GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 351 - 375 of 1070 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID ▲
Interleukin-23 signaling
  • IL12B
  • Il12b
  • Il12rb1
  • Il23a
  • Il23r
  • Jak2
  • P4hb
  • Pdia1
  • Stat3
  • Tyk2
Rattus norvegicus (Norway rat)
B-WICH complex positively regulates rRNA expression
  • AC109542.1
  • Actb
  • Baz1b
  • Cd3eap
  • Ddx21
  • Ddx21a
  • Dek
  • ENSRNOG00000062927
  • ENSRNOG00000064540
  • ENSRNOG00000066901
  • ENSRNOG00000068034
  • Ep300
  • Ercc6
  • Gsk3b
  • H2ab3
  • H2ac10
  • H2ac18
  • H2ac4
  • H2afb3
  • H2afx
  • H2aj
  • H2ax
  • H2az2
  • H2bc1
  • H2bc12l1
  • H2bc6
  • H2bcl1
  • H2bcl2
  • H2bu1
  • H3-3b
  • H3.3b
  • H3c13
  • H3f3b
  • H4c16
  • H4c2
  • H4f16
  • H4ft
  • Hist1h2ba
  • Hist1h2bc
  • Hist1h2bg
  • Hist1h2bo
  • Hist1h2bq
  • Hist1h4b
  • Hist1h4m
  • Hist2h2aa3
  • Hist2h3c2
  • Hist4
  • Hist4h4
  • Josd3
  • Kat2a
  • Kat2b
  • LOC100365043
  • LOC100910200
  • LOC120097726
  • LOC120098305
  • LOC684797
  • Mybbp1a
  • Myo1c
  • Myr2
  • Polr1a
  • Polr1b
  • Polr1e
  • Polr1f
  • Polr1g
  • Polr1h
  • Polr2e
  • Polr2f
  • Rpa1
  • Rpa2
  • Rpo1-2
  • Rpo1-4
  • Sf3b1
  • Smarca5
  • Taf1a
  • Taf1b
  • Taf1c
  • Taf1d
  • Tbp
  • Th2b
  • Twistnb
  • Znrd1
Rattus norvegicus (Norway rat)
Regulation of IFNG signaling
  • Cish3
  • Ifng
  • Ifngr1
  • Ifngr2
  • Jak1
  • Jak2
  • Pias1
  • Ptpn2
  • Socs1
  • Socs3
  • Stat1
  • Stat4
  • Sumo1
Rattus norvegicus (Norway rat)
Aflatoxin activation and detoxification
  • Acy1
  • Acy1a
  • Acy3
  • Afar
  • Afar2
  • Aiar
  • Akr7a1
  • Akr7a2
  • Akr7a3
  • Cyp1a-2
  • Cyp1a2
  • Cyp2a-3
  • Cyp2a3
  • Cyp2a3a
  • Cyp3a-1
  • Cyp3a-2
  • Cyp3a1
  • Cyp3a11
  • Cyp3a13
  • Cyp3a18
  • Cyp3a2
  • Cyp3a62
  • Cyp3a9
  • Dpep1
  • Dpep2
  • Dpep3
  • Ggt
  • Ggt1
  • Ggt5
  • Ggt6
  • Ggt7
  • Ggtl3
  • Ggtla1
  • Gst12
  • Mgst1
  • Mgst2
  • Mgst3
  • Mgst3l1
  • Rdp
Rattus norvegicus (Norway rat)
Prednisone ADME
  • Abcb1
  • Akr1c1
  • Akr1c21
  • Alb
  • Cbg
  • Cyp3a-1
  • Cyp3a-2
  • Cyp3a1
  • Cyp3a11
  • Cyp3a13
  • Cyp3a18
  • Cyp3a2
  • Cyp3a62
  • Cyp3a9
  • Hsd11
  • Hsd11b1
  • Hsd11b2
  • Hsd11k
