GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 101 - 125 of 2090 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
Regulated proteolysis of p75NTR
  • AD3
  • AD4
  • ADAM17
  • APH1A
  • APH1B
  • CSVP
  • KIAA0253
  • NCSTN
  • NFKB1
  • NFKB3
  • NGFR
  • PEN2
  • PS1
  • PS2
  • PSEN1
  • PSEN2
  • PSENEN
  • PSF
  • PSFL
  • PSNL1
  • PSNL2
  • RELA
  • RNF85
  • STM2
  • TACE
  • TNFRSF16
  • TRAF6
Homo sapiens (human)
Formation of axial mesoderm
  • CTNNB
  • CTNNB1
  • FAST1
  • FAST2
  • FOXA1
  • FOXA2
  • FOXH1
  • HNF3A
  • HNF3B
  • LEF1
  • MADH2
  • MADH3
  • MADR2
  • NOTO
  • RTEF1
  • SHH
  • SMAD2
  • SMAD3
  • T
  • TBXT
  • TCF1
  • TCF13L1
  • TCF3A
  • TCF3B
  • TCF7
  • TEAD2
  • TEAD4
  • TEF3
  • TEF4
  • YAP1
  • YAP65
Homo sapiens (human)
Recycling of eIF2:GDP
  • EIF2A
  • EIF2B
  • EIF2B1
  • EIF2B2
  • EIF2B3
  • EIF2B4
  • EIF2B5
  • EIF2BA
  • EIF2BB
  • EIF2BD
  • EIF2BE
  • EIF2G
  • EIF2S1
  • EIF2S2
  • EIF2S3
Homo sapiens (human)
Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives
  • ALOX15
  • ALOX15B
  • COX2
  • GPX1
  • GPX2
  • GPX4
  • LOG15
  • PTGS2
Homo sapiens (human)
RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter
  • BDP1
  • BN51
  • BN51T
  • BRF
  • BRF1
  • C6orf51
  • CRCP
  • GTF2D1
  • GTF3B
  • GTF3C1
  • GTF3C2
  • GTF3C3
  • GTF3C4
  • GTF3C5
  • GTF3C6
  • KIAA0011
  • KIAA1241
  • KIAA1452
  • KIAA1665
  • KIAA1689
  • POLR1C
  • POLR1D
  • POLR1E
  • POLR2E
  • POLR2F
  • POLR2H
  • POLR2K
  • POLR2L
  • POLR3A
  • POLR3B
  • POLR3C
  • POLR3D
  • POLR3E
  • POLR3F
  • POLR3G
  • POLR3GL
  • POLR3H
  • POLR3K
  • POLRF
  • RPC11
  • RPC8
  • TAF3B2
  • TAF3C
  • TBP
  • TF2D
  • TFIID
  • TFNR
Homo sapiens (human)
Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors
  • A15
  • ADTAA
  • AP2A1
  • CLAPA1
  • DXS1692E
  • GLUA1
  • GLUH1
  • GLUR1
  • GLUR2
  • GLUR3
  • GLUR4
  • GLURC
  • GRIA1
  • GRIA2
  • GRIA3
  • GRIA4
  • GRIP1
  • GRIP2
  • GluA2
  • GluA3
  • GluA4
  • KIAA1719
  • MXS1
  • NSF
  • PICK1
  • PKCA
  • PKCB
  • PKCG
  • PRKACA
  • PRKCA
  • PRKCABP
  • PRKCB
  • PRKCB1
  • PRKCG
  • TM4SF2
  • TSPAN7
Homo sapiens (human)
Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor
  • ACTN2
  • CALM
  • CALM1
  • CAM
  • CAM1
  • CAM2
  • CAMK
  • CAMK-II
  • CAMK2
  • CAMK2A
  • CAMK2B
  • CAMK2D
  • CAMK2G
  • CAMKA
  • CAMKB
  • CAMKD
  • CAMKG
  • CDC25
  • DLG1
  • