GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 1151 - 1175 of 2090 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism ▲ GlyTouCan ID
CD28 dependent PI3K/Akt signaling
  • AKT1
  • AKT2
  • AKT3
  • C20orf97
  • CD28
  • CD28LG
  • CD28LG1
  • CD28LG2
  • CD80
  • CD86
  • COT
  • CTMP
  • ESTF
  • FRAP
  • FRAP1
  • FRAP2
  • FYN
  • GBL
  • GRB1
  • KIAA1999
  • LAB7
  • LCK
  • LST8
  • M
  • MAP3K14
  • MAP3K8
  • MAPKAP1
  • MIP1
  • MLST8
  • MTOR
  • N
  • NIK
  • NIPK
  • PDK1
  • PDPK1
  • PIK3CA
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PIK3R3
  • PKB
  • PKBG
  • PROTOR1
  • PRR5
  • RAC
  • RAFT1
  • RAPT1
  • RICTOR
  • SIN1
  • SKIP3
  • THEM4
  • TRB3
  • TRIB3
Homo sapiens (human)
Regulation of NPAS4 mRNA translation
  • AGO1
  • AGO2
  • AGO3
  • AGO4
  • BHLHE79
  • CAGH26
  • EIF2C1
  • EIF2C2
  • EIF2C3
  • EIF2C4
  • KIAA1093
  • KIAA1460
  • KIAA1567
  • KIAA1582
  • KIAA1631
  • MOV10
  • NPAS4
  • NXF
  • PASD10
  • TNRC6
  • TNRC6A
  • TNRC6B
  • TNRC6C
Homo sapiens (human)
Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation
  • AIP
  • ANX2
  • ANX2L4
  • ANXA2
  • ARF1
  • BOLA2
  • BOLA2A
  • BOLA2B
  • CA1
  • CAL1H
  • CAPZA1
  • CCT1
  • CCTA
  • CDC42
  • CFL
  • CFL1
  • CNN2
  • CYPA
  • GLIF
  • GRP75
  • GST2
  • GSTA2
  • GSTO1
  • GSTTLP28
  • H731
  • HNRNPA2B1
  • HNRNPDL
  • HNRNPF
  • HNRPA2B1
  • HNRPDL
  • HNRPF
  • HSPA9
  • HSPA9B
  • IFNG
  • IL10
  • JKTBP
  • LCP1
  • LMN2
  • LMNB
  • LMNB1
  • LPC2D
  • MIF
  • MMIF
  • MSAP
  • MSN
  • MTAP
  • PAI2
  • PAK2
  • PDCD4
  • PITPN
  • PITPNA
  • PLANH2
  • PLS2
  • PPIA
  • PSME2
  • RAL
  • RALA
  • RAP1B
  • RPLP0
  • SERPINB2
  • SNRPA1
  • SOD1
  • SOD2
  • STAT4
  • TAL
  • TALDO
  • TALDO1
  • TALDOR
  • TCP1
  • XAP2
  • mt-HSP70
Homo sapiens (human)
RUNX3 regulates p14-ARF
  • AML1
  • AML2
  • BCL1
  • BRD2
  • CBFA2
  • CBFA3
  • CBFB
  • CCND1
  • EP300
  • HDAC4
  • KIAA0288
  • KIAA9001
  • KRAS
  • KRAS2
  • P300
  • PEBP2A3
  • PRAD1
  • RASK2
  • RING3
  • RUNX1
  • RUNX3
  • TGFB
  • TGFB1
Homo sapiens (human)
Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript
  • AAAS
  • ADRACALA
  • ALY
  • ALYREF
  • ASF
  • BAT1
  • BEF
  • C1orf77
  • C22orf19
  • C7orf14
  • CAIN
  • CAN
  • CASC3
  • CBP20
  • CBP80
  • CDC40
  • CG1
  • CHTOP
  • CXorf3
  • D3S1231E
  • DDX38
  • DDX39
  • DDX39A
  • DDX39B
  • DDX48
