GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 426 - 450 of 2090 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID ▲ Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
RND3 GTPase cycle
  • ANKRD26
  • APE
  • ARHE
  • ARHGAP10
  • ARHGAP21
  • ARHGAP35
  • ARHGAP5
  • BACURD1
  • BACURD2
  • BP230
  • BP240
  • BPAG1
  • C6orf143
  • CALM
  • CAV
  • CAV1
  • CCDC88A
  • CDHF4
  • CG1
  • CKAP4
  • CKB
  • CKBB
  • CPD
  • CRIB1
  • DDX4
  • DEPDC1B
  • DLG5
  • DMH
  • DRCC1
  • DSG1
  • DSP
  • DST
  • DT
  • ECK
  • EDP1
  • EPHA2
  • ESA1
  • FAM83B
  • FLOT2
  • GRB1
  • GRDN
  • GRF1
  • GRLF1
  • HNRPG
  • IRAS
  • KCTD13
  • KIAA0004
  • KIAA0147
  • KIAA0583
  • KIAA0720
  • KIAA0728
  • KIAA0975
  • KIAA1074
  • KIAA1212
  • KIAA1215
  • KIAA1424
  • KIAA1722
  • KTN1
  • LAP4
  • LEMD3
  • M17S1
  • MAN1
  • MUC13
  • NGAP
  • NISCH
  • P190A
  • PDIP1
  • PDLG
  • PICALM
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PKP4
  • PLEKHG5
  • PNP1
  • POLDIP1
  • PTP1E
  • PTPL1
  • PTPN13
  • RASAL2
  • RBMX
  • RBMXP1
  • RECC
  • RHO8
  • RHOE
  • RHOGAP5
  • RND3
  • ROCK1
  • SCRB1
  • SCRIB
  • SEMA4F
  • SEMAM
  • SEMAW
  • SOC
  • STB1
  • STB2
  • TMOD3
  • TNFAIP1
  • TRP32
  • TXL
  • TXNL
  • TXNL1
  • UBXD5
  • UBXN11
  • VANGL1
  • VANGL2
  • VARTUL
  • VASA
  • WDR6
  • XTP8
  • p190ARHOGAP
Homo sapiens (human)
Downstream signal transduction
  • APRF
  • BCAR1
  • CAS
  • CASS1
  • CRK
  • CRKAS
  • CRKL
  • GAP
  • GRB1
  • GRB4
  • GRB7
  • GRF2
  • HRAS
  • HRAS1
  • NCK
  • NCK1
  • NCK2
  • NRAS
  • PDGF2
  • PDGFB
  • PDGFR
  • PDGFR1
  • PDGFR2
  • PDGFRA
  • PDGFRB
  • PIK3C1
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PLC1
  • PLCG1
  • PTP2C
  • PTPN11
  • RAPGEF1
  • RASA
  • RASA1
  • RHEPDGFRA
  • SHPTP2
  • SIS
  • SOS1
  • SRC
  • SRC1
  • STAT1
  • STAT3
  • STAT5
  • STAT5A
  • STAT5B
  • STAT6
Homo sapiens (human)
DAP12 signaling
  • AGMX1
  • ATK
  • B2M
  • BPK
  • BTK
  • CD94
  • D12S2489E
  • DAP12
  • FYN
  • GADS
  • GRAP2
  • GRB1
  • GRB2L
  • GRID
  • HLA-6.2
  • HLA-E
  • HLAE
  • HRAS
  • HRAS1
  • KARAP
  • KLRC2
  • KLRD1
  • KLRK1
  • LCK
  • LCP2
  • NKG2C
  • NKG2D
  • NRAS
  • PIK3C1
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PLC1
  • PLCG1
  • PLCG2
  • RAC1
  • SOS1
  • SYK
  • TC25
  • TREM2
  • TYROBP
  • VAV2
  • VAV3
Homo sapiens (human)
Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants
  • APRF
  • FYN
  • GRB1
  • HRAS
  • HRAS1
  • JAK2
  • JTK8
  • KIT
  • LCK
  • LYN
  • NRAS
  • PIK3CA
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PIK3R3
  • SCFR
  • SOS1
  • STAT1
  • STAT3
  • STAT5
  • STAT5A
  • STAT5B
  • YES
  • YES1
Homo sapiens (human)
Costimulation by the CD28 family
  • B7H2
  • B7RP1
  • BTLA
  • GRB1
  • HCP
  • HVEA
  • HVEM
  • ICOSL
  • ICOSLG
  • KIAA0653
  • PIK3CA
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PIK3R3
  • PTP1C
  • PTP2C
  • PTPN11
  • PTPN6
  • SHPTP2
  • TNFRSF14
Homo sapiens (human)
