B-V
  • H2B-VI
  • H2B-VII
  • H2B-VIII
  • H4-I
  • H4-II
  • H4-III
  • H4-IV
  • H4-V
  • H4-VI
  • H4-VII
  • HIST1H2B5L
  • LOC100859381
  • LOC426037
  • MIS18A
  • OIP5
  • RBBP4
  • RUVBL1
Gallus gallus (chicken)
GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins
  • FAK
  • FAK1
  • FN1
  • GRB2
  • ITGB3
  • PTK2
  • RAP1A
  • RAP1B
  • SOS1
  • SRC
Gallus gallus (chicken)
G alpha (i) signalling events
  • ADORA1
  • ADRA2A
  • ADRA2C
  • APLN
  • APLNR
  • APLNR1
  • BDKRB1
  • CCL19
  • CCL20
  • CCL26
  • CCL4
  • CCLL4
  • CCLi10
  • CCLi6
  • CCLi7
  • CCLi8
  • CCLi9
  • CCR5
  • CCR7
  • CCR8
  • CCRa
  • CEF4
  • CHRM2
  • CM2
  • CX3CL1
  • CX3CR1
  • CXCL13
  • CXCL8
  • CXCR1
  • CXCR4
  • CXCR5
  • DRD3
  • DRD4
  • EMF1
  • EP3
  • GABBR2
  • GAL
  • GALR
  • GNAI1
  • GNAI2
  • GNAI3
  • GNAT2
  • GNAT3
  • GNB1
  • GNB3
  • GNB4
  • GNG10
  • GNG12
  • GNG13
  • GNG2
  • GNG5
  • GNGT2
  • GPER1
  • GPR1
  • GPR18
  • GPR37L1
  • GPR55
  • GPSM2
  • GRM3
  • Galphai3
  • HTR1B
  • HTR1D
  • HTR1E
  • HTR1F
  • IL8
  • LOC100857191
  • LOC101747503
  • LOC428525
  • LPAR1
  • LPAR3
  • MIP-3alpha
  • MTNR1B
  • NMS
  • NMU
  • NMUR1
  • NMUR2
  • NPBWR1
  • NPW
  • NPY
  • NPY1R
  • NPY2R
  • NPY4R
  • NPY5R
  • OPN3
  • OPN5
  • OPRK1
  • OPRL1
  • OPRM1
  • PENK
  • PMCH
  • PNOC
  • PPY
  • PTGER3
  • PYY
  • RGR
  • RGS17
  • RGS18
  • RGS20
  • RGS4
  • RGS5
  • RGS7
  • RGS8
  • RHO
  • RRH
  • S1PR2
  • SCYA4
  • SRC
  • SS1R
  • SS2
  • SS2R
  • SS3R
  • SST
  • SSTR1
  • SSTR2
  • SSTR4
  • SSTR5
  • SUCNR1
  • TAS2R1
  • TAS2R40
  • TAS2R7
  • UTS2R
  • XCL1
  • cOpn3m
  • k60
  • scyc1
Gallus gallus (chicken)
Lysosomal oligosaccharide catabolism
Gallus gallus (chicken)
Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins
  • ALPL
  • B-FIV
  • BF1
  • BF2
  • BFIV21
  • BST1
  • CNTN5
  • CPM
  • FAR2
  • LOC101747868
  • LY6CLEL
  • LYPD1
  • LYPD6B
  • NRN1
  • NRN1L
  • OPCML
  • PRN-P
  • PRNP
  • RECK
  • RTN4R
  • SPRN
  • TECTB
  • THY1
Gallus gallus (chicken)
Regulation of IFNA/IFNB signaling
  • IFN-gamma
  • IFN2
  • IFNA
  • IFNA1
  • IFNA2
  • IFNA3
  • IFNB
  • JAK1
  • LOC100857947
  • LOC100858506
  • LOC100859414
  • LOC768614
  • PTPN1
  • PTPN11
  • RCJMB04_17i9
Gallus gallus (chicken)
Asparagine N-linked glycosylation
Gallus gallus (chicken)
Ub-specific processing proteases
  • ADRB2
  • AR
  • AXIN1
