GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 251 - 275 of 2090 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID ▲
Defective PMM2 causes CDG-1a
  • PMM2
Homo sapiens (human)
Insulin-like Growth Factor-2 mRNA Binding Proteins (IGF2BPs/IMPs/VICKZs) bind RNA
  • CRDBP
  • IGF2BP1
  • IGF2BP2
  • IGF2BP3
  • IMP2
  • IMP3
  • KOC1
  • VICKZ1
  • VICKZ2
  • VICKZ3
  • ZBP1
Homo sapiens (human)
B-WICH complex positively regulates rRNA expression
  • ACTB
  • ASE1
  • BAZ1B
  • CAST
  • CD3EAP
  • CSB
  • DDX21
  • DEK
  • EP300
  • ERCC6
  • GCN5
  • GCN5L2
  • GSK3B
  • GTF2D1
  • H2AB1
  • H2AC14
  • H2AC18
  • H2AC19
  • H2AC20
  • H2AC4
  • H2AC6
  • H2AC7
  • H2AC8
  • H2AFA
  • H2AFB1
  • H2AFE
  • H2AFG
  • H2AFJ
  • H2AFL
  • H2AFM
  • H2AFO
  • H2AFQ
  • H2AFV
  • H2AFX
  • H2AJ
  • H2AV
  • H2AX
  • H2AZ2
  • H2BC1
  • H2BC10
  • H2BC11
  • H2BC12
  • H2BC12L
  • H2BC13
  • H2BC14
  • H2BC15
  • H2BC17
  • H2BC21
  • H2BC26
  • H2BC3
  • H2BC4
  • H2BC5
  • H2BC6
  • H2BC7
  • H2BC8
  • H2BC9
  • H2BFA
  • H2BFB
  • H2BFC
  • H2BFD
  • H2BFE
  • H2BFF
  • H2BFG
  • H2BFH
  • H2BFJ
  • H2BFK
  • H2BFL
  • H2BFN
  • H2BFQ
  • H2BFR
  • H2BFS
  • H2BFT
  • H2BS1
  • H2BU1
  • H3-3A
  • H3-3B
  • H3.3A
  • H3.3B
  • H3C1
  • H3C10
  • H3C11
  • H3C12
  • H3C13
  • H3C14
  • H3C15
  • H3C2
  • H3C3
  • H3C4
  • H3C6
  • H3C7
  • H3C8
  • H3F2
  • H3F3
  • H3F3A
  • H3F3B
  • H3FA
  • H3FB
  • H3FC HIST1H3C
  • H3FD
  • H3FF
  • H3FH
  • H3FI
  • H3FJ
  • H3FK
  • H3FL
  • H3FM
  • H4-16
  • H4/A
  • H4/B
  • H4/C
  • H4/D
  • H4/E
  • H4/G
  • H4/H
  • H4/I
  • H4/J
  • H4/K
  • H4/M
  • H4/N
  • H4/O
  • H4C1
  • H4C11
  • H4C12
  • H4C13
  • H4C14
  • H4C15
  • H4C16
  • H4C2
  • H4C3
  • H4C4
  • H4C5
  • H4C6
  • H4C8
  • H4C9
  • H4F2
  • H4FA
  • H4FB
  • H4FC
  • H4FD
  • H4FE
  • H4FG
  • H4FH
  • H4FI
  • H4FJ
  • H4FK
  • H4FM
  • H4FN
  • H4FO
  • HIRIP1
  • HIRIP2
  • HIST1H2AB
  • HIST1H2AC
  • HIST1H2AD
  • HIST1H2AE
  • HIST1H2AJ
  • HIST1H2BA
  • HIST1H2BB
  • HIST1H2BC
  • HIST1H2BD
  • HIST1H2BE
  • HIST1H2BF
  • HIST1H2BG
  • HIST1H2BH
  • HIST1H2BI
  • HIST1H2BJ
  • HIST1H2BK
  • HIST1H2BL
  • HIST1H2BM
  • HIST1H2BN
  • HIST1H2BO
  • HIST1H3A
  • HIST1H3B
  • HIST1H3D