Signaling by ALK
  • ALK
  • ALKAL1
  • ALKAL2
  • APRF
  • BHLHE37
  • BHLHE39
  • FAM150A
  • FAM150B
  • FRS2
  • GRB1
  • HBNF1
  • HCP
  • IRS1
  • JAK3
  • MDK
  • MK1
  • MYC
  • MYCN
  • NEGF1
  • NEGF2
  • NMYC
  • PIK3C1
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PLC1
  • PLCG1
  • PTN
  • PTP1C
  • PTPN6
  • STAT3
Homo sapiens (human)
Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants
  • APRF
  • GRB1
  • HRAS
  • HRAS1
  • NRAS
  • PDGFR2
  • PDGFRA
  • PIK3C1
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • RHEPDGFRA
  • SOS1
  • STAT1
  • STAT3
Homo sapiens (human)
Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants
  • APRF
  • GRB1
  • HRAS
  • HRAS1
  • NRAS
  • PDGFR2
  • PDGFRA
  • PIK3C1
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • RHEPDGFRA
  • SOS1
  • STAT1
  • STAT3
Homo sapiens (human)
PI3K/AKT activation
  • ARH12
  • ARHA
  • GRB1
  • IRS1
  • IRS2
  • MTC
  • NGF
  • NGFB
  • NTRK1
  • PIK3C1
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • RHO12
  • RHOA
  • TRK
  • TRKA
Homo sapiens (human)
Signaling by LTK in cancer
  • CLIP1
  • CYLN1
  • ERK1
  • ERK2
  • GRB1
  • MAPK1
  • MAPK3
  • PIK3C1
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PRKM1
  • PRKM2
  • PRKM3
  • RSN
Homo sapiens (human)
Signaling by LTK
  • ACK1
  • ALKAL1
  • ALKAL2
  • ASH
  • FAM150A
  • FAM150B
  • GRB1
  • GRB2
  • IRS1
  • LTK
  • PIK3C1
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • SOS1
  • TNK2
  • TYK1
Homo sapiens (human)
IRS-mediated signalling
  • GRB1
  • IRS1
  • IRS2
  • PIK3C1
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
Homo sapiens (human)
Intra-Golgi traffic
  • ALPP
  • ARF1
  • ARNO
  • ARNO3
  • BET1L
  • CEV14
  • CIP150
  • COG1
  • COG2
  • COG3
  • COG4
  • COG5
  • COG6
  • COG7
  • COG8
  • CUTL1
  • CUX1
  • CYT4
  • CYTH1
  • CYTH2
  • CYTH3
  • CYTH4
  • D17S811E
  • GIMPC
  • GOLGA5
  • GOLIM4
  • GOLPH4
  • GOLTC1
  • GOSR1
  • GOSR2
  • GPP130
  • GRP1
  • GS15
  • GS27
  • GS28
  • GTC90
  • KIAA0258
  • KIAA1134
  • KIAA1381
  • KIAA1432
  • LDLB
  • LDLC
  • MAN1A1
  • MAN1A2
  • MAN1A3
  • MAN1B
  • MAN1C
  • MAN1C1
  • MAN2A1
  • MAN2A2
  • MANA2
  • MANA2X
  • NAPA
  • NAPB
  • NAPG
  • NSF
  • PLAP
  • PSCD1
  • PSCD2
  • PSCD2L
  • PSCD3
  • PSCD4
  • RAB30
  • RAB33B
  • RAB36
  • RAB39
  • RAB39A
  • RAB41
  • RETII
  • RFG5
  • RGP1
  • RIC1
  • SEC34
  • SNAP29
  • SNAPA
  • SNAPB
  • SNAPG
  • STX16
  • STX5
  • STX5A
  • STX6
  • TRIP11
  • VPS45
  • VPS45A
  • VPS45B
  • VTI1A
  • YKT6
Homo sapiens (human)
Lysosomal oligosaccharide catabolism
  • KIAA0935
  • LAMAN
  • MAN2B1
  • MAN2B2
  • MAN2C1
  • MANA
  • MANA1
  • MANB
  • MANB1
  • MANBA
Homo sapiens (human)
ECM proteoglycans
  • ACAN
  • AGC1
  • AGRIN
  • AGRN
  • ASPN
  • BCAN
  • BEHAB
  • BGN
  • BNSP
  • CD11C
  • CD49B
  • CMP
  • COL9A1
  • COL9A2
  • COL9A3
  • COMP
  • CRTL1
  • CRTM
  • CSPG1
  • CSPG2
  • CSPG3
  • CSPG7
  • DAG1
  • DCN
  • DMP1
  • DSPP
  • FM
