GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 1176 - 1200 of 2090 in total
Pathway Name Protein Name ▼ UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway
  • API1
  • API2
  • APO3L
  • BAFF
  • BAFFR
  • BIRC2
  • BIRC3
  • BLYS
  • BR3
  • CAP-1
  • CD40L
  • CD40LG
  • CRAF1
  • D12S370
  • DR3LG
  • FN14
  • HVEML
  • LIGHT
  • LTA
  • LTB
  • LTBR
  • MAP3K14
  • MIHB
  • MIHC
  • NIK
  • OPGL
  • RANK
  • RANKL
  • RNF48
  • RNF49
  • TALL1
  • TNFB
  • TNFC
  • TNFCR
  • TNFR3
  • TNFRSF11A
  • TNFRSF12A
  • TNFRSF13C
  • TNFRSF3
  • TNFSF1
  • TNFSF11
  • TNFSF12
  • TNFSF13B
  • TNFSF14
  • TNFSF20
  • TNFSF3
  • TNFSF5
  • TRAF2
  • TRAF3
  • TRAFAMN
  • TRANCE
  • TRAP
  • TRAP3
  • ZTNF4
Homo sapiens (human)
Regulation of TNFR1 signaling
  • API1
  • API2
  • API3
  • BIRC2
  • BIRC3
  • BIRC4
  • C20orf18
  • CASP8
  • CHIP
  • CHUK
  • CLIP3
  • CLIPR59
  • CYLD
  • CYLD1
  • DUBA7
  • EBI6
  • FADD
  • FAM105B
  • FIP2
  • FIP3
  • GLC1E
  • GNB2L1
  • HIP7
  • HYPL
  • IAP3
  • IKBKB
  • IKBKE
  • IKBKG
  • IKKA
  • IKKB
  • IKKE
  • IKKI
  • IMP3
  • IMP4
  • KIAA0151
  • KIAA0722
  • KIAA0757
  • KIAA0849
  • KIAA1532
  • MAPKAPK2
  • MCH5
  • MIB2
  • MIHB
  • MIHC
  • MORT1
  • NAK
  • NEMO
  • NRP
  • OPG199
  • OPTN
  • OTDC1
  • OTUD1
  • OTUD7B
  • OTUD7C
  • OTULIN
  • PD1
  • PSL1
  • PSL2
  • PUBC1
  • RACK1
  • RBCK1
  • RIP
  • RIP1
  • RIPK1
  • RNF31
  • RNF48
  • RNF49
  • RNF54
  • RPS27A
  • SFT
  • SHARPIN
  • SIPL1
  • SKD
  • SPATA2
  • SPI-2
  • SPPL2A
  • SPPL2B
  • STUB1
  • T6BP
  • TAX1BP1
  • TBK1
  • TCF16
  • TNF
  • TNFA
  • TNFAIP3
  • TNFAR
  • TNFR1
  • TNFRSF1A
  • TNFSF2
  • TRADD
  • TRAF1
  • TRAF2
  • TRAP3
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBC4
  • UBC5A
  • UBC5B
  • UBC5C
  • UBCE7
  • UBCE7IP3
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UBCH4
  • UBCH5
  • UBCH5A
  • UBCH5B
  • UBCH5C
  • UBCH7
  • UBE2D1
  • UBE2D2
  • UBE2D3
  • UBE2L3
  • UBP41
  • UL36
  • ULK1
  • UNP
  • UNPH
  • USP2
  • USP21
  • USP23
  • USP4
  • XAP3
  • XAP4
  • XIAP
  • ZA20D1
  • ZIBRA
  • ZZANK1
Homo sapiens (human)
Mtb iron assimilation by chelation
  • GIG12
  • LF
  • LTF
  • Rv2895c
  • bfr
  • bfrA
  • bfrB
  • ftn
  • irtA
  • irtB
Homo sapiens (human)
Negative regulation of activity of TFAP2 (AP-2) family transcription factors
  • AP2TF
  • C18orf5
  • FOR
  • KCTD1
  • KCTD15
  • SDR41C1
  • SMT3C
  • SMT3H3
  • SUMO1
  • TFAP2
  • TFAP2A
  • TFAP2B
  • TFAP2BL1
  • TFAP2C
  • TFAP2D
  • TFAP2E
  • UBC9
  • UBCE9
  • UBE2I
  • UBL1
  • WOX1
  • WWOX
Homo sapiens (human)
Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function
  • BARD1
  • BRCA1
  • RNF53
Homo sapiens (human)
Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function
  • BARD1
  • BRCA1
  • RNF53
Homo sapiens (human)
Impaired BRCA2 binding to PALB2
  • ATM
  • BACH1
  • BARD1
  • BLM
  • BRCA1
  • BRCA2
  • BRIP1
  • C16orf75
  • C9orf76
  • CTIP
  • DNA2
  • DNA2L
  • EXO1
  • EXOI
  • FACD
  • FANCD1
  • FANCJ
  • FANCN
  • HEX1
  • HNGS1
  • HTATIP
  • KAT5
  • KIAA0083
  • MRE11
  • MRE11A
  • NBN
  • NBS
  • NBS1
  • P95
  • PALB2
  • PIR51
  • RAD50
  • RAD51
  • RAD51A
  • RAD51AP1
  • RAD51B
  • RAD51C
  • RAD51D
  • RAD51L1
  • RAD51L2
  • RAD51L3
  • RBBP8
  • REC2
  • RECA
  • RECQ2
  • RECQ3
  • RECQL2
  • RECQL3
  • RMI1
  • RMI2
  • RNF53
  • TIP60
  • TOP3
  • TOP3A
  • WRN
  • XRCC2
Homo sapiens (human)
Nonhomologous End-Joining (NHEJ)
  • ABRA1
  • ABRAXAS1
  • ARTEMIS
  • ASCID
  • ATM
  • BABAM1
  • BABAM2
  • BARD1
  • BLU
  • BRCA1
  • BRCC3
  • BRCC36
  • BRCC45
  • BRE
  • C19orf62
  • C6.1A
  • CCDC98
  • CXorf53
  • DCLRE1C
  • EAP2
  • FAM175A
  • G22P1
  • G22P2
  • H2AFX
  • H2AX
  • H2BC1
  • H2BC10
  • H2BC11
  • H2BC12
  • H2BC12L
  • H2BC13
  • H2BC14
  • H2BC15
  • H2BC17
  • H2BC21
  • H2BC26
  • H2BC3
  • H2BC4
  • H2BC5
  • H2BC6
  • H2BC7
  • H2BC8
  • H2BC9
  • H2BFA
  • H2BFB
  • H2BFC
  • H2BFD
  • H2BFE
  • H2BFF
  • H2BFG
  • H2BFH
  • H2BFJ
  • H2BFK
  • H2BFL
  • H2BFN
  • H2BFQ
  • H2BFR
  • H2BFS
  • H2BFT
  • H2BS1
  • H2BU1
  • H3-4
  • H3FT
  • H4-16
  • H4/A
  • H4/B
  • H4/C
  • H4/D
  • H4/E
  • H4/G
  • H4/H
  • H4/I
  • H4/J
  • H4/K
  • H4/M
  • H4/N
  • H4/O
  • H4C1
  • H4C11
  • H4C12
  • H4C13
  • H4C14
  • H4C15
  • H4C16
  • H4C2
  • H4C3
  • H4C4
  • H4C5
  • H4C6
  • H4C8
  • H4C9
  • H4F2
  • H4FA
  • H4FB
  • H4FC
  • H4FD
  • H4FE
  • H4FG
  • H4FH
  • H4FI
  • H4FJ
  • H4FK
  • H4FM
  • H4FN
  • H4FO
  • HERC2
  • HIRIP1
  • HIRIP2
  • HIST1H2BA
  • HIST1H2BB
  • HIST1H2BC
  • HIST1H2BD
  • HIST1H2BE
  • HIST1H2BF
  • HIST1H2BG
  • HIST1H2BH
  • HIST1H2BI
  • HIST1H2BJ
  • HIST1H2BK
  • HIST1H2BL
  • HIST1H2BM
  • HIST1H2BN
  • HIST1H2BO
  • HIST1H4A
  • HIST1H4B
  • HIST1H4C
  • HIST1H4D
  • HIST1H4E
  • HIST1H4F
  • HIST1H4H
  • HIST1H4I
  • HIST1H4J