  • Hsd17b5
  • Mdr1
  • Mdr1b
  • Pgy1
  • RGD1559459
  • Serpina6
  • Udpgtr2
  • Ugt1
  • Ugt1a2
  • Ugt1a3
  • Ugt1a5
  • Ugt2b
  • Ugt2b1
  • Ugt2b12
  • Ugt2b15
  • Ugt2b17
  • Ugt2b2
  • Ugt2b3
  • Ugt2b34l1
  • Ugt2b36
  • Ugt2b37
  • Ugt2b4
  • Ugt2b5
  • Ugt2b6
  • Ugt2b7
  • Ugt2b8
Rattus norvegicus (Norway rat)
Transport of fatty acids
  • Apod
  • Fatp
  • Fatp1
  • Lcn12
  • Lcn9
  • Slc27a1
  • Slc27a4
  • Slc27a6
  • Vegp
  • Vegp1
  • Vegp2
Rattus norvegicus (Norway rat)
Citric acid cycle (TCA cycle)
  • Aco2
  • Cs
  • Fh
  • Fh1
  • Hsp75
  • Hspc5
  • Idh2
  • Idh3B
  • Idh3a
  • Idh3g
  • Mdh2
  • Mor1
  • Nnt
  • SUCLA2
  • SUCLG2
  • Sdh1
  • Sdha
  • Sdhb
  • Sdhc
  • Sdhd
  • Sucla2
  • Suclg1
  • Suclg2
  • Trap1
Rattus norvegicus (Norway rat)
CDC42 GTPase cycle
  • AABR07021955.1
  • AABR07032856.1
  • Abr
  • Arap1
  • Arap2
  • Arap3
  • Arhgap1
  • Arhgap10
  • Arhgap17
  • Arhgap20
  • Arhgap21
  • Arhgap22
  • Arhgap24
  • Arhgap26
  • Arhgap27
  • Arhgap29
  • Arhgap30
  • Arhgap31
  • Arhgap32
  • Arhgap33
  • Arhgap35
  • Arhgap4
  • Arhgap40
  • Arhgap42
  • Arhgap44
  • Arhgap45
  • Arhgap5
  • Arhgap7
  • Arhgap9
  • Arhgdia
  • Arhgdib
  • Arhgdig
  • Arhgef10
  • Arhgef11
  • Arhgef12
  • Arhgef15
  • Arhgef16
  • Arhgef19
  • Arhgef25
  • Arhgef26
  • Arhgef5
  • Arhgef6
  • Arhgef9
  • Bcr
  • Camgap1
  • Cav
  • Cav1
  • Cdc42
  • Def6
  • Depdc1b
  • Dlc1
  • Dnmbp
  • Dock10
  • Dock11
  • Dock6
  • Dock7
  • Dock8
  • Ect2
  • Ehsh1
  • Fam13b
  • Farp1
  • Fgd1
  • Fgd2
  • Fgd3
  • Fgd4
  • Geft
  • Gmip
  • Gna13
  • Grf2
  • Grlf1
  • Itsn
  • Itsn1
  • Ktn1
  • LOC687105
  • Lbr
  • Mcf2
  • Mcf2l
  • Myo9b
  • Myr5
  • Ngef
  • Ophn1
  • Ost
  • P190A
  • Pik3r1
  • Pik3r2
  • Plekhg1
  • Plekhg2
  • Plekhg3
  • Prex1
  • Prex2
  • RGD1565043
  • Racgap1
  • Ralbp1
  • Rasgrf2
  • Rhogap
  • Rich2
  • Spata13
  • Srgap1
  • Srgap2
  • Srgap3
  • Stard12
  • Stard13
  • Stard8
  • Syde1
  • Tagap
  • Tiam1
  • Trio
  • Tuba
  • Vav2
  • Vav3
  • Ykt6
  • p190ARHOGAP
Rattus norvegicus (Norway rat)
Recycling pathway of L1
  • Adtab
  • Ap17
  • Ap2a1
  • Ap2a2
  • Ap2b1
  • Ap2m1
  • Ap2s1
  • Caml1
