GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
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Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID ▼
Sphingolipid catabolism
  • ACER1
  • ACER2
  • ACER3
  • ALDH3B1
  • ALDH3B2
  • ALDH7
  • ALDH8
  • APHC
  • ASAH3
  • ASAH3L
  • KIAA1252
  • LPP1
  • LPP2
  • LPP3
  • PHCA
  • PLPP1
  • PLPP2
  • PLPP3
  • PPAP2A
  • PPAP2B
  • PPAP2C
  • SGPL1
  • SGPP1
  • SGPP2
  • SPP1
Homo sapiens (human)
Defective factor IX causes thrombophilia
  • F10
  • F8
  • F8C
  • F9
Homo sapiens (human)
Mineralocorticoid biosynthesis
  • 3BH
  • CGA
  • CYP11B2
  • CYP21
  • CYP21A2
  • CYP21B
  • HSD3B1
  • HSD3B2
  • HSDB3A
  • HSDB3B
  • LHB
Homo sapiens (human)
Pyrimidine salvage
  • CDA
  • CDD
  • DCK
  • DXF68S1E
  • ECGF1
  • FAM16AX
  • GS1
  • HDHD1
  • HDHD1A
  • PUDP
  • TK1
  • TK2
  • TYMP
  • UCK1
  • UCK2
  • UCKL1
  • UMPK
  • UP
  • UPP1
  • UPP2
  • URK1
  • URKL1
Homo sapiens (human)
GSD 0 (muscle)
  • GYG
  • GYG1
  • GYS
  • GYS1
Homo sapiens (human)
Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression
  • ADTB1
  • ADTG
  • AP19
  • AP1B1
  • AP1G1
  • AP1M1
  • AP1M2
  • AP1S1
  • AP1S2
  • AP1S3
  • B2M
  • BAM22
  • CLAPB2
  • CLAPG1
  • CLAPS1
  • CLTNM
  • HLA-A
  • HLAA
  • KIAA1175
  • PACS1
  • nef
Homo sapiens (human)
Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models
  • A4
  • AD1
  • APP
  • APT1LG1
  • BCL2L11
  • BIM
  • CANPL1
  • CANPL2
  • CAPN1
  • CAPN2
  • CAPN4
  • CAPNS
  • CAPNS1
  • CAPNS2
  • CAST
  • CD95L
  • CDC25A
  • CDC25B
  • CDC25C
  • CDC25HU2
  • CDK5
  • CDK5R
  • CDK5R1
  • CDKN5
  • FASL
  • FASLG
  • FKHRL1
  • FOXO3
  • FOXO3A
  • GOLGA2
  • JUN
  • LMN2
  • LMNB
  • LMNB1
  • NCK5A
  • NKEFB
  • PAGA
  • PAGB
  • PRDX1
  • PRDX2
  • PSSALRE
  • SOD2
  • TDPX1
  • TDPX2
  • TNFSF6
  • YWHAE
Homo sapiens (human)
Proton-coupled neutral amino acid transporters
  • PAT1
  • PAT2
  • SLC36A1
  • SLC36A2
  • TRAMD1
Homo sapiens (human)
Elastic fibre formation
  • DANCE
  • ELN
  • FBLN5
  • FBN
  • FBN1
  • FBN2
  • FBN3
  • FNRA
  • FNRB
  • FUR
  • FURIN
  • GP3A
  • ITGA5
  • ITGAV
  • ITGB1
  • ITGB3
  • ITGB6
  • KIAA1776
  • LOX
  • LOXC
  • LOXL
  • LOXL1
  • LOXL2
  • LOXL3
  • LOXL4
  • MAGP1
  • MAGP2
  • MDF2
  • MFAP2
  • MFAP5
  • MSK12
  • MSK8
  • PACE
  • PCSK3
  • VNRA
  • VTNR
Homo sapiens (human)
2-LTR circle formation
  • BAF
  • BANF1
  • BCRG1
  • DFS70
  • G22P1
  • G22P2
  • HMGA1
  • HMGIY
  • LEDGF
  • LIG4
  • PSIP1
  • PSIP2
  • XRCC4
  • XRCC5
  • XRCC6
  • gag
  • gag-pol
  • rev
  • vif
  • vpr