  • HIST1H4K
  • HIST1H4L
  • HIST2H2BE
  • HIST2H4
  • HIST2H4A
  • HIST2H4B
  • HIST3H2BB
  • HIST3H3
  • HIST4H4
  • HNGS1
  • HTATIP
  • HYRC
  • HYRC1
  • KAT5
  • KIAA0170
  • KIAA0646
  • KIAA1090
  • LIG4
  • MDC1
  • MERIT40
  • MMS2
  • MMSET
  • MRE11
  • MRE11A
  • NBA1
  • NBN
  • NBS
  • NBS1
  • NFBD1
  • NHEJ1
  • NSD2
  • P95
  • PAXIP1
  • PAXIP1L
  • PIAS4
  • PIASG
  • POLL
  • POLM
  • PRKDC
  • PTIP
  • RAD50
  • RAP80
  • RIF1
  • RNF168
  • RNF53
  • RNF8
  • RXRIP110
  • SCIDA
  • SNM1C
  • TDP1
  • TDP2
  • TIP60
  • TP53BP1
  • TRX5
  • TSH2B
  • TTRAP
  • UBE2N
  • UBE2V2
  • UEV2
  • UIMC1
  • WHSC1
  • XLF
  • XRCC4
  • XRCC5
  • XRCC6
  • polmu
Homo sapiens (human)
Antimicrobial peptides
  • AIDD
  • APOJ
  • BPI
  • BPIFA1
  • BPIFA2
  • BPIFB1
  • BPIFB2
  • BPIFB4
  • BPIFB6
  • BPIL1
  • BPIL3
  • C20orf114
  • C20orf184
  • C20orf186
  • C20orf70
  • CAMP
  • CAP18
  • CHGA
  • CLI
  • CLU
  • CTSG
  • DCD
  • DSEP
  • ECP
  • ELA2
  • ELANE
  • EPPIN
  • FALL39
  • GIG12
  • GNLY
  • HIP
  • HIS1
  • HIS2
  • HS71
  • HSP70
  • HTN1
  • HTN3
  • INTL
  • ITLN
  • ITLN1
  • KUB1
  • LAG2
  • LEAP2
  • LF
  • LFR
  • LPLUNC1
  • LPLUNC2
  • LPLUNC4
  • LTF
  • LUNX
  • LYZ
  • LZM
  • MBN
  • NASG
  • NKG5
  • PAP
  • PAP1
  • PAP1B
  • PGLYRP
  • PGLYRP1
  • PGLYRP2
  • PGLYRP3
  • PGLYRP4
  • PGLYRPL
  • PGRP
  • PGRPIA
  • PGRPIB
  • PGRPL
  • PI3
  • PLA2B
  • PLA2G2A
  • PLA2L
  • PLUNC
  • PRSS2
  • PRSS3
  • PRSS4
  • PRTN3
  • RASF-A
  • REG3A
  • REG3G
  • RNASE3
  • RNASE6
  • RNASE7
  • RNASE8
  • RNS3
  • RNS6
  • SEMG
  • SEMG1
  • SPINLW1
  • SPLUNC1
  • SPLUNC2
  • SPURT
  • SSA1
  • SSA2
  • SSA4
  • TLA519
  • TNFSF3L
  • TRY2
  • TRY3
  • TRY4
  • TRYP2
  • WAP3
  • WAP7
  • WFDC14
  • WFDC7
Homo sapiens (human)
Downregulation of TGF-beta receptor signaling
  • ALK5
  • BAMBI
  • CHIP
  • CRM1
  • GADD34
  • KIAA0439
  • KIAA0529
  • KIAA0647
  • KIAA1625
  • MADH2
  • MADH3
  • MADH7
  • MADH8
  • MADR2
  • MAWD
  • MTMR4
  • NEDD4L
  • NEDL3
  • NMA
  • PMEPA1
  • PPP1A
  • PPP1CA
  • PPP1CB
  • PPP1CC
  • PPP1R15A
  • RPS27A
  • SKR4
  • SMAD2
  • SMAD3
  • SMAD7
  • SMURF1
  • SMURF2
  • STAG1
  • STRAP
  • STUB1
  • TGFB
  • TGFB1
  • TGFBR1
  • TGFBR2
  • TMEPAI
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UCH37
  • UCHL5
  • UNRIP
  • USP15
  • XPO1
  • ZFYVE11
Homo sapiens (human)
Activation of BID and translocation to mitochondria