  • HIST1H3E
  • HIST1H3F
  • HIST1H3G
  • HIST1H3H
  • HIST1H3I
  • HIST1H3J
  • HIST1H4A
  • HIST1H4B
  • HIST1H4C
  • HIST1H4D
  • HIST1H4E
  • HIST1H4F
  • HIST1H4H
  • HIST1H4I
  • HIST1H4J
  • HIST1H4K
  • HIST1H4L
  • HIST2H2AA
  • HIST2H2AA3
  • HIST2H2AA4
  • HIST2H2AC
  • HIST2H2BE
  • HIST2H3A
  • HIST2H3C
  • HIST2H3D
  • HIST2H4
  • HIST2H4A
  • HIST2H4B
  • HIST3H2BB
  • HIST4H4
  • JOSD3
  • KAT2A
  • KAT2B
  • MYBBP1A
  • P160
  • P300
  • PAF49
  • PAF53
  • PCAF
  • POLR1A
  • POLR1B
  • POLR1C
  • POLR1D
  • POLR1E
  • POLR1F
  • POLR1G
  • POLR1H
  • POLR2E
  • POLR2F
  • POLR2H
  • POLR2K
  • POLR2L
  • POLRF
  • PRAF1
  • RPA12
  • SAP155
  • SF3B1
  • SMARCA5
  • SNF2H
  • TAF1A
  • TAF1B
  • TAF1C
  • TAF1D
  • TBP
  • TF2D
  • TFIID
  • TSH2B
  • TWISTNB
  • WBSC10
  • WBSCR10
  • WBSCR9
  • WCRF135
  • WSTF
  • ZNRD1
Homo sapiens (human)
Signaling by RAF1 mutants
  • APBB1IP
  • ARAF
  • ARAF1
  • ARB2
  • ARR1
  • ARR2
  • ARRB1
  • ARRB2
  • BRAF
  • BRAF1
  • CALM
  • CALM1
  • CAM
  • CAM1
  • CAM2
  • CAMK
  • CAMK-II
  • CAMK2
  • CAMK2A
  • CAMK2B
  • CAMK2D
  • CAMK2G
  • CAMKA
  • CAMKB
  • CAMKD
  • CAMKG
  • CNK1
  • CNK2
  • CNKSR1
  • CNKSR2
  • CSK
  • CTAK1
  • EMK2
  • ERK1
  • ERK2
  • F8VWF
  • FGA
  • FGB
  • FGG
  • FN
  • FN1
  • GP2B
  • GP3A
  • HRAS
  • HRAS1
  • IQGAP1
  • ITGA2B
  • ITGAB
  • ITGB3
  • JAK2
  • KIAA0051
  • KIAA0902
  • KIAA0968
  • KIAA1027
  • KREV1
  • KSR
  • KSR1
  • KSR2
  • MAP2K1
  • MAP2K2
  • MAPK1
  • MAPK3
  • MARK3
  • MEK1
  • MEK2
  • MKK2
  • NRAS
  • PKS
  • PKS2
  • PREL1
  • PRKM1
  • PRKM2
  • PRKM3
  • PRKMK1
  • PRKMK2
  • RAF
  • RAF1
  • RAFB1
  • RAP1A
  • RAP1B
  • RARP1
  • RIAM
  • SRC
  • SRC1
  • TLN
  • TLN1
  • VCL
  • VWF
  • YWHAB
Homo sapiens (human)
Regulation of gene expression in beta cells
  • AN2
  • BHLHA3
  • FKHR
  • FOXA2
  • FOXA3
  • FOXO1
  • FOXO1A
  • GCK
  • GLUT2
  • HNF1A
  • HNF3B
  • HNF3G
  • HNF4G
  • IAPP
  • INS
  • IPF1
  • MAFA
  • NEUROD
  • NEUROD1
  • NKX2-2
  • NKX2.2
  • NKX2B
  • NKX6-1
  • NKX6A
  • NR2A2
  • PAX6
  • PDX1
  • RFX6
  • RFXDC1
  • SLC2A2
  • STF1
  • TCF1
  • TCF3B
  • TCF3G
Homo sapiens (human)
Activated NTRK2 signals through CDK5
  • BDNF
  • CDK5
  • CDK5R
