GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 1 - 25 of 145 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
Hedgehog 'on' state
  • LOC100216108
  • LOC548926
  • MGC89679
  • RPS27A
  • Xsufu
  • aif4
  • aip4
  • cdc73
  • cep52
  • cul3
  • dwf-1
  • evc
  • evc2
  • evcl
  • gli1
  • gli2
  • gli3
  • gpr161
  • hmg20
  • hrpt2
  • hubcep52
  • itch
  • itchy
  • napp1
  • numb
  • pro1280
  • ptch1
  • rbx1
  • rpl40
  • rps27a
  • s171
  • smo
  • smurf1
  • smurf2
  • spop
  • spopl
  • sufu
  • sufuh
  • sufuxl
  • uba52
  • ubc
  • ubi-p63e
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides
  • ea6
  • eaat1
  • glast
  • glast-1
  • glast1
  • samc
  • slc1a1
  • slc1a3
  • slc1a6
  • slc1a7
  • slc25a26
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
Crosslinking of collagen fibrils
  • LOC100124878
  • lol
  • loxl
  • loxl-1
  • loxl1
  • loxl4
  • pxdn
  • pxn
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
Fructose biosynthesis
  • akr1b1
  • akr1b7
  • sord
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
G alpha (q) signalling events
  • EDG4
  • Ednra
  • G(q)
  • GNRHR1
  • GNRHR3/II
  • LOC100038286
  • LOC100124773
  • LOC100124893
  • LOC100124978
  • LOC100127646
  • LOC100127678
  • LOC100144924
  • LOC100145150
  • LOC100145351
  • LOC100145370
  • LOC100145570
  • LOC100170477
  • LOC100487890
  • LOC100491504
  • LOC101732366
  • LOC101733637
  • LOC116406441
  • LOC733883
  • LPA2
  • MGC145965
  • MGC147439
  • MGC76270
  • MGC79629
  • PI3-kinase
  • PI3K-alpha
  • UTR1
  • XB991396
  • XGB1
  • XGbeta1
  • XIFP
  • XRgs4
  • XRgs4a
  • aaa
  • abcds
  • abeta
  • abpp
  • ad1
  • adra1a
  • adra1b
  • agmx1
  • agt
  • anx1
  • anxa1
  • anxa1.1
  • app
  • appi
  • arhgef25
  • atk
  • avpr1a
  • avpr1b
  • bpk
  • brs3
  • btk
  • casr
  • cck
  • ccr2
  • chrm1
  • chrm3
  • chrm5
  • ctfgamma
  • cvap
  • edg-2
  • edg2
  • edn1
  • edn2
  • edn3
  • ednra
  • ednra-a
  • ednra-b
  • ednrb
  • ednrb1-a
  • endo-r
  • eta
  • etar
  • etax
  • etb
  • etra
  • etrb
  • f2
  • f2r
  • f2rl1
  • f2rl2
  • f2rl3
  • ffar2
  • g-alpha-q
  • g0s8
  • gaip
  • gaq
  • gcg
  • gcgr
  • geft
  • ghsr
  • glp1
  • glp2
  • gna14
  • gna14-a
  • gna14-b
  • gna15
  • gnaq
  • gnaq-a
  • gnaq-b
  • gnb1
  • gnb2
  • gnb3
  • gnb4
  • gnb5
  • gng10
  • gng12
  • gng2
  • gng3
  • gng4
  • gng7
  • gng7-a
  • gng7-b
  • gngt1
  • gngt2.1
  • gnrhr
  • gnrhr3/ii
  • gpr103
  • gpr132
  • gpr143
  • gpr23
  • gpr24
  • gpr26
  • gpr68
  • gprc6a.2
  • grk3
  • grm1
  • grm5
  • grpp
  • grpr
  • hcrt
  • hrh1
  • hscr
  • hscr2
  • htr2a
  • htr2b
  • htr2c
  • imd1
  • kng1
  • lpa1
  • lpa1r
  • lpa1r1
  • lpa2
  • lpa4
  • lpar1
  • lpar1-a
  • lpar1-b
  • lpar2
  • lpar3
  • lpar4
  • lpar6
  • lpc1
  • ltb4r2
  • mch1r
  • mchr1
  • mchr1.2
  • mchr1a
  • nmu
  • nmur1
  • nmur2
  • npffr1
  • npffr1.1
  • npffr2
  • npsr1
  • nts
  • ntsr2