  • AXIN2
  • CCNA1
  • CCNA2
  • CDC20
  • ChALK5
  • DDB2
  • H2A-IX
  • H2AFX
  • H2B-I
  • H2B-II
  • H2B-III
  • H2B-IV
  • H2B-V
  • H2B-VI
  • H2B-VII
  • H2B-VIII
  • HIST1H2B5L
  • LOC426037
  • LOC769000
  • MADH2
  • MADH3
  • MDM2
  • MYC
  • PTRH2
  • RPS27A
  • RUVBL1
  • SIAH2
  • SKP2
  • SMAD1
  • SMAD3
  • SMAD7
  • SNX3
  • TGFBR1
  • TOMM20
  • TOMM70
  • TRAF6
  • UAF1
  • UBA80
  • UBB
  • USP12
  • USP15
  • USP34
  • USP44
  • Ufd1l
  • WDR20
  • WDR48
Gallus gallus (chicken)
Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity
  • AIMP1
  • DARS
  • EPRS
  • KIT
  • KITLG
  • RPS6KA
  • RSK
  • SCF
  • WNT3A
  • XPO1
  • chPKCI
Gallus gallus (chicken)
O-glycosylation of TSR domain-containing proteins
  • ADAMTS10
  • ADAMTS15
  • ADAMTS3
  • ADAMTS5
  • ADAMTS6
  • SEMA5A
Gallus gallus (chicken)
HATs acetylate histones
  • H2A-IX
  • H2AFX
  • H2B-I
  • H2B-II
  • H2B-III
  • H2B-IV
  • H2B-V
  • H2B-VI
  • H2B-VII
  • H2B-VIII
  • H3-I
  • H3-II
  • H3-III
  • H3-IV
  • H3-V
  • H3-VI
  • H3-VII
  • H3-VIII
  • H4-I
  • H4-II
  • H4-III
  • H4-IV
  • H4-V
  • H4-VI
  • H4-VII
  • HAT1
  • HIST1H2B5L
  • LOC426037
  • MSL2
  • MSL3
  • NCOA1
  • PAX3
  • Pax3
Gallus gallus (chicken)
Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3
  • AR
  • H2A-IX
  • H2AF
  • H2AFX
  • H2AZ2
  • H2B-I
  • H2B-II
  • H2B-III
  • H2B-IV
  • H2B-V
  • H2B-VI
  • H2B-VII
  • H2B-VIII
  • H3-I
  • H3-II
  • H3-III
  • H3-IV
  • H3-IX
  • H3-V
  • H3-VI
  • H3-VII
  • H3-VIII
  • H3-X
  • H4-I
  • H4-II
  • H4-III
  • H4-IV
  • H4-V
  • H4-VI
  • H4-VII
  • HIST1H2B5L
  • LOC100859381
  • LOC426037
Gallus gallus (chicken)
G alpha (q) signalling events
  • ADRA1A
  • ADRA1B
  • ADRA1D
  • AGTR1
  • ASPR
  • BDKRB1
  • BRS3.5
  • CCK1R
  • CCKAR
  • CCL26
  • CCL4
  • CCLL4
  • CCLi10
  • CCLi7
  • CCLi8
  • CCLi9
  • CCXCR1-L
  • CHRM5
  • CX3CL1
  • CYSLTR1
  • CYSLTR2
  • EDN2
  • EDNRA
  • F2RL1
  • F2RL2
  • GCG
  • GHRL
  • GNA11
  • GNAQ
  • GNB1
  • GNB3
  • GNB4
  • GNG10
  • GNG12
  • GNG13
  • GNG2
  • GNG5
  • GNGT2
  • GNRH1
  • GNRHR1/III
  • GPR103
  • GPR132
  • GPR39
  • GPR65
  • GRM1
  • GRM5
  • GRP
  • HCRT
  • HRH1
  • HTR2A
  • HTR2B
  • HTR2C
  • HTR2b
  • LPAR1
  • LPAR3
  • LPAR4
  • MLNR
  • MT
  • NMB
  • NMBR
  • NMS
  • NMU
  • NMUR1
  • NMUR2
  • NPFF1
  • NPSR1
  • NTSR1
  • OXT
  • OXTR
  • P2RY1
  • P2RY3