  • CDK5R1
  • CDKN5
  • NCK5A
  • NTRK2
  • PSSALRE
  • RAC1
  • TC25
  • TIAM1
  • TRKB
Homo sapiens (human)
Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen
  • F8VWF
  • GP1BA
  • GP1BB
  • GP5
  • GP9
  • VWF
Homo sapiens (human)
O-linked glycosylation of mucins
  • A4GNT
  • B3GALT7
  • B3GALT8
  • B3GNT1
  • B3GNT2
  • B3GNT3
  • B3GNT4
  • B3GNT5
  • B3GNT6
  • B3GNT7
  • B3GNT8
  • B3GNT9
  • B3GNTL1
  • B4GALT5
  • B4GALT6
  • BGALT15
  • C1GALT1
  • C1GALT1C1
  • C20orf105
  • C6orf205
  • CA125
  • CHST4
  • COSMC
  • DRCC1
  • GALNT1
  • GALNT10
  • GALNT11
  • GALNT12
  • GALNT13
  • GALNT14
  • GALNT15
  • GALNT16
  • GALNT17
  • GALNT18
  • GALNT2
  • GALNT3
  • GALNT4
  • GALNT5
  • GALNT6
  • GALNT7
  • GALNT8
  • GALNT9
  • GALNTL1
  • GALNTL2
  • GALNTL4
  • GALNTL5
  • GALNTL6
  • GCNT1
  • GCNT3
  • GCNT4
  • GCNT7
  • KIAA1130
  • KIAA1359
  • KIAA1918
  • MG2
  • MUC1
  • MUC11
  • MUC12
  • MUC13
  • MUC15
  • MUC16
  • MUC17
  • MUC19
  • MUC2
  • MUC20
  • MUC21
  • MUC3
  • MUC3A
  • MUC3B
  • MUC4
  • MUC5
  • MUC5AC
  • MUC5B
  • MUC6
  • MUC7
  • MUCL1
  • NACGT2
  • PUM
  • QTGAL
  • RECC
  • SBEM
  • SMUC
  • TMEM3
  • WBSCR17
Homo sapiens (human)
Defective DHDDS causes RP59
  • C6orf68
  • DHDDS
  • HDS
  • NGBR
  • NUS1
Homo sapiens (human)
Ligand-dependent caspase activation
  • APO2
  • APO2L
  • APT1
  • APT1LG1
  • CASP8
  • CD14
  • CD95L
  • DR4
  • DR5
  • ESOP1
  • FADD
  • FAS
  • FAS1
  • FASL
  • FASLG
  • KILLER
  • LY96
  • MC159L
  • MCH5
  • MD2
  • MORT1
  • ORF71
  • PRVTIRB
  • RIP
  • RIP1
  • RIPK1
  • TICAM1
  • TICAM2
  • TIRAP3
  • TIRP
  • TLR4
  • TNFRSF10A
  • TNFRSF10B
  • TNFRSF6
  • TNFSF10
  • TNFSF6
  • TRADD
  • TRAF2
  • TRAIL
  • TRAILR1
  • TRAILR2
  • TRAM
  • TRAP3
  • TRICK2
  • TRIF
  • ZTNFR9
Homo sapiens (human)
Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions
  • FNRB
  • ILK
  • ILK1
  • ILK2
  • ITGB1
  • MDF2
  • MSK12
  • MXRA2
  • PARVA
  • PXN
Homo sapiens (human)
Defective PGM1 causes CDG1t
  • PGM1
Homo sapiens (human)
Methylation
  • AHCY
  • AMS1
  • AMS2
  • AS3MT
  • C21orf127
  • COMT
  • CYP1A2
  • CYT19
  • GSTO1
  • GSTTLP28
  • HEMK2
  • KMT9
  • MAT1A
  • MAT2A
  • MAT2B
  • MATA1
  • MATA2
  • MTR
  • MTRR