  • vpu
Homo sapiens (human)
CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated
  • AMER1
  • APC
  • AXIN
  • AXIN1
  • CSNK1A1
  • CTNNB
  • CTNNB1
  • DP2.5
  • FAM123B
  • GSK3B
  • KIAA0044
  • PPP2CA
  • PPP2CB
  • PPP2R1A
  • PPP2R1B
  • PPP2R5A
  • PPP2R5B
  • PPP2R5C
  • PPP2R5D
  • PPP2R5E
  • WTX
Homo sapiens (human)
Defective CUBN causes MGA1
  • AMN
  • CBLIF
  • CUBN
  • GIF
  • IFCR
  • IFMH
Homo sapiens (human)
ARMS-mediated activation
  • ARMS
  • BRAF
  • BRAF1
  • CRK
  • KIAA1250
  • KIDINS220
  • KREV1
  • MTC
  • NGF
  • NGFB
  • NTRK1
  • RAFB1
  • RAP1A
  • TRK
  • TRKA
  • YWHAB
Homo sapiens (human)
Biosynthesis of protectins
  • ALOX15
  • CYP1A1
  • CYP1A2
  • LOG15
  • LTA4
  • LTA4H
Homo sapiens (human)
Proton-coupled monocarboxylate transport
  • BSG
  • EMB
  • MCT1
  • MCT2
  • MCT3
  • MCT4
  • SLC16A1
  • SLC16A3
  • SLC16A7
  • SLC16A8
Homo sapiens (human)
Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation
  • C7orf76
  • DSS1
  • HC2
  • HC3
  • HC8
  • HC9
  • HSPC
  • IFI5111
  • KIAA0072
  • KIAA0077
  • KIAA0107
  • LMP10
  • LMP2
  • LMP7
  • LMPX
  • LMPY
  • MB1
  • MCB1
  • MECL1
  • MIP224
  • MOV34L
  • MSS1
  • NU
  • PAK2
  • PFAAP4
  • POH1
  • PROS26
  • PROS27
  • PROS30
  • PSC2
  • PSC3
  • PSC5
  • PSC8
  • PSC9
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA7L
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB11
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB5i
  • PSMB6
  • PSMB6i
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC1
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD10
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME3
  • PSME4
  • PSMF1
  • RING10
  • RING12
  • RPS27A
  • SEM1
  • SHFDG1
  • SHFM1
  • SUG1
  • SUG2
  • TBP1
  • TBP7
  • TRAP2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • X
  • Y
  • Y2
  • Z
Homo sapiens (human)
Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER
  • AQR
  • BTF2
  • BTF2P44
  • C6orf175
  • CAK
  • CAK1
  • CAP35
  • CCDC16
  • CCNH
  • CDK7
  • CDKN7
  • CHRAC17
  • CKN1
  • CSA
  • CSB
  • CUL4A
  • CUL4B
  • CYP33
  • DDB1
  • DINB1
  • DPE2
  • ERCC2
  • ERCC3
  • ERCC6
  • ERCC8
  • GTF2H1
  • GTF2H2
  • GTF2H3
  • GTF2H4
  • GTF2H5
  • GTF2S
  • HAUSP
  • HCNP
  • ISY1
  • KIAA0039
  • KIAA0560
  • KIAA0695
  • KIAA1160
  • KIAA1177
  • KIAA1530
  • LIG1
  • LIG3
  • MAT1
  • MNAT1
  • MO15
  • NMP200
  • PCNA
  • POLD
  • POLD1
  • POLD2
  • POLD3
  • POLD4
  • POLDS
  • POLE
  • POLE1
  • POLE2
  • POLE3
  • POLE4
  • POLK
  • POLR2
  • POLR2A
  • POLR2B
  • POLR2C