  • Clapb1
  • Claps2
  • Clta
  • Cltc
  • Dnm
  • Dnm1
  • Dnm2
  • Dnm3
  • Dpysl2
  • Dyn2
  • Dyn3
  • Erk2
  • Ezr
  • Kif4a
  • Kif4b
  • L1cam
  • Mapk
  • Mapk1
  • Msn
  • Numb
  • Prkm1
  • Rdx
  • Sh3d2a
  • Sh3gl2
  • Sh3p4
  • Src
  • Vil2
Rattus norvegicus (Norway rat)
Beta oxidation of octanoyl-CoA to hexanoyl-CoA
  • Acadm
  • Echs1
  • Had
  • Hadh
  • Hadha
  • Hadhb
  • Hadhsc
  • Schad
Rattus norvegicus (Norway rat)
Regulation of RUNX3 expression and activity
  • Cbfb
  • Ep300
  • LOC100360645
  • LOC100360846
  • LOC100365869
  • Lmp10
  • Lmp2
  • Mdm2
  • Mecl1
  • Mss1
  • Psma1
  • Psma2
  • Psma3
  • Psma4
  • Psma5
  • Psma6
  • Psma7
  • Psmb1
  • Psmb10
  • Psmb2
  • Psmb3
  • Psmb4
  • Psmb5
  • Psmb6
  • Psmb6l
  • Psmb6l1
  • Psmb7
  • Psmb8
  • Psmb9
  • Psmc1
  • Psmc2
  • Psmc3
  • Psmc4
  • Psmc5
  • Psmc6
  • Psmd1
  • Psmd10
  • Psmd11
  • Psmd12
  • Psmd13
  • Psmd14
  • Psmd2
  • Psmd3
  • Psmd5
  • Psmd6
  • Psmd7
  • Psmd8
  • Psmd9
  • Psme1
  • Psme2
  • Psmf1
  • Ring12
  • Rps27a
  • Runx3
  • Smurf1
  • Smurf2
  • Src
  • Sug1
  • Tbp1
  • Tbp7
  • Tgfb1
  • Uba80
  • Ubb
  • Ubbl1
  • Ubc
  • Ubcep1
  • Ubcl1
Rattus norvegicus (Norway rat)
RAC1 GTPase cycle
  • AABR07021955.1
  • AABR07032856.1
  • Abi1
  • Abi2
  • Abl2
  • Abr
  • Ali1
  • Als2
  • Amigo2
  • Arap1
  • Arap2
  • Arap3
  • Arg357
  • Arhgap1
  • Arhgap10
  • Arhgap12
  • Arhgap15
  • Arhgap17
  • Arhgap20
  • Arhgap21
  • Arhgap22
  • Arhgap23
  • Arhgap24
  • Arhgap25
  • Arhgap26
  • Arhgap27
  • Arhgap29
  • Arhgap3
  • Arhgap30
  • Arhgap31
  • Arhgap32
  • Arhgap33
  • Arhgap35
  • Arhgap4
  • Arhgap42
  • Arhgap44
  • Arhgap45
  • Arhgap5
  • Arhgap7
  • Arhgap9
  • Arhgdia
  • Arhgdib
  • Arhgef10
  • Arhgef11
  • Arhgef15
  • Arhgef19
  • Arhgef25
  • Arhgef39
  • Arhgef5
  • Arhgef6
  • Arhgef7
  • Baiap2
  • Baiap2l1
  • Bch
  • Bcr
  • Borg5
  • Brk1
  • CRIK
  • Camgap1
  • Cav
  • Cav1
  • Cdc42
  • Cdc42bpa
  • Cdc42ep1
  • Cdc42ep4
  • Chn2
  • Cit
  • Cyba
  • Cybb
  • Cyfip1
  • Cyfip2
  • Def6
  • Depdc1b
  • Diaph3
  • Dlc1
  • Dock10
  • Dock11
  • Dock2
  • Dock3
  • Dock4
  • Dock5
  • Dock6
  • Dock7
  • Dock8
  • Duo