  • N6AMT1
  • NNMT
  • PRED28
  • SAHH
  • TGR
  • TPMT
  • TRMT112
Homo sapiens (human)
FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes
  • ABCA6
  • AFX
  • AFX1
  • AGRP
  • AGRT
  • ART
  • ATX3
  • ATXN3
  • BHLHD1
  • CAT
  • DPC4
  • FBXO32
  • FIZZ3
  • FKHR
  • FKHRL1
  • FOXO1
  • FOXO1A
  • FOXO3
  • FOXO3A
  • FOXO4
  • FOXO6
  • G6PC
  • G6PC1
  • G6PT
  • GCK
  • GRL
  • HDAC1
  • HDAC2
  • HXCP1
  • IBP1
  • IGFBP1
  • INS
  • IRF
  • KIAA1550
  • LEM6
  • MADH2
  • MADH3
  • MADH4
  • MADR2
  • MJD
  • MJD1
  • MLLT7
  • MURF1
  • NPY
  • NR3C1
  • PCK1
  • PEPCK1
  • PGC1
  • PGC1A
  • PLXNA4
  • PLXNA4A
  • PLXNA4B
  • POMC
  • PPARGC1
  • PPARGC1A
  • RETN
  • RNF28
  • RPD3L1
  • RSTN
  • SCA3
  • SIN3A
  • SIR2L3
  • SIRT3
  • SMAD2
  • SMAD3
  • SMAD4
  • SMRZ
  • SOD2
  • SREBF1
  • SREBP1
  • TRIM63
Homo sapiens (human)
Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway
  • APE
  • APE1
  • APEX
  • APEX1
  • APX
  • HAP1
  • POLB
  • REF1
Homo sapiens (human)
Sensing of DNA Double Strand Breaks
  • ATM
  • HNGS1
  • HTATIP
  • KAT5
  • KPNA2
  • MRE11
  • MRE11A
  • NBN
  • NBS
  • NBS1
  • P95
  • RAD50
  • RCH1
  • SRP1
  • TIP60
Homo sapiens (human)
Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR
  • FLK1
  • FLT
  • FLT1
  • FRT
  • KDR
  • NRP
  • NRP1
  • NRP2
  • VEGF165R
  • VEGF165R2
  • VEGFR1
  • VEGFR2
Homo sapiens (human)
Asparagine N-linked glycosylation
  • ASGR1
  • ASGR2
  • B4GALNT2
  • CLEC4H1
  • CLEC4H2
  • DAD1
  • DDOST
  • GALGT2
  • IAG2
  • ITM1
  • KIAA0115
  • MAGT1
  • N33
  • OST48
  • RPN1
  • RPN2
  • STT3A
  • TMC
  • TUSC3
  • UMOD
Homo sapiens (human)
UNC93B1 deficiency - HSE
  • TLR3
  • UNC93
  • UNC93B
  • UNC93B1
Homo sapiens (human)
FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling
  • FGF10
  • FGF18
  • FGF2
  • FGF22
  • FGF23
  • FGF3
  • FGF4
  • FGFB
  • FGFR5
  • FGFRL1
  • FHFR
  • HST
  • HSTF1
  • HYPF
  • INT2
  • KS3
  • SPRED1
  • SPRED2
Homo sapiens (human)
G beta:gamma signalling through PI3Kgamma
  • AKT1
  • AKT2
  • AKT3
  • ARH12
  • ARHA
  • C17orf38
  • GNB1
  • GNB2
  • GNB3
  • GNB4
  • GNB5
  • GNG10
  • GNG11
  • GNG12
  • GNG13
  • GNG2
  • GNG3
  • GNG4
  • GNG5
  • GNG7
  • GNG8