  • POLR2D
  • POLR2E
  • POLR2F
  • POLR2G
  • POLR2H
  • POLR2I
  • POLR2J
  • POLR2J1
  • POLR2K
  • POLR2L
  • POLRF
  • PPIE
  • PRP19
  • PRPF19
  • RBX1
  • REPA1
  • REPA2
  • REPA3
  • RFC1
  • RFC140
  • RFC2
  • RFC3
  • RFC4
  • RFC5
  • RNF66
  • RNF75
  • ROC1
  • RPA1
  • RPA14
  • RPA2
  • RPA3
  • RPA32
  • RPA34
  • RPA70
  • RPB7
  • RPS27A
  • SNEV
  • STK1
  • SYF1
  • TCEA1
  • TFIIS
  • TTDA
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • USP7
  • UVSSA
  • XAB2
  • XAP1
  • XPB
  • XPBC
  • XPD
  • XPDC
  • XRCC1
  • ZNF830
Homo sapiens (human)
Xenobiotics
  • AHR
  • AHRR
  • ARNT
  • ARNT2
  • BHLHE1
  • BHLHE2
  • BHLHE76
  • BHLHE77
  • CYP1A1
  • CYP2A13
  • CYP2A3
  • CYP2A6
  • CYP2A7
  • CYP2B6
  • CYP2C10
  • CYP2C18
  • CYP2C19
  • CYP2C8
  • CYP2C9
  • CYP2D6
  • CYP2DL1
  • CYP2E
  • CYP2E1
  • CYP2F1
  • CYP2J2
  • CYP2S1
  • CYP2W1
  • CYP3A3
  • CYP3A4
  • CYP3A43
  • CYP3A5
  • CYP3A7
  • KIAA0307
  • KIAA1234
Homo sapiens (human)
Noncanonical activation of NOTCH3
  • AD3
  • AD4
  • APH1A
  • APH1B
  • KIAA0253
  • NCSTN
  • NOTCH3
  • NSEP1
  • PEN2
  • PS1
  • PS2
  • PSEN1
  • PSEN2
  • PSENEN
  • PSF
  • PSFL
  • PSNL1
  • PSNL2
  • STM2
  • YB1
  • YBX1
Homo sapiens (human)
Neurotransmitter release cycle
  • ASAHL
  • NAAA
  • PLT
Homo sapiens (human)
NCAM signaling for neurite out-growth
  • BSPECV
  • ERK1
  • ERK2
  • FAK
  • FAK1
  • FYN
  • HRAS
  • HRAS1
  • HUBSPECV
  • HUSPECV
  • KIAA0302
  • KIAA1642
  • MAPK1
  • MAPK3
  • MSK1
  • NCAM
  • NCAM1
  • NEAS
  • NRAS
  • PRKM1
  • PRKM2
  • PRKM3
  • PTK2
  • PTPA
  • PTPRA
  • PTPRL2
  • RPS6KA5
  • SCA5
  • SOS1
  • SPTA
  • SPTA1
  • SPTA2
  • SPTAN1
  • SPTB
  • SPTB1
  • SPTB2
  • SPTBN1
  • SPTBN2
  • SPTBN3
  • SPTBN4
  • SPTBN5
Homo sapiens (human)
Pyruvate metabolism
  • AAT1
  • BRP44
  • BRP44L
  • C16orf36
  • FAHD1
  • GLO1
  • GPT
  • GPT1
  • LDH3
  • LDHA
  • LDHAL6
  • LDHAL6A
  • LDHAL6B
  • LDHB
  • LDHC
  • LDHL
  • LDHL2
  • LDHX
  • ME1
  • ME2
  • ME3
  • MPC1
  • MPC1L
  • MPC2
  • PC
  • VDAC
  • VDAC1
  • YISKL
Homo sapiens (human)
PRC2 methylates histones and DNA
  • AEBP2
  • AIM
  • CHET9
  • CXXC9
  • DNMT
  • DNMT1
  • DNMT3A
  • DNMT3B
  • EED
  • EZH2
  • H2AB1
  • H2AC14
  • H2AC18
  • H2AC19
  • H2AC20
  • H2AC4
  • H2AC6
  • H2AC7
  • H2AC8
  • H2AFA
  • H2AFB1
  • H2AFE
  • H2AFG
  • H2AFJ
  • H2AFL
  • H2AFM
  • H2AFO
  • H2AFQ
  • H2AFV
  • H2AFX
  • H2AJ
  • H2AV
  • H2AX
  • H2AZ2
  • H2BC1
  • H2BC10
  • H2BC11
  • H2BC12
  • H2BC12L
  • H2BC13
  • H2BC14
  • H2BC15
  • H2BC17
  • H2BC21
  • H2BC26