  • nys6
  • oa1
  • opn4
  • oxt
  • oxtr
  • p2ry1
  • p2ry10
  • p2ry11
  • p2y1
  • p2y11
  • p55
  • p55-gamma
  • p63rhogef
  • pafr
  • par3
  • pi-plc
  • pi3-k
  • pi3k
  • pik3ca
  • pik3r1
  • pik3r2
  • pik3r3
  • plc-154
  • plc-i
  • plc154
  • plcb1
  • plcb2
  • plcb3
  • pmch
  • pn2
  • psctk1
  • ptafr
  • ptger1
  • ptgfr
  • qrfp
  • qrfpr
  • rgp4
  • rgs1
  • rgs13
  • rgs16
  • rgs17
  • rgs18
  • rgs19
  • rgs2
  • rgs4
  • rgs5
  • rgs8
  • rgsgaip
  • sczd9
  • slc1
  • tac3
  • tacr1
  • tacr3
  • tbxa2r
  • trh
  • trh-a
  • trh-b
  • uts2b
  • uts2d
  • uts2r
  • vzg-1
  • vzg1
  • xcr1
  • xgnrhr
  • xla
  • xrgs5
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
O-linked glycosylation
  • 156dag
  • LOC100158594
  • a3a
  • ago61
  • agrnr
  • b3galnt2
  • b4gat1
  • dag
  • dag1
  • dg
  • gtdc2
  • gyltl1b
  • large1
  • large2
  • pomgnt1
  • pomgnt2
  • pomk
  • pomt1
  • pomt2
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
Glycerophospholipid biosynthesis
  • agk
  • cpne1
  • cpne3
  • cpne7
  • mulk
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
Acyl chain remodelling of PC
  • LOC100135356
  • LOC100145092
  • LOC100145529
  • LOC116407767
  • agpat7
  • aytl3
  • cpla2
  • lpcat1
  • lpcat4
  • mboat1
  • mboat2
  • oact2
  • pla2
  • pla2a
  • pla2g12a
  • pla2g1b
  • pla2g1bl
  • pla2g2d
  • pla2g3
  • pla2g4
  • pla2g4a
  • pla2g4f
  • pla2g6
  • pla2r1
  • plaat4
  • ppla2
  • tmem86a
  • tmem86b
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
FGFR1c and Klotho ligand binding and activation
  • X1FGFR
  • XFGFR-1
  • bfgfr
  • cd331
  • cek
  • fgf23.1
  • fgf23.2
  • fgfbr
  • fgfr-1
  • fgfr1
  • fgfr1-a
  • fgfr1-b
  • flg
  • flt-2
  • flt2
  • hbgfr
  • kal2
  • kl
  • n-sam
  • ogd
  • xfgfr1
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
Atorvastatin ADME
  • MGC108372
  • OATP2B1
  • abcc2
  • cyp3a4
  • cyp3a4.1
  • cyp3a4.2
  • cyp3a4.3
  • esa
  • lst-3tm13
  • lst3
  • mvcd5
  • oatp1b3
  • oatp8
  • pon
  • pon1
  • pon2
  • slc21a8
  • slco1b3
  • slco2b1
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids
  • LOC100127769
  • alox5
  • alox5ap
  • esa
  • flap
  • ltc4s
  • ltc4s.1
  • ltc4s.2
  • mgst2
  • mvcd5
  • pon
  • pon1
  • pon2
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
Keratan sulfate degradation
  • LOC100135105
  • LOC100145556
  • enc-1as
  • fmod
  • glb1
  • glb1l
  • glb1l2
  • gns
  • hexb
  • ldc
  • lum
  • omd
  • prelp
  • slrr2d
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
Arachidonic acid metabolism
  • LOC496823
  • cpla2
  • dgat2l6
  • faah
  • faah-1
  • faah.2
  • faah2
  • pla2g4
  • pla2g4a
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
Hedgehog 'off' state
  • Adcy3
  • LOC100127741
  • Xsufu
  • ac7
  • adcy1
  • adcy4
  • adcy5
  • adcy6
  • adcy7
  • adcy8
  • c305c8.4
  • c380f5.1
  • cgi-53
  • cnc1
  • dnajc27
  • dnajc27-a
  • dnajc27-b
  • fuz
  • fuzzy