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PLCB1
  • PLCB4
  • PMCH
  • PROK2
  • PTAFR
  • PTGFR
  • QRFPR
  • RGS17
  • RGS18
  • RGS2
  • RGS4
  • RGS5
  • SCYA4
  • TAC1
  • TACR1
  • TACR3
  • TBXA2R
  • TRH
  • TRHR
  • TRIO
  • UTS2
  • UTS2R
  • ghr
  • ghre
  • tac1
Gallus gallus (chicken)
Metal ion SLC transporters
  • NRAMP1
  • SLC11A1
  • SLC40A1
  • SLC41A1
  • SLC41A2
Gallus gallus (chicken)
Keratan sulfate biosynthesis
  • B3GNT2
  • B4GALT2
  • B4GALT6
  • CHST2
  • FMOD
  • KERA
  • LDC
  • LUM
  • OGN
  • SIAT4A
  • ST3GAL1
Gallus gallus (chicken)
Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis
  • AGFG1
  • AP2A2
  • AP2M1
  • AREG
  • BTC
  • CLTA
  • COPS2
  • COPS3
  • COPS7A
  • COPS8
  • CSN3
  • EGFR
  • EPGN
  • EPN2
  • EREG
  • GRB2
  • HBEGF
  • HEGFL
  • IL7R
  • M6PR
  • RCJMB04_15i11
  • RCJMB04_1g20
  • RPS27A
  • SCARB2
  • SH3GL2
  • SH3GL3
  • SH3P4
  • SLC2A8
  • SYBL1
  • SYT1
  • TOR1B
  • UBA80
  • UBB
  • VAMP3
  • VAMP7
Gallus gallus (chicken)
MyD88:TIRAP-dependent cascade initiated on plasma membrane
  • LY96
  • MYD88
  • RCJMB04_17b10
  • RCJMB04_29d24
  • TIRAP
  • TLR1
  • TLR1Lb
  • TLR2-1
  • TLR4
Gallus gallus (chicken)
Antimicrobial peptides
  • ANG
  • CATH
  • CATHB1
  • CATHL1
  • CATHL2
  • CATHL3
  • CHGA
  • CL2
  • CMAP27
  • GNLY
  • LYZ
Gallus gallus (chicken)
TLR15 cascade
  • TLR15
Gallus gallus (chicken)
Termination of O-glycan biosynthesis
  • SIAT4A
  • ST3GAL1
Gallus gallus (chicken)
Receptor-type tyrosine-protein phosphatases
  • LOC121106448
  • NTRK3
  • SLITRK1
  • TRKC
Gallus gallus (chicken)
Sialic acid metabolism
  • NANS
  • NEU2
  • RCJMB04_7b17
  • SIAT4A
  • SIAT7A
  • SIAT8C
  • ST3GAL1
  • ST6GAL2
  • ST6GALNAC1
  • ST6GALNAC5
  • ST8SIA4
  • ST8SIA5
  • ST8SIA6
  • Sial-T2
Gallus gallus (chicken)
Glycolysis
  • ALDOB
  • ALDOC
  • ENO2
  • ENO4
  • GAPD
  • GAPDH
  • GNPDA1
  • GNPDA2
  • GPI
  • PFKL
  • PGAM1
  • PGM2L1
  • PKM
  • RCJMB04_32o10
  • TPI1
Gallus gallus (chicken)
Other interleukin signaling
  • CASP3
  • IFNL
  • IFNL3
  • IFNLR1
  • IL28
  • IL28B
  • IL28RA
  • IL34
  • JAK1
  • SDC1
  • SNAP
  • SNAP25
  • TXLNA
Gallus gallus (chicken)

About Release Notes Help Feedback

International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Contact: support@glycosmos.org

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GlyCosmos Portal v4.0.0

Last updated: August 19, 2024