  • H2BC3
  • H2BC4
  • H2BC5
  • H2BC6
  • H2BC7
  • H2BC8
  • H2BC9
  • H2BFA
  • H2BFB
  • H2BFC
  • H2BFD
  • H2BFE
  • H2BFF
  • H2BFG
  • H2BFH
  • H2BFJ
  • H2BFK
  • H2BFL
  • H2BFN
  • H2BFQ
  • H2BFR
  • H2BFS
  • H2BFT
  • H2BS1
  • H2BU1
  • H3-3A
  • H3-3B
  • H3.3A
  • H3.3B
  • H3C1
  • H3C10
  • H3C11
  • H3C12
  • H3C13
  • H3C14
  • H3C15
  • H3C2
  • H3C3
  • H3C4
  • H3C6
  • H3C7
  • H3C8
  • H3F2
  • H3F3
  • H3F3A
  • H3F3B
  • H3FA
  • H3FB
  • H3FC HIST1H3C
  • H3FD
  • H3FF
  • H3FH
  • H3FI
  • H3FJ
  • H3FK
  • H3FL
  • H3FM
  • H4-16
  • H4/A
  • H4/B
  • H4/C
  • H4/D
  • H4/E
  • H4/G
  • H4/H
  • H4/I
  • H4/J
  • H4/K
  • H4/M
  • H4/N
  • H4/O
  • H4C1
  • H4C11
  • H4C12
  • H4C13
  • H4C14
  • H4C15
  • H4C16
  • H4C2
  • H4C3
  • H4C4
  • H4C5
  • H4C6
  • H4C8
  • H4C9
  • H4F2
  • H4FA
  • H4FB
  • H4FC
  • H4FD
  • H4FE
  • H4FG
  • H4FH
  • H4FI
  • H4FJ
  • H4FK
  • H4FM
  • H4FN
  • H4FO
  • HIRIP1
  • HIRIP2
  • HIST1H2AB
  • HIST1H2AC
  • HIST1H2AD
  • HIST1H2AE
  • HIST1H2AJ
  • HIST1H2BA
  • HIST1H2BB
  • HIST1H2BC
  • HIST1H2BD
  • HIST1H2BE
  • HIST1H2BF
  • HIST1H2BG
  • HIST1H2BH
  • HIST1H2BI
  • HIST1H2BJ
  • HIST1H2BK
  • HIST1H2BL
  • HIST1H2BM
  • HIST1H2BN
  • HIST1H2BO
  • HIST1H3A
  • HIST1H3B
  • HIST1H3D
  • HIST1H3E
  • HIST1H3F
  • HIST1H3G
  • HIST1H3H
  • HIST1H3I
  • HIST1H3J
  • HIST1H4A
  • HIST1H4B
  • HIST1H4C
  • HIST1H4D
  • HIST1H4E
  • HIST1H4F
  • HIST1H4H
  • HIST1H4I
  • HIST1H4J
  • HIST1H4K
  • HIST1H4L
  • HIST2H2AA
  • HIST2H2AA3
  • HIST2H2AA4
  • HIST2H2AC
  • HIST2H2BE
  • HIST2H3A
  • HIST2H3C
  • HIST2H3D
  • HIST2H4
  • HIST2H4A
  • HIST2H4B
  • HIST3H2BB
  • HIST4H4
  • JARID2
  • JJAZ1
  • JMJ
  • KIAA0160
  • KMT6
  • MTF2
  • PCL1
  • PCL2
  • PCL3
  • PHF1
  • PHF19
  • RBAP46
  • RBAP48
  • RBBP4
  • RBBP7
  • SUZ12
  • TSH2B
Homo sapiens (human)
Transcriptional regulation by small RNAs
  • AAAS
  • ADRACALA
  • AGO1
  • AGO2
  • ARA24
  • C7orf14
  • CAGH26
  • CAIN
  • CAN
  • CG1
  • D3S1231E
  • EIF2C1
  • EIF2C2
  • H2AB1
  • H2AC14
  • H2AC18
  • H2AC19
  • H2AC20
  • H2AC4
  • H2AC6
  • H2AC7
  • H2AC8
  • H2AFA
  • H2AFB1
  • H2AFE
  • H2AFG
  • H2AFJ
  • H2AFL
  • H2AFM
  • H2AFO
  • H2AFQ
  • H2AFV
  • H2AFX
  • H2AJ
  • H2AV
  • H2AX
  • H2AZ2
  • H2BC1
  • H2BC10
  • H2BC11
  • H2BC12
  • H2BC12L
  • H2BC13
  • H2BC14
  • H2BC15
  • H2BC17
  • H2BC21
  • H2BC26
  • H2BC3
  • H2BC4
  • H2BC5
  • H2BC6
  • H2BC7
  • H2BC8
  • H2BC9
  • H2BFA
  • H2BFB
  • H2BFC
  • H2BFD
  • H2BFE
  • H2BFF
  • H2BFG
  • H2BFH
  • H2BFJ
  • H2BFK
  • H2BFL