  • Ect2
  • Emd
  • Epha2
  • Esyt1
  • Fam13a
  • Fam13b
  • Fam62a
  • Farp1
  • Farp2
  • Fermt2
  • Fgd5
  • Fmnl1
  • Garre1
  • Geft
  • Git1
  • Git2
  • Gmip
  • Gna13
  • Grf2
  • Grlf1
  • Hapip
  • Hem2
  • Iqgap1
  • Iqgap2
  • Iqgap3
  • Itgb1
  • Jag1
  • Jik
  • Kalrn
  • Ktn1
  • Lamtor1
  • Lbr
  • Mbc2
  • Mcam
  • Mcf2
  • Mcf2l
  • Mox1
  • Mpp7
  • Muc18
  • Myo9b
  • Myr5
  • Nap1
  • Ncf1
  • Ncf2
  • Ncf4
  • Nckap1
  • Nckap1l
  • Ngef
  • Nhs
  • Nisch
  • Noh1
  • Nox1
  • Nox3
  • Noxa1
  • Noxo1
  • Ophn1
  • Ost
  • P190A
  • Pak1
  • Pak2
  • Pak3
  • Pak3bp
  • Pak4
  • Pak5
  • Pak6
  • Pak7
  • Par-6a
  • Par6a
  • Pard6a
  • Pik3ca
  • Pik3r1
  • Pik3r2
  • Pik3r3
  • Pixb
  • Pk428
  • Pkn
  • Pkn1
  • Pkn2
  • Pld1
  • Pld2
  • Plekhg1
  • Plekhg2
  • Plekhg3
  • Plekhg6
  • Prex1
  • Prex2
  • Prk1
  • Prk2
  • Prkcl1
  • Prkcl2
  • RGD1565043
  • Rab7
  • Rab7a
  • Rac
  • Rac1
  • Racgap1
  • Ralbp1
  • Rasgrf2
  • Rbm39
  • Rhogap
  • Rich2
  • Sh3bp1
  • Slc1a5
  • Snap23
  • Sos1
  • Sos2
  • Spata13
  • Srgap1
  • Srgap2
  • Srgap3
  • Stard12
  • Swap70
  • Syb3
  • Syde2
  • Tagap
  • Taok3
  • Tfrc
  • Tiam1
  • Tiam2
  • Trfr
  • Trio
  • Vamp3
  • Vangl1
  • Vav
  • Vav1
  • Vav2
  • Vav3
  • Vrk2
  • Wasf1
  • Wasf2
  • Wasf3
  • Wave1
  • Ykt6
  • p190ARHOGAP
Rattus norvegicus (Norway rat)
Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism
  • Ata1
  • Eaat1
  • Eaat2
  • Glns
  • Glnt
  • Glt1
  • Glul
  • Sa2
  • Sat1
  • Slc1a2
  • Slc1a3
  • Slc38a1
  • Snat1
Rattus norvegicus (Norway rat)
Keratan sulfate biosynthesis
  • Acan
  • Agc
  • Agc1
  • B3gnt2
  • B3gnt3
  • B3gnt4
  • B3gnt7
  • B4galt2
  • B4galt3
  • B4galt4
  • B4galt5
  • B4galt6
  • Chst1
  • Chst2
  • Chst5
  • Fmod
  • Kera
  • Lcn
  • Ldc
  • Lum
  • Omd
  • Prelp
  • Siat10
  • Siat4b
  • Siat4c
  • Siat5
  • Siat6
  • Slc35d2
  • St3gal1
  • St3gal2
  • St3gal3
  • St3gal4
  • St3gal6
Rattus norvegicus (Norway rat)
Ion transport by P-type ATPases
  • Atp10a
  • Atp10b
  • Atp10d
  • Atp11a
  • Atp11b
  • Atp11c
  • Atp12a
  • Atp13a1
  • Atp13a2
  • Atp13a4
  • Atp13a5
  • Atp1a1
  • Atp1a2
  • Atp1a3
  • Atp1a4
  • Atp1al1