  • BID
  • CASP8
  • CGL1
  • CSPB
  • CTLA1
  • GRB
  • GZMB
  • MCH5
  • NMT
  • NMT1
Homo sapiens (human)
Activation and oligomerization of BAK protein
  • BAK
  • BAK1
  • BCL2L7
  • BID
  • CDN1
Homo sapiens (human)
NTF4 activates NTRK2 (TRKB) signaling
  • NTF4
  • NTF5
  • NTRK2
  • TRKB
Homo sapiens (human)
NTF3 activates NTRK2 (TRKB) signaling
  • NTF3
  • NTRK2
  • TRKB
Homo sapiens (human)
BDNF activates NTRK2 (TRKB) signaling
  • BDNF
  • NTRK2
  • TRKB
Homo sapiens (human)
Activated NTRK2 signals through FYN
  • BDNF
  • GRIN2B
  • NMDAR2B
  • NTRK2
  • SRC
  • SRC1
  • TRKB
Homo sapiens (human)
Activated NTRK2 signals through RAS
  • BDNF
  • HRAS
  • HRAS1
  • NRAS
  • NTF4
  • NTF5
  • NTRK2
  • SOS1
  • TRKB
Homo sapiens (human)
Activated NTRK2 signals through PI3K
  • BDNF
  • GAB1
  • GRB1
  • NTF4
  • NTF5
  • NTRK2
  • PIK3CA
  • PIK3R1
  • TRKB
Homo sapiens (human)
Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3
  • BDNF
  • FRS2
  • FRS3
  • HRAS
  • HRAS1
  • NRAS
  • NTF4
  • NTF5
  • NTRK2
  • PTP2C
  • PTPN11
  • SHPTP2
  • SOS1
  • TRKB
Homo sapiens (human)
NTRK2 activates RAC1
  • BDNF
  • DOCK3
  • KIAA0299
  • MOCA
  • NTRK2
  • RAC1
  • TC25
  • TRKB
Homo sapiens (human)
Activated NTRK2 signals through CDK5
  • BDNF
  • CDK5
  • CDK5R
  • CDK5R1
  • CDKN5
  • NCK5A
  • NTRK2
  • PSSALRE
  • RAC1
  • TC25
  • TIAM1
  • TRKB
Homo sapiens (human)
Myogenesis
  • ABL
  • ABL1
  • BHLHB19
  • BHLHB20
  • BHLHB21
  • BHLHC1
  • BHLHC2
  • BHLHC3
  • BHLHC4
  • BNIP2
  • CAPR
  • CDC42
  • CDH14
  • CDH15
  • CDH2
  • CDH3
  • CDH4
  • CDHN
  • CDO
  • CDON
  • CSBP
  • CSBP1
  • CSBP2
  • CSPB1
  • CTNNA1
  • CTNNA2
  • CTNNB
  • CTNNB1
  • E2A
  • ERK6
  • HEB
  • HSS
  • HTF4
  • IGDCC2
  • ITF1
  • ITF2
  • JTK7
  • KIAA0516
  • MAP2K6
  • MAPK11
  • MAPK12
  • MAPK14
  • MAPK8IP4
  • MEF2
  • MEF2A
  • MEF2B
  • MEF2C
  • MEF2D
  • MEK6
  • MKK6
  • MRF4
  • MXI2
  • MYF3
  • MYF4
  • MYF5
  • MYF6
  • MYOD
  • MYOD1
  • MYOG
  • NCAD
  • NEO1
  • NGN
  • NIP2
  • NTN2L
  • NTN3
  • PRKM11
  • PRKMK6
  • SAPK2
  • SAPK2A
  • SAPK2B
  • SAPK3
  • SEF2
  • SKK3
  • SPAG9
  • SYD1
  • TCF12
  • TCF3
  • TCF4
  • XMEF2
Homo sapiens (human)
Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions
  • BAG4
  • BFGFR
  • C8orf2
  • CEK
  • ERLIN2
  • FGFBR
  • FGFR1
  • FLG
  • FLT2
  • HBGFR
  • SODD
  • SPFH2
Homo sapiens (human)
TNF signaling
  • ADAM17
  • BAG4
  • CSVP
  • RIP
  • RIP1
  • RIPK1
  • SODD
  • TACE
  • TNF
  • TNFA
  • TNFAR
  • TNFR1
  • TNFRSF1A
  • TNFSF2
  • TRADD
  • TRAF2
  • TRAP3
Homo sapiens (human)
Regulation of Complement cascade
  • ACBP
  • APOJ
  • AZ3B
  • BF
  • BFD
  • C1IN
  • C1NH
  • C1QA
  • C1QB
  • C1QC
  • C1QG
  • C1R
  • C1S
  • C2
  • C3
  • C3AR1
  • C3BR
  • C3DR
  • C3R1
  • C4A
  • C4B
  • C4BP
  • C4BPA
  • C4BPB
  • C4B_2
  • C5
  • C5AR
  • C5AR1
  • C5AR2
  • C5L2
  • C5R1
  • C6
  • C7
  • C8A
  • C8B
  • C8G
  • C9
  • CD19
  • CD46
  • CD55
  • CD59
  • CD81
  • CFB
  • CFH
  • CFHL
  • CFHL1
  • CFHL1P
  • CFHL2
  • CFHL3
  • CFHL4
  • CFHL5
  • CFHR1
  • CFHR1P
  • CFHR2
  • CFHR3
  • CFHR4
  • CFHR5
  • CFI
  • CLI
  • CLU
  • CO4
  • CPAMD1
  • CPAMD2
  • CPAMD3
  • CPAMD4
  • CPB2
  • CPN1
  • CPN2
  • CR
  • CR1
  • CR2
  • DAF
  • ELA2
  • ELANE
  • F2
  • FHR1
  • FHR2
  • FHR3
  • FHR4
  • FHR5
  • GPR77
  • HF
  • HF1
  • HF2
  • HFL1
  • HFL2
  • HFL3
  • HNFAG09
  • IF
  • IGHG1
  • IGHG2
  • IGHG3
  • IGHG4
  • IGHV
  • IGHV1-2
  • IGHV1-46
  • IGHV1-69
  • IGHV2-5
  • IGHV2-70
  • IGHV3-11
  • IGHV3-13
  • IGHV3-23
  • IGHV3-30
  • IGHV3-33
  • IGHV3-48
  • IGHV3-53
  • IGHV3-7
  • IGHV3-9
  • IGHV4-34
  • IGHV4-39
  • IGHV4-59
  • IGHV7-81
  • IGKC
  • IGKV1-12
  • IGKV1-16
  • IGKV1-17
  • IGKV1-33
  • IGKV1-39
  • IGKV1-5
  • IGKV1D-12
  • IGKV1D-16
  • IGKV1D-33
  • IGKV1D-39
  • IGKV2-28
  • IGKV2-29
  • IGKV2-30
  • IGKV2D-28
  • IGKV2D-30
  • IGKV2D-40
  • IGKV3-11
  • IGKV3-15
  • IGKV3-20
  • IGKV3D-20
  • IGKV4-1
  • IGKV5-2
  • IGLC1
  • IGLC2
  • IGLC3
  • IGLC6
  • IGLC7
  • IGLV
  • IGLV1-40
  • IGLV1-44
  • IGLV1-47
  • IGLV1-51
  • IGLV2-11
  • IGLV2-14
  • IGLV2-23
  • IGLV2-8
  • IGLV3-1
  • IGLV3-19
  • IGLV3-21
  • IGLV3-25
  • IGLV3-27
  • IGLV6-57
  • IGLV7-43
  • KUB1
  • MCP
  • MIC10
  • MIC11
  • MIN1
  • MIN2
  • MIN3
  • MSK21
  • PROS
  • PROS1
  • SERPING1
  • TAPA1
  • TSPAN28
  • V1-11
  • V1-13
  • V1-16
  • V1-20
  • V1-3
  • V1-5
  • V1-7
  • V1-9
  • V2-11
  • V2-15
  • V2-17
  • V2-19
  • V2-8
  • V3-2
  • V3-3
  • V3-4
  • V4-1
  • V4-2
  • V4-6
  • V5-1
  • V5-4
  • V5-6
  • VTN
Homo sapiens (human)

About Release Notes Help Feedback

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GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

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Last updated: August 19, 2024