  • H2BFN
  • H2BFQ
  • H2BFR
  • H2BFS
  • H2BFT
  • H2BS1
  • H2BU1
  • H3-3A
  • H3-3B
  • H3.3A
  • H3.3B
  • H3C1
  • H3C10
  • H3C11
  • H3C12
  • H3C13
  • H3C14
  • H3C15
  • H3C2
  • H3C3
  • H3C4
  • H3C6
  • H3C7
  • H3C8
  • H3F2
  • H3F3
  • H3F3A
  • H3F3B
  • H3FA
  • H3FB
  • H3FC HIST1H3C
  • H3FD
  • H3FF
  • H3FH
  • H3FI
  • H3FJ
  • H3FK
  • H3FL
  • H3FM
  • H4-16
  • H4/A
  • H4/B
  • H4/C
  • H4/D
  • H4/E
  • H4/G
  • H4/H
  • H4/I
  • H4/J
  • H4/K
  • H4/M
  • H4/N
  • H4/O
  • H4C1
  • H4C11
  • H4C12
  • H4C13
  • H4C14
  • H4C15
  • H4C16
  • H4C2
  • H4C3
  • H4C4
  • H4C5
  • H4C6
  • H4C8
  • H4C9
  • H4F2
  • H4FA
  • H4FB
  • H4FC
  • H4FD
  • H4FE
  • H4FG
  • H4FH
  • H4FI
  • H4FJ
  • H4FK
  • H4FM
  • H4FN
  • H4FO
  • HIRIP1
  • HIRIP2
  • HIST1H2AB
  • HIST1H2AC
  • HIST1H2AD
  • HIST1H2AE
  • HIST1H2AJ
  • HIST1H2BA
  • HIST1H2BB
  • HIST1H2BC
  • HIST1H2BD
  • HIST1H2BE
  • HIST1H2BF
  • HIST1H2BG
  • HIST1H2BH
  • HIST1H2BI
  • HIST1H2BJ
  • HIST1H2BK
  • HIST1H2BL
  • HIST1H2BM
  • HIST1H2BN
  • HIST1H2BO
  • HIST1H3A
  • HIST1H3B
  • HIST1H3D
  • HIST1H3E
  • HIST1H3F
  • HIST1H3G
  • HIST1H3H
  • HIST1H3I
  • HIST1H3J
  • HIST1H4A
  • HIST1H4B
  • HIST1H4C
  • HIST1H4D
  • HIST1H4E
  • HIST1H4F
  • HIST1H4H
  • HIST1H4I
  • HIST1H4J
  • HIST1H4K
  • HIST1H4L
  • HIST2H2AA
  • HIST2H2AA3
  • HIST2H2AA4
  • HIST2H2AC
  • HIST2H2BE
  • HIST2H3A
  • HIST2H3C
  • HIST2H3D
  • HIST2H4
  • HIST2H4A
  • HIST2H4B
  • HIST3H2BB
  • HIST4H4
  • IPO8
  • KIAA0023
  • KIAA0095
  • KIAA0169
  • KIAA0197
  • KIAA0225
  • KIAA0618
  • KIAA0791
  • KIAA0906
  • KIAA1460
  • MP44
  • MRNP41
  • NDC1
  • NPAP60L
  • NUP107
  • NUP120
  • NUP121
  • NUP133
  • NUP153
  • NUP155
  • NUP160
  • NUP188
  • NUP205
  • NUP210
  • NUP214
  • NUP35
  • NUP358
  • NUP37
  • NUP42
  • NUP43
  • NUP50
  • NUP53
  • NUP54
  • NUP62
  • NUP75
  • NUP85
  • NUP88
  • NUP93
  • NUPL2
  • PCNT1
  • POLR2
  • POLR2A
  • POLR2B
  • POLR2C
  • POLR2D
  • POLR2E
  • POLR2F
  • POLR2G
  • POLR2H
  • POLR2I
  • POLR2J
  • POLR2J1
  • POLR2K
  • POLR2L
  • POLRF
  • POM121
  • POM121A
  • POM121C
  • RAE1
  • RAN
  • RANBP2
  • RANBP8
  • RPB7
  • SEC13
  • SEC13A
  • SEC13L1
  • SEC13R
  • TMEM48
  • TNRC6
  • TNRC6A
  • TPR
  • TSH2B
Homo sapiens (human)
Regorafenib-resistant PDGFR mutants
  • PDGFR2
  • PDGFRA
  • RHEPDGFRA
Homo sapiens (human)

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Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

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Last updated: August 19, 2024