  • Atp1al2
  • Atp1b1
  • Atp1b2
  • Atp1b3
  • Atp1c
  • Atp1g1
  • Atp2a1
  • Atp2a2
  • Atp2a3
  • Atp2b1
  • Atp2b3
  • Atp2b4
  • Atp2c1
  • Atp2c2
  • Atp4a
  • Atp4b
  • Atp7a
  • Atp7b
  • Atp8a1
  • Atp8a2
  • Atp8b1
  • Atp8b2
  • Atp8b3
  • Atp8b4
  • Atp9a
  • Atp9b
  • CaMIII
  • Calm3
  • Cam3
  • Camc
  • Camk2a
  • Camk2b
  • Camk2d
  • Camk2g
  • Fxyd1
  • Fxyd2
  • Fxyd3
  • Fxyd4
  • Fxyd6
  • Fxyd7
  • Hka
  • Mnk
  • Pdzd11
  • Php
  • Pina
  • Plm
  • Pln
  • Pmca3
  • Spca2
  • Sri
  • Wnd
Rattus norvegicus (Norway rat)
Signaling by LTK
  • Ack1
  • Alkal1
  • Alkal2
  • Ash
  • Fam150a
  • Grb2
  • Irs-1
  • Irs1
  • LOC100910984
  • Ltk
  • Pik3ca
  • Pik3cb
  • Pik3r1
  • Pik3r2
  • Shc1
  • Sos1
  • Tnk2
Rattus norvegicus (Norway rat)
Interferon alpha/beta signaling
  • Abce1
  • Cish3
  • ENSRNOG00000065554
  • If1ai1
  • If1ai2
  • If1ai3
  • Ifna1
  • Ifna12l
  • Ifna4
  • Ifna4l1
  • Ifnar1
  • Ifnar2
  • Ifnb
  • Ifnb1
  • Irf9
  • Jak1
  • Kpna1
  • Kpnb1
  • LOC100360645
  • LOC100911527
  • LOC120103158
  • LOC120103159
  • LOC120103160
  • LOC120103161
  • LOC120103162
  • LOC120103163
  • LOC120103164
  • RGD1560539
  • Rnasel
  • Rps27a
  • Socs1
  • Socs3
  • Stat1
  • Stat2
  • Stat4
  • Tyk2
  • Uba80
  • Ubb
  • Ubbl1
  • Ubc
  • Ubcep1
  • Ubcl1
Rattus norvegicus (Norway rat)
Activation of the AP-1 family of transcription factors
  • Atf2
  • Csbp1
  • Csbp2
  • Erk1
  • Erk2
  • Fos
  • Jnk1
  • Jnk2
  • Jnk3
  • Jun
  • Mapk
  • Mapk1
  • Mapk10
  • Mapk11
  • Mapk14
  • Mapk3
  • Mapk8
  • Mapk9
  • Prkm1
  • Prkm10
  • Prkm3
  • Prkm8
  • Prkm9
  • Rjg-9
Rattus norvegicus (Norway rat)
Cargo concentration in the ER
  • Areg
  • Cd59
  • Cnih1
  • Cnih2
  • Cnih3
  • Col7a1
  • Ctsc
  • Ctsy
  • Ctsz
  • Ergic53
  • Ergl
  • F8
  • Folr1
  • GluA1
  • Glur1
  • Gosr2
  • Gria1
  • Gs27
  • Lman1
  • Lman1l
  • Lman2
  • Mcfd2
  • Mia2
  • Mia3
  • Preb
  • Rnp24
  • Sar1b
  • Sdgf
  • Sdnsf
  • Sec12
  • Sec22b
  • Sec22l1
  • Sec23a
  • Sec24a
  • Sec24b
  • Sec24c
  • Sec24d
  • Serpina1
  • Stx5
  • Stx5a
  • Tgfa
  • Tmed10
  • Tmed2
  • Tmp21
Rattus norvegicus (Norway rat)
Elastic fibre formation
  • Dance
  • Eln