  • GNG9
  • GNGT1
  • GNGT10
  • GNGT11
  • GNGT2
  • GNGT3
  • GNGT4
  • GNGT5
  • GNGT7
  • GNGT8
  • GNGT9
  • PDK1
  • PDPK1
  • PIK3CG
  • PIK3R5
  • PIK3R6
  • PKB
  • PKBG
  • RAC
  • RHO12
  • RHOA
Homo sapiens (human)
G0 and Early G1
  • BARA
  • C14orf46
  • CCN1
  • CCNA
  • CCNA1
  • CCNA2
  • CCNE
  • CCNE1
  • CCNE2
  • CDK2
  • CDKN2
  • CXCDC1
  • DP1
  • DP2
  • DYRK
  • DYRK1A
  • E2F4
  • E2F5
  • HDAC1
  • KIAA2037
  • LIN37
  • LIN52
  • LIN54
  • LIN9
  • MNB
  • MNBH
  • RB2
  • RBAP48
  • RBBP4
  • RBL1
  • RBL2
  • RPD3L1
  • TFDP1
  • TFDP2
  • TGS
Homo sapiens (human)
Downstream signal transduction
  • APRF
  • BCAR1
  • CAS
  • CASS1
  • CRK
  • CRKAS
  • CRKL
  • GAP
  • GRB1
  • GRB4
  • GRB7
  • GRF2
  • HRAS
  • HRAS1
  • NCK
  • NCK1
  • NCK2
  • NRAS
  • PDGF2
  • PDGFB
  • PDGFR
  • PDGFR1
  • PDGFR2
  • PDGFRA
  • PDGFRB
  • PIK3C1
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PLC1
  • PLCG1
  • PTP2C
  • PTPN11
  • RAPGEF1
  • RASA
  • RASA1
  • RHEPDGFRA
  • SHPTP2
  • SIS
  • SOS1
  • SRC
  • SRC1
  • STAT1
  • STAT3
  • STAT5
  • STAT5A
  • STAT5B
  • STAT6
Homo sapiens (human)
HDR through Single Strand Annealing (SSA)
  • ABL
  • ABL1
  • AGS1
  • ATM
  • ATR
  • ATRIP
  • BACH1
  • BARD1
  • BLM
  • BRCA1
  • BRIP1
  • C12orf32
  • C16orf75
  • C9orf76
  • CTIP
  • DNA2
  • DNA2L
  • ERCC1
  • ERCC11
  • ERCC4
  • EXO1
  • EXOI
  • FANCJ
  • FRP1
  • HEX1
  • HNGS1
  • HTATIP
  • HUS1
  • JTK7
  • KAT5
  • KIAA0083
  • KIAA0259
  • MRE11
  • MRE11A
  • NBN
  • NBS
  • NBS1
  • P95
  • R24L
  • RAD1
  • RAD17
  • RAD50
  • RAD51
  • RAD51A
  • RAD52
  • RAD9A
  • RAD9B
  • RBBP8
  • REC1
  • RECA
  • RECQ2
  • RECQ3
  • RECQL2
  • RECQL3
  • REPA1
  • REPA2
  • REPA3
  • RFC2
  • RFC3
  • RFC4
  • RFC5
  • RHINO
  • RHNO1
  • RMI1
  • RMI2
  • RNF53
  • RPA1
  • RPA14
  • RPA2
  • RPA3
  • RPA32
  • RPA34
  • RPA70
  • TIP60
  • TOP3
  • TOP3A
  • TOPBP1
  • WRN
  • XPF
Homo sapiens (human)
Toxicity of botulinum toxin type E (botE)
  • KIAA0735
  • KIAA0736
  • SNAP
  • SNAP25
  • SV2A
  • SV2B
  • botE
  • ntnha
Homo sapiens (human)

About Release Notes Help Feedback

International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Last updated: August 19, 2024