  • fy
  • gli1
  • gli2
  • gli3
  • gpr161
  • gs114
  • ift122
  • ift140
  • ift172
  • ift52
  • ift57
  • ift88
  • intu
  • mes
  • mks
  • mks1
  • ngd5
  • pik3cg
  • pkr1
  • ppnad1
  • prkaca
  • prkar1
  • prkar1a
  • prkar1a.2
  • prkar1b
  • prkar2a
  • prkar2b
  • pro1280
  • ptch1
  • pwdmp
  • rap1
  • rpgrip1l
  • smo
  • sufu
  • sufuh
  • sufuxl
  • tse1
  • ttc21b
  • tubl3
  • tulp3
  • wdr19
  • wdtc2
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
Neurotransmitter release cycle
  • asahl
  • naaa
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
Calcitonin-like ligand receptors
  • MGC147096
  • calca
  • calcr
  • calcrl
  • iapp
  • ramp1
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
RAF/MAP kinase cascade
  • FGF-8
  • HBGF-1
  • HBGF-2
  • HBGF-4
  • INT-2
  • LOC100124862
  • LOC100127663
  • LOC100144924
  • LOC100145251
  • LOC100145359
  • LOC100158513
  • LOC100498409
  • PI3-kinase
  • PI3K-alpha
  • X1FGFR
  • XEFGF
  • XFGFR-1
  • XFGFR-4
  • XFGFR-4a
  • XPTPa
  • XSNT
  • Xfgf-4
  • Xfgf-8
  • Xfgf4
  • Xfgf8
  • Xkl-1
  • Xsl
  • Xsl-1
  • Xsl-2
  • aFGF
  • aigf
  • angpt1
  • areg
  • bfgf
  • bfgfr
  • btc
  • c-kit
  • c-sis
  • cd331
  • cd334
  • cek
  • ecgf
  • ecgf-beta
  • ecgfa
  • ecgfb
  • efgf
  • egf
  • egfr
  • erbb4
  • erk
  • erk2
  • ert1
  • fgf-1
  • fgf-10
  • fgf-19
  • fgf-2
  • fgf-3
  • fgf-4
  • fgf-6
  • fgf-8b
  • fgf-alpha
  • fgf1
  • fgf10
  • fgf16
  • fgf19
  • fgf2
  • fgf22
  • fgf23.1
  • fgf23.2
  • fgf3
  • fgf4
  • fgf4-a
  • fgf4-b
  • fgf5
  • fgf6
  • fgf8
  • fgf8a
  • fgf8b
  • fgf9
  • fgfa
  • fgfb
  • fgfbr
  • fgfe
  • fgfr-1
  • fgfr-4
  • fgfr1
  • fgfr1-a
  • fgfr1-b
  • fgfr4
  • fgfr4-a
  • fgfr4-b
  • flg
  • flt-2
  • flt2
  • flt3
  • frs2
  • frs2a
  • frs2alpha
  • frs2b
  • frs2beta
  • frs3
  • fyn
  • glio703
  • grb2
  • hbegf
  • hbgf-3
  • hbgf-6
  • hbgf-8
  • hbgf1
  • hbgfr
  • hbgh-2
  • heptp
  • hgf
  • hlpr
  • hptpa
  • hptpalpha
  • hrasgrp1
  • hst
  • hst-1
  • hst2
  • hstf1
  • hummat1h
  • int2
  • irs1
  • jtk2
  • k-fgf
  • kal2
  • kfgf
  • kit
  • kit-a
  • kit-b
  • kitl
  • kitlg
  • kl
  • kl-1
  • klb
  • krk1
  • lrp
  • mapk
  • mapk1
  • mapk1-a
  • mapk1-b
  • mapk2
  • met
  • mgf
  • mpk1
  • n-sam
  • n-shc
  • neas
  • nshc
  • ogd
  • oma1
  • p110-beta
  • p38
  • p40
  • p41
  • p41mapk
  • p42mapk
  • pbt
  • pdgf2
  • pdgfb
  • pdgfr-alpha
  • pdgfr2
  • pdgfra
  • pdgfralpha
  • pdgfrb
  • pea-15
  • pea15
  • ped-pea15
  • pi3-k
  • pi3k
  • pi3k92e
  • pi3kbeta
  • pik3c1
  • pik3ca
  • pik3cb
  • pik3r1
  • pik3r2
  • prkm1
  • prkm2
  • ptpa
  • ptpra
  • ptprl2
  • r-ptp-alpha
  • ranbp10
  • ranbp9
  • ranbpm
  • rasgef1a
  • rasgrf2
  • rasgrp
  • rasgrp1
  • rasgrp3
  • rasgrp4
  • rptpa
  • scf
  • scfr
  • shc2
  • shc3
  • shcc
  • sis
  • snt
  • snt-1
  • snt-2
  • snt1
  • snt2
  • sos1
  • sptan1
  • sptan1-a
  • sptan1-b
  • sptb