  • DHX38
  • EHB3
  • EIF4A3
  • FOP
  • FYTTD1
  • GLE1
  • GLE1L
  • HCC1
  • HPR1
  • HRS
  • KIAA0023
  • KIAA0095
  • KIAA0111
  • KIAA0169
  • KIAA0197
  • KIAA0224
  • KIAA0225
  • KIAA0618
  • KIAA0663
  • KIAA0791
  • KIAA0906
  • KIAA0983
  • KIAA1649
  • LDC2
  • LUZP4
  • MAGOH
  • MAGOH2
  • MAGOHA
  • MAGOHB
  • MLN51
  • MP44
  • MRNP41
  • NCBP
  • NCBP1
  • NCBP2
  • NDC1
  • NIF3L1BP1
  • NPAP60L
  • NUP107
  • NUP120
  • NUP121
  • NUP133
  • NUP153
  • NUP155
  • NUP160
  • NUP188
  • NUP205
  • NUP210
  • NUP214
  • NUP35
  • NUP358
  • NUP37
  • NUP42
  • NUP43
  • NUP50
  • NUP53
  • NUP54
  • NUP62
  • NUP75
  • NUP85
  • NUP88
  • NUP93
  • NUPL2
  • NXF1
  • NXF2
  • NXF2B
  • NXT1
  • PCNT1
  • PDIP46
  • POLDIP3
  • POM121
  • POM121A
  • POM121C
  • PRP16
  • PRP17
  • PRPF17
  • RAE1
  • RANBP2
  • RBM8
  • RBM8A
  • RENT3B
  • RNPS1
  • SARNP
  • SEC13
  • SEC13A
  • SEC13L1
  • SEC13R
  • SF2
  • SF2P33
  • SFRS1
  • SFRS11
  • SFRS2
  • SFRS3
  • SFRS4
  • SFRS5
  • SFRS6
  • SFRS7
  • SFRS9
  • SLU7
  • SRM160
  • SRP20
  • SRP30C
  • SRP40
  • SRP55
  • SRP75
  • SRRM1
  • SRSF1
  • SRSF11
  • SRSF2
  • SRSF3
  • SRSF4
  • SRSF5
  • SRSF6
  • SRSF7
  • SRSF9
  • TAP
  • TAPL2
  • THOC1
  • THOC2
  • THOC3
  • THOC4
  • THOC5
  • THOC6
  • THOC7
  • TMEM48
  • TPR
  • U2AF1
  • U2AF1-RS3
  • U2AF1L3
  • U2AF1L4
  • U2AF2
  • U2AF35
  • U2AF65
  • U2AFBP
  • UAP56
  • UIF
  • UPF3B
  • UPF3X
  • WDR58
  • ZC3H11A
  • ZC3HDC11A
Homo sapiens (human)
Extra-nuclear estrogen signaling
  • AKT1
  • AREG
  • AREGB
  • BTC
  • C9orf108
  • C9orf47
  • CALM
  • CALM1
  • CAM
  • CAM1
  • CAV
  • CAV1
  • CAV2
  • CLG4A
  • CLG4B
  • DTR
  • DTS
  • EDG3
  • EGF
  • EGFR
  • EPGN
  • ERBB
  • ERBB1
  • EREG
  • ESR
  • ESR1
  • ESR2
  • ESTRB
  • FAK
  • FAK1
  • GNAI1
  • GNAI2
  • GNAI2B
  • GNAI3
  • GNAT3
  • GNB1
  • GNB2
  • GNB3
  • GNB4
  • GNB5
  • GNG10
  • GNG11
  • GNG12
  • GNG13
  • GNG2
  • GNG3
  • GNG4
  • GNG5
  • GNG7
  • GNG8
  • GNG9
  • GNGT1
  • GNGT10
  • GNGT11
  • GNGT2
  • GNGT3
  • GNGT4
  • GNGT5
  • GNGT7
  • GNGT8
  • GNGT9
  • GRB1
  • HBEGF
  • HEGFL
  • HER1
  • HMT2
  • HRMT1L2
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSPC1
  • HSPCA
  • IGF1R
  • IR1B4
  • MMP2
  • MMP3
  • MMP7
  • MMP9
  • MPSL1
  • NOS3
  • NR3A1
  • NR3A2
  • PIK3CA
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PIK3R3