  • FMOD
  • FNRB
  • GP2B
  • GP3A
  • HAPLN1
  • HSPG2
  • HXB
  • HXBL
  • IBSP
  • ITGA2
  • ITGA2B
  • ITGA7
  • ITGA8
  • ITGA9
  • ITGAB
  • ITGAV
  • ITGAX
  • ITGB1
  • ITGB3
  • ITGB5
  • ITGB6
  • KIAA0533
  • KIAA0816
  • KIAA1907
  • LAMA
  • LAMA1
  • LAMA2
  • LAMA3
  • LAMA4
  • LAMA5
  • LAMB1
  • LAMB2
  • LAMC1
  • LAMM
  • LAMNA
  • LAMS
  • LDC
  • LRP10
  • LRP4
  • LUM
  • MATN1
  • MATN3
  • MATN4
  • MDF2
  • MEGF7
  • MSK12
  • MSK16
  • MSK8
  • MUSK
  • NCAM
  • NCAM1
  • NCAN
  • NEUR
  • ON
  • PAI1
  • PLANH1
  • PLAP1
  • PTPRS
  • SERPINE1
  • SLRR1A
  • SLRR1B
  • SLRR1C
  • SLRR2D
  • SLRR2E
  • SPARC
  • TGFB
  • TGFB1
  • TGFB2
  • TGFB3
  • TNC
  • TNN
  • TNR
  • TNW
  • TNX
  • TNXB
  • TNXB1
  • TNXB2
  • VCAN
  • VNRA
  • VTN
  • VTNR
  • XB
Homo sapiens (human)
A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis
  • AGRIN
  • AGRN
  • B3GALT6
  • B3GAT1
  • B3GAT2
  • B3GAT3
  • B4GALT7
  • BCAN
  • BEHAB
  • BGN
  • CALEB
  • CSPG2
  • CSPG3
  • CSPG4
  • CSPG5
  • CSPG7
  • DCN
  • GLCATP
  • GLCATS
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • GPC6
  • HSPG1
  • HSPG2
  • KIAA0468
  • KIAA1963
  • MCSP
  • NCAN
  • NEUR
  • NGC
  • OCI5
  • SDC
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • SLRR1A
  • SLRR1B
  • VCAN
  • XGALT1
  • XT1
  • XT2
  • XYLT1
  • XYLT2
Homo sapiens (human)
Defective B3GAT3 causes JDSSDHD
  • AGRIN
  • AGRN
  • B3GAT3
  • BCAN
  • BEHAB
  • BGN
  • CALEB
  • CSPG2
  • CSPG3
  • CSPG4
  • CSPG5
  • CSPG7
  • DCN
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • GPC6
  • HSPG1
  • HSPG2
  • KIAA0468
  • MCSP
  • NCAN
  • NEUR
  • NGC
  • OCI5
  • SDC
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • SLRR1A
  • SLRR1B
  • VCAN
Homo sapiens (human)
Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1
  • AGRIN
  • AGRN
  • B3GALT6
  • BCAN
  • BEHAB
  • BGN
  • CALEB
  • CSPG2
  • CSPG3
  • CSPG4
  • CSPG5
  • CSPG7
  • DCN
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • GPC6
  • HSPG1
  • HSPG2
  • KIAA0468
  • MCSP
  • NCAN
  • NEUR
  • NGC
  • OCI5
  • SDC
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • SLRR1A
  • SLRR1B
  • VCAN
Homo sapiens (human)
Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type
  • AGRIN
  • AGRN
  • B4GALT7
  • BCAN
  • BEHAB
  • BGN
  • CALEB
  • CSPG2
  • CSPG3
  • CSPG4
  • CSPG5
  • CSPG7
  • DCN
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • GPC6
  • HSPG1
  • HSPG2
  • KIAA0468
  • MCSP
  • NCAN
  • NEUR
  • NGC
  • OCI5
  • SDC
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • SLRR1A
  • SLRR1B
  • VCAN
  • XGALT1
Homo sapiens (human)
Attachment and Entry
  • 3a
  • 7a
  • ACE2
  • AGRIN
  • AGRN
  • CTSL
  • CTSL1
  • E
  • FUR
  • FURIN
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • GPC6
  • HAVCR1
  • HEL-220
  • HEL-S-70
  • HSPG1
  • HSPG2
  • KIAA0468
  • KIM1
  • M
  • N
  • NRP
  • NRP1
  • OCI5
  • PACE
  • PCSK3
  • PRSS10
  • S
  • SDC
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • TIM1