  • Fbln5
  • Fbn1
  • Fur
  • Furin
  • Itga5
  • Itgav
  • Itgb1
  • Itgb3
  • Itgb6
  • Lox
  • Loxl1
  • Loxl2
  • Loxl3
  • Loxl4
  • Mfap2
  • Mfap5
  • Pcsk3
Rattus norvegicus (Norway rat)
Disinhibition of SNARE formation
  • Pkca
  • Pkcb
  • Pkcc
  • Pkcg
  • Prkca
  • Prkcb
  • Prkcb1
  • Prkcc
  • Prkcg
  • Stx4
  • Stx4a
  • Stxbp3
  • munc-18c
Rattus norvegicus (Norway rat)
Pyroptosis
  • AC128290.1
  • Bak1
  • Bax
  • Casp1
  • Casp3
  • Chmp2a
  • Chmp2b
  • Chmp3
  • Chmp4b
  • Chmp4c
  • Chmp6
  • Chmp7
  • Cpp32
  • Cycs
  • Cycsl2
  • Cycsl3
  • Elane
  • Gsdmd
  • Gsdme
  • Gzmb
  • Hmg-1
  • Hmg1
  • Hmgb1
  • Hmgb1-ps33
  • Hmgb1-ps4
  • Hmgb1l1
  • Hmgb1l2
  • Hmgb1l3
  • Hmgb1l5
  • Igif
  • Il18
  • Il1a
  • Il1b
  • Il1bc
  • Il1bce
  • LOC108349189
  • LOC108350839
  • LOC690675
  • RGD1562558
  • Vps24
Rattus norvegicus (Norway rat)
PI-3K cascade:FGFR4
  • Ash
  • FGF15
  • FGF6
  • Fgf-1
  • Fgf-2
  • Fgf-9
  • Fgf1
  • Fgf16
  • Fgf17
  • Fgf18
  • Fgf19
  • Fgf2
  • Fgf20
  • Fgf23
  • Fgf4
  • Fgf6
  • Fgf7a
  • Fgf7b
  • Fgf8
  • Fgf8a
  • Fgf9
  • Fgfa
  • Fgfr4
  • Frs2
  • Gab1
  • Grb2
  • Klb
  • Pik3ca
  • Pik3r1
  • Ptpn11
Rattus norvegicus (Norway rat)
Beta oxidation of palmitoyl-CoA to myristoyl-CoA
  • Acadvl
  • Hadha
  • Hadhb
Rattus norvegicus (Norway rat)
Glutamate Neurotransmitter Release Cycle
  • Arl6ip5
  • Ata2
  • Bnpi
  • Bzrap1
  • Cplx1
  • Eaac1
  • Eaat1
  • Eaat2
  • Eaat3
  • Eaat4
  • Ga
  • Gls
  • Gls2
  • Glt1
  • Gtrap3-18
  • Jwa
  • Ppfia1
  • Ppfia2
  • Ppfia3
  • Ppfia4
  • Pra2
  • Praf3
  • Rab3a
  • Rbp1
  • Rim1
  • Rims1
  • Sa1
  • Sap
  • Sat2
  • Slc17a7
  • Slc1a1
  • Slc1a2
  • Slc1a3
  • Slc1a6
  • Slc1a7
  • Slc38a2
  • Snap
  • Snap25
  • Snat2
  • Stx1a
  • Stxbp1
  • Syb2
  • Syt1
  • Tspoap1
  • Unc13b
  • Unc13h2
  • Unc18a
  • Vamp2
  • Vglut1
Rattus norvegicus (Norway rat)

About Release Notes Help Feedback

International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


Logo License Policies Site Map

Contact: support@glycosmos.org

This work is licensed under Creative Commons Attribution 4.0 International


GlyCosmos Portal v4.0.0

Last updated: August 19, 2024