  • PKB
  • PRMT1
  • PTK2
  • PUMP1
  • RAC
  • S1PR3
  • SDGF
  • SK1
  • SPHK
  • SPHK1
  • SPK
  • SRC
  • SRC1
  • STMY1
  • STRN
  • TGFA
  • ZDHHC21
  • ZDHHC7
Homo sapiens (human)
Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function
  • BARD1
  • BRCA1
  • RNF53
Homo sapiens (human)
Formation of TC-NER Pre-Incision Complex
  • AQR
  • BTF2
  • BTF2P44
  • C6orf175
  • CAK
  • CAK1
  • CAP35
  • CCDC16
  • CCNH
  • CDK7
  • CDKN7
  • CKN1
  • COPS1
  • COPS2
  • COPS3
  • COPS4
  • COPS5
  • COPS6
  • COPS7A
  • COPS7B
  • COPS8
  • CSA
  • CSB
  • CSN1
  • CSN2
  • CSN3
  • CSN4
  • CSN5
  • CSN6
  • CSN7A
  • CSN7B
  • CSN8
  • CUL4A
  • CUL4B
  • CYP33
  • DDB1
  • DERP10
  • ERCC2
  • ERCC3
  • ERCC6
  • ERCC8
  • GPS1
  • GTF2H1
  • GTF2H2
  • GTF2H3
  • GTF2H4
  • GTF2H5
  • GTF2S
  • HAUSP
  • HCNP
  • HVIP
  • ISY1
  • JAB1
  • KIAA0560
  • KIAA0695
  • KIAA1160
  • KIAA1177
  • KIAA1530
  • MAT1
  • MNAT1
  • MO15
  • NMP200
  • POLR2
  • POLR2A
  • POLR2B
  • POLR2C
  • POLR2D
  • POLR2E
  • POLR2F
  • POLR2G
  • POLR2H
  • POLR2I
  • POLR2J
  • POLR2J1
  • POLR2K
  • POLR2L
  • POLRF
  • PPIE
  • PRP19
  • PRPF19
  • RBX1
  • RNF66
  • RNF75
  • ROC1
  • RPB7
  • RPS27A
  • SNEV
  • STK1
  • SYF1
  • TCEA1
  • TFIIS
  • TRIP15
  • TTDA
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • USP7
  • UVSSA
  • XAB2
  • XAP1
  • XPA
  • XPAC
  • XPB
  • XPBC
  • XPD
  • XPDC
  • ZNF830
Homo sapiens (human)
Defective F8 secretion
  • F8
  • F8C
Homo sapiens (human)
lorlatinib-resistant ALK mutants
  • ALK
Homo sapiens (human)
RNA Polymerase II Transcription Elongation
  • AF5Q31
  • AF9
  • AFF4
  • BTF2
  • BTF2P44
  • C19orf17
  • C1orf28
  • C6orf175
  • CAK
  • CAK1
  • CAP35
  • CCNH
  • CCNK
  • CCNT1
  • CCNT2
  • CDC2L4
  • CDC73
  • CDK7
  • CDK9
  • CDKN7
  • COBRA1
  • CPR4
  • CTDP1
  • CTR9
  • EAF1
  • EAF2
  • ELL
  • ELOA
  • ELOA2
  • ELOB
  • ELOC
  • ENL
  • ERCC2
  • ERCC3
  • FACT140
  • FACT80
  • FACTP140
  • FCP1
  • GTF2F1
  • GTF2F2
  • GTF2H1
  • GTF2H2
  • GTF2H3
  • GTF2H4
  • GTF2H5
  • GTF2S
  • HRPT2
  • IWS1
  • IWS1L
  • KIAA0155
  • KIAA0162
  • KIAA0252
  • KIAA1182
  • LEO1
  • LTG19
  • MAT1
  • MCEF
  • MLLT1
  • MLLT3
  • MNAT1
  • MO15
  • NELFA
  • NELFB
  • NELFCD
  • NELFD
  • NELFE
  • PAF1
  • PD2
  • POLR2
  • POLR2A
  • POLR2B
  • POLR2C
  • POLR2D
  • POLR2E
  • POLR2F
  • POLR2G