  • TIMD1
  • TMPRSS2
  • VCP
  • VEGF165R
Homo sapiens (human)
HS-GAG biosynthesis
  • 3OST
  • 3OST1
  • 3OST2
  • 3OST3A1
  • 3OST3B1
  • 3OST4
  • 3OST5
  • AGRIN
  • AGRN
  • EXT1
  • EXT2
  • GLCE
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • GPC6
  • HFRC
  • HS2ST
  • HS2ST1
  • HS3OST5
  • HS3ST1
  • HS3ST2
  • HS3ST3A
  • HS3ST3A1
  • HS3ST3B
  • HS3ST3B1
  • HS3ST4
  • HS3ST5
  • HS3ST6
  • HS6ST
  • HS6ST1
  • HS6ST2
  • HS6ST3
  • HSPG1
  • HSPG2
  • HSST
  • HSST1
  • HSST2
  • HSST3
  • HSST4
  • KIAA0448
  • KIAA0468
  • KIAA0836
  • NDST1
  • NDST2
  • NDST3
  • NDST4
  • OCI5
  • SDC
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • SLC35D2
  • UGTREL8
Homo sapiens (human)
Non-integrin membrane-ECM interactions
  • AGRIN
  • AGRN
  • CAK
  • DAG1
  • DDR1
  • DDR2
  • DMD
  • EDDR1
  • FGF2
  • FGFB
  • HSPG2
  • KIAA0533
  • KIAA0578
  • KIAA1907
  • LAMA
  • LAMA1
  • LAMA2
  • LAMA3
  • LAMA4
  • LAMA5
  • LAMB1
  • LAMB2
  • LAMB2T
  • LAMB3
  • LAMC1
  • LAMC2
  • LAMC3
  • LAMM
  • LAMNA
  • LAMNB1
  • LAMNB2
  • LAMS
  • NEP
  • NRXN1
  • NTN4
  • NTRK4
  • NTRKR3
  • PALB
  • PDGF1
  • PDGF2
  • PDGFA
  • PDGFB
  • PTK3A
  • RTK6
  • SIS
  • TKT
  • TRKE
  • TTR
  • TYRO10
Homo sapiens (human)
Retinoid metabolism and transport
  • A2MR
  • AGRIN
  • AGRN
  • AKR1B10
  • AKR1B11
  • AKR1C1
  • AKR1C3
  • AKR1C4
  • APC2
  • APOA1
  • APOA2
  • APOA4
  • APOB
  • APOC2
  • APOC3
  • APOE
  • APOER2
  • APOM
  • APR
  • ARSDR1
  • BCDO
  • BCDO1
  • BCDO2
  • BCMO1
  • BCO1
  • BCO2
  • CHDR
  • CLPS
  • CRBP1
  • CRBP2
  • DDH
  • DDH1
  • G3A
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • GPC6
  • GPIHBP1
  • HBP1
  • HSD17B5
  • HSPG1
  • HSPG2
  • KIAA0119
  • KIAA0468
  • LDLR
  • LIPD
  • LPL
  • LRAT
  • LRP1
  • LRP10
  • LRP12
  • LRP2
  • LRP8
  • NG20
  • OCI5
  • PALB
  • PGFS
  • PLB
  • PLB1
  • PNLIP
  • PPSIG
  • PSDR1
  • RBP1
  • RBP2
  • RBP4
  • RDH11
  • RETSAT
  • SDC
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • SDR7C1
  • ST7
  • TTR
Homo sapiens (human)
HS-GAG degradation
  • AGRIN
  • AGRN
  • ELNR1
  • GLB1
  • GLB1L
  • GLB1L2
  • GLB1L3
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • GPC6
  • GUSB
  • HEP
  • HPA
  • HPA1
  • HPA2
  • HPR1
  • HPSE
  • HPSE1
  • HPSE2
  • HSE1
  • HSPG1
  • HSPG2
  • HSS
  • IDS
  • IDUA
  • KIAA0468
  • NAGLU
  • OCI5
  • SDC
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • SGSH
  • SIDS
  • UFHSD1
Homo sapiens (human)
Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS
  • AGRIN
  • AGRN
  • EXT1
  • EXT2
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • GPC6
  • HSPG1
  • HSPG2
  • KIAA0468
  • OCI5
  • SDC
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
Homo sapiens (human)

About Release Notes Help Feedback

International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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GlyCosmos Portal v4.0.0

Last updated: August 19, 2024