  • sptbn4
  • steel
  • tek
  • tkf
  • xegf
  • xfgf2
  • xfgf3
  • xfgfr1
  • xfgfr4
  • xfrs2
  • xkl-1
  • xp42
  • xsrf2
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
Vitamin C (ascorbate) metabolism
  • LOC100170571
  • LOC100498331
  • LOC100498493
  • LOC548733
  • MGC89704
  • cyb5
  • cyb5a
  • cyb5r3
  • glut1
  • gsto1
  • gsto2
  • ped
  • slc23a1
  • slc23a2
  • slc2a1
  • slc2a14
  • slc2a3
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
Mitochondrial ABC transporters
  • abcb6
  • abcb7
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
CS/DS degradation
  • LOC100145556
  • MGC147411
  • PGI
  • bcan
  • bgn
  • cspg5
  • dspg1
  • enc-1as
  • hexb
  • hyal1
  • ids
  • idua
  • mps2
  • ncan
  • pg-s1
  • sids
  • slrr1a
  • vcan
  • xbgn
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
PI3K/AKT Signaling
  • ERalpha
  • ERbeta
  • FGF-8
  • HBGF-1
  • HBGF-2
  • HBGF-4
  • INT-2
  • LOC100124862
  • LOC100127663
  • LOC100144924
  • LOC100145251
  • LOC100489320
  • LOC100493997
  • LOC100498409
  • PI3-kinase
  • PI3K-alpha
  • Rac1
  • X1FGFR
  • XEFGF
  • XER
  • XFGFR-1
  • XFGFR-4
  • XFGFR-4a
  • XSNT
  • Xfgf-4
  • Xfgf-8
  • Xfgf4
  • Xfgf8
  • Xkl-1
  • Xrac
  • Xsl
  • Xsl-1
  • Xsl-2
  • Xstriatin
  • aFGF
  • aigf
  • areg
  • bfgf
  • bfgfr
  • btc
  • btnl10
  • c-kit
  • c-sis
  • cd331
  • cd334
  • cd80
  • cd86
  • cek
  • ctla4
  • ecgf
  • ecgf-beta
  • ecgfa
  • ecgfb
  • efgf
  • egf
  • egfr
  • en-7
  • er-beta
  • era
  • erb
  • erbb4
  • esr
  • esr-beta
  • esr1
  • esr1-a
  • esr1-b
  • esr2
  • esra
  • esrb
  • estrb
  • fgf-1
  • fgf-10
  • fgf-19
  • fgf-2
  • fgf-3
  • fgf-4
  • fgf-6
  • fgf-8b
  • fgf-alpha
  • fgf1
  • fgf10
  • fgf16
  • fgf19
  • fgf2
  • fgf22
  • fgf23.1
  • fgf23.2
  • fgf3
  • fgf4
  • fgf4-a
  • fgf4-b
  • fgf5
  • fgf6
  • fgf8
  • fgf8a
  • fgf8b
  • fgf9
  • fgfa
  • fgfb
  • fgfbr
  • fgfe
  • fgfr-1
  • fgfr-4
  • fgfr1
  • fgfr1-a
  • fgfr1-b
  • fgfr4
  • fgfr4-a
  • fgfr4-b
  • flg
  • flt-2
  • flt2
  • flt3
  • frs2
  • frs2a
  • frs2alpha
  • fyn
  • gab1
  • gab2
  • glio703
  • grb2
  • hbegf
  • hbgf-3
  • hbgf-6
  • hbgf-8
  • hbgf1
  • hbgfr
  • hbgh-2
  • hgf
  • hspc022
  • hst
  • hst-1
  • hst2
  • hstf1
  • icos
  • int2
  • irs1
  • jtk2
  • k-fgf
  • kal2
  • kfgf
  • kit
  • kit-a
  • kit-b
  • kitl
  • kitlg
  • kl
  • kl-1
  • klb
  • krk1
  • met
  • mgf
  • mig5
  • n-sam
  • nr3a1
  • nr3a2
  • ogd
  • p110-beta
  • p21-rac1
  • p55
  • p55-gamma
  • pbt
  • pdgf2
  • pdgfb
  • pdgfr-alpha
  • pdgfr2
  • pdgfra
  • pdgfralpha
  • pdgfrb
  • pdpk1
  • pi3-k
  • pi3k
  • pi3k92e
  • pi3kbeta
  • pik3c1
  • pik3ca
  • pik3cb
  • pik3r1
  • pik3r2
  • pik3r3
  • ptpn11
  • rac
  • rac1
  • rac2
  • rhog
  • scf
  • scfr
  • sis
  • snt
  • snt-1
  • snt1
  • steel
  • strn
  • tc-25
  • tkf
  • xegf
  • xesr-1
  • xesr1
  • xfgf2
  • xfgf3
  • xfgfr1
  • xfgfr4
  • xfrs2
  • xkl-1
  • xlERalpha1
  • xlERalpha2
  • xsrf2
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
Amino acids regulate mTORC1
  • LOC100125101
  • LOC100144985
  • MGC76017
  • MGC89120
  • Vma7
  • XPA26
  • a3
  • atp6a1
  • atp6b1
  • atp6c
  • atp6e
  • atp6f
  • atp6h
  • atp6i
  • atp6l
  • atp6s14
  • atp6v0b
  • atp6v0c
  • atp6v0d1
  • atp6v0d2
  • atp6v0e
  • atp6v0e1
  • atp6v1a
  • atp6v1a1
  • atp6v1b1
  • atp6v1b2
  • atp6v1c1
  • atp6v1c2
  • atp6v1e
  • atp6v1e1
  • atp6v1f
  • atp6v1f-a
  • atp6v1f-b
  • atp6v1g1
  • atp6v1g3
  • atp6v1h
  • atpl
  • atpv1a
  • ba11d8.2.1
  • c12orf66
  • c16orf35
  • castor1
  • castor2
  • cgthba
  • depdc5
  • ductin
  • flcn
  • fnip1
  • fnip2
  • gatsl1
  • gatsl2
  • gatsl3
  • gbl
  • hatpl
  • hbxip
  • ho68
  • hs-40
  • itfg2
  • kics2
  • lamtor1
  • lamtor2
  • lamtor3
  • lamtor4
  • lamtor5
  • lst8
  • m9.2
  • mapksp1
  • mare
  • mios
  • mlst8
  • npr3
  • nprl3
  • oc116
  • optb1
  • pa26
  • ragd
  • raptor
  • rheb
  • rheb2
  • rmd11
  • robld3
  • rptor
  • rraga
  • rragc
  • rragd
  • rta1b
  • sec13
  • sec13l1
  • seh1l
  • sesn1
  • sest1
  • sh3bgrl
  • sh3bp4
  • slc38a9
  • tbc1d24.1
  • tcirg1
  • tirc7
  • v1a
  • va68
  • vatb
  • vatf
  • vatl
  • vha55
  • vma1
  • vma16
  • vma2
  • vma21
  • vma21p
  • vma3
  • vma4
  • vph1
  • vpp2
  • vpp3
  • wdr24
  • wdr59
  • xduct
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
NOTCH2 intracellular domain regulates transcription
  • maml1
  • maml2
  • maml3
  • mamld1
  • notch1
  • rbpj
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
Elevation of cytosolic Ca2+ levels
  • itpr2
  • itpr3
  • p2rx1
  • p2rx4
  • p2rx5
  • trpc3
  • trpc6
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)
Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1
  • FGF-8
  • HBGF-1
  • HBGF-2
  • HBGF-4
  • INT-2
  • X1FGFR
  • XEFGF
  • XFGFR-1
  • Xfgf-4
  • Xfgf-8
  • Xfgf4
  • Xfgf8
  • aFGF
  • aigf
  • bfgf
  • bfgfr
  • cd331
  • cek
  • ecgf
  • ecgf-beta
  • ecgfa
  • ecgfb
  • efgf
  • fgf-1
  • fgf-10
  • fgf-2
  • fgf-3
  • fgf-4
  • fgf-6
  • fgf-8b
  • fgf-alpha
  • fgf1
  • fgf10
  • fgf2
  • fgf22
  • fgf23.1
  • fgf23.2
  • fgf3
  • fgf4
  • fgf4-a
  • fgf4-b
  • fgf5
  • fgf6
  • fgf8
  • fgf8a
  • fgf8b
  • fgf9
  • fgfa
  • fgfb
  • fgfbr
  • fgfe
  • fgfr-1
  • fgfr1
  • fgfr1-a
  • fgfr1-b
  • flg
  • flt-2
  • flt2
  • glio703
  • hbgf-3
  • hbgf-6
  • hbgf-8
  • hbgf1
  • hbgfr
  • hbgh-2
  • hst
  • hst-1
  • hst2
  • hstf1
  • int2
  • k-fgf
  • kal2
  • kfgf
  • kl
  • n-sam
  • ogd
  • plcg1
  • xfgf2
  • xfgf3
  • xfgfr1
Xenopus tropicalis (tropical clawed frog)

About Release Notes Help Feedback

International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


Logo License Policies Site Map

Contact: support@glycosmos.org

This work is licensed under Creative Commons Attribution 4.0 International


GlyCosmos Portal v4.0.0

Last updated: August 19, 2024