  • POLR2H
  • POLR2I
  • POLR2J
  • POLR2J1
  • POLR2K
  • POLR2L
  • POLRF
  • RAP30
  • RAP74
  • RD
  • RDBP
  • RDL
  • RNF66
  • RPB7
  • RTF1
  • SH2BP1
  • SKIC8
  • SPT4H
  • SPT5
  • SPT5H
  • SPT6H
  • SSRP1
  • STK1
  • SUPT16H
  • SUPT4H
  • SUPT4H1
  • SUPT5H
  • SUPT6H
  • TAK
  • TCEA1
  • TCEB1
  • TCEB2
  • TCEB3
  • TCEB3B
  • TCEB3L
  • TFIIS
  • TH1
  • TH1L
  • TRAITS
  • TTDA
  • WDR61
  • WHSC2
  • XPB
  • XPBC
  • XPD
  • XPDC
  • YEATS1
  • YEATS3
Homo sapiens (human)
ECM proteoglycans
  • ACAN
  • AGC1
  • AGRIN
  • AGRN
  • ASPN
  • BCAN
  • BEHAB
  • BGN
  • BNSP
  • CD11C
  • CD49B
  • CMP
  • COL9A1
  • COL9A2
  • COL9A3
  • COMP
  • CRTL1
  • CRTM
  • CSPG1
  • CSPG2
  • CSPG3
  • CSPG7
  • DAG1
  • DCN
  • DMP1
  • DSPP
  • FM
  • FMOD
  • FNRB
  • GP2B
  • GP3A
  • HAPLN1
  • HSPG2
  • HXB
  • HXBL
  • IBSP
  • ITGA2
  • ITGA2B
  • ITGA7
  • ITGA8
  • ITGA9
  • ITGAB
  • ITGAV
  • ITGAX
  • ITGB1
  • ITGB3
  • ITGB5
  • ITGB6
  • KIAA0533
  • KIAA0816
  • KIAA1907
  • LAMA
  • LAMA1
  • LAMA2
  • LAMA3
  • LAMA4
  • LAMA5
  • LAMB1
  • LAMB2
  • LAMC1
  • LAMM
  • LAMNA
  • LAMS
  • LDC
  • LRP10
  • LRP4
  • LUM
  • MATN1
  • MATN3
  • MATN4
  • MDF2
  • MEGF7
  • MSK12
  • MSK16
  • MSK8
  • MUSK
  • NCAM
  • NCAM1
  • NCAN
  • NEUR
  • ON
  • PAI1
  • PLANH1
  • PLAP1
  • PTPRS
  • SERPINE1
  • SLRR1A
  • SLRR1B
  • SLRR1C
  • SLRR2D
  • SLRR2E
  • SPARC
  • TGFB
  • TGFB1
  • TGFB2
  • TGFB3
  • TNC
  • TNN
  • TNR
  • TNW
  • TNX
  • TNXB
  • TNXB1
  • TNXB2
  • VCAN
  • VNRA
  • VTN
  • VTNR
  • XB
Homo sapiens (human)
LXRs regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose
  • LXRA
  • LXRB
  • NER
  • NR1H2
  • NR1H3
  • NR2B1
  • NR2B2
  • PERI
  • PLIN
  • PLIN1
  • RXRA
  • RXRB
  • UNR
Homo sapiens (human)
Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se
  • AHCY
  • AMS1
  • CBS
  • CTH
  • GNMT
  • HNMT
  • MAT1A
  • MATA1
  • NNMT
  • SAHH
  • SCL
  • SCLY
Homo sapiens (human)
Signaling by kinase domain mutants of KIT
  • KIT
  • SCFR
Homo sapiens (human)
Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation
  • A2M
  • AT3
  • BDK
  • C1IN
  • C1NH
  • C1QBP
  • CPAMD5
  • F10
  • F11
  • F12
  • F2
  • F8
  • F8C
  • F8VWF
  • F9
  • GC1QBP
  • GP1BA
  • GP1BB
  • GP5
  • GP9
  • HABP1
  • HCF2
  • KLK3
  • KLKB1
  • KNG
  • KNG1
  • PCI
  • PCP
  • PI7
  • PLANH3
  • PN1
  • PRCP
  • PROC
  • PROCI
  • PROS
  • PROS1
  • SERPINA5
  • SERPINC1
  • SERPIND1
  • SERPINE2
  • SERPING1
  • SF2P32
  • VWF
Homo sapiens (human)
Negative regulation of the PI3K/AKT network
  • AKT1
  • AKT2
  • AKT3
  • C20orf97
  • CTMP
  • KIAA0606
  • KIAA0931
  • MMAC1
  • NIPK
  • PHLPP
  • PHLPP1
  • PHLPP2
  • PHLPPL
  • PKB
  • PKBG
  • PLEKHE1
  • PTEN
  • RAC
  • SCOP
  • SKIP3
  • TEP1
  • THEM4
  • TRB3
  • TRIB3
Homo sapiens (human)
ADP signalling through P2Y purinoceptor 12
  • GNAI1
  • GNAI2
  • GNAI2B
  • GNAI3
  • GNAT3
  • GNB1
  • GNB2
  • GNB3
  • GNB4
  • GNB5
  • GNG10
  • GNG11
  • GNG12
  • GNG13
  • GNG2
  • GNG3
  • GNG4
  • GNG5
  • GNG7
  • GNG8
  • GNG9
  • GNGT1
  • GNGT10
  • GNGT11
  • GNGT2
  • GNGT3
  • GNGT4
  • GNGT5
  • GNGT7
  • GNGT8
  • GNGT9
  • HORK3
  • P2RY12
Homo sapiens (human)
Respiratory syncytial virus genome transcription
  • HSC70
  • HSP73
  • HSPA10
  • HSPA8
  • L
  • M2-1
  • M2-2
  • N
  • P
Homo sapiens (human)
Glycosphingolipid biosynthesis
  • A14GALT
  • A4GALT
  • A4GALT1
  • B3GALNT1
  • B3GALT3
  • B3GALT4
  • B3GNT5
  • B4GALNT1
  • B4GALT5
  • B4GALT6
  • CERK
  • CGT
  • CST
  • FUT1
  • FUT2
  • GAL3ST1
  • GALGT
  • GALT4
  • H
  • HSC
  • KIAA1646
  • SEC2
  • SIAT2
  • SIAT4B
  • SIAT6
  • SIAT7E
  • SIAT7F
  • SIAT8E
  • SIAT9
  • ST3GAL2
  • ST3GAL3
  • ST3GAL5
  • ST6GALNAC5
  • ST6GALNAC6
  • ST8SIA5
  • UGCG
  • UGT4
  • UGT8
Homo sapiens (human)
Signalling to STAT3
  • APRF
  • MTC
  • NGF
  • NGFB
  • NTRK1
  • STAT3
  • TRK
  • TRKA
Homo sapiens (human)
Peroxisomal lipid metabolism
  • ACBD4
  • ACBD5
  • HAO2
  • HAOX2
  • KIAA1996
  • NUDT19
  • NUDT7
Homo sapiens (human)
Condensation of Prometaphase Chromosomes
  • BRRN
  • BRRN1
  • CAPC
  • CAPD2
  • CAPE
  • CAPG
  • CAPH
  • CCNB
  • CCNB1
  • CCNB2
  • CDC2
  • CDC28A
  • CDK1
  • CDKN1
  • CK2A1
  • CK2A2
  • CK2N
  • CNAP1
  • CSNK2A1
  • CSNK2A2
  • CSNK2B
  • G5A
  • KIAA0074
  • KIAA0159
  • NCAPD2
  • NCAPG
  • NCAPH
  • NYMEL3
  • P34CDC2
  • SMC2
  • SMC2L1
  • SMC4
  • SMC4L1
Homo sapiens (human)
Insulin effects increased synthesis of Xylulose-5-Phosphate
  • TAL
  • TALDO
  • TALDO1
  • TALDOR
  • TKT
Homo sapiens (human)
Metabolism of steroid hormones
  • ARSC1
  • STS
Homo sapiens (human)

About Release Notes Help Feedback

International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Last updated: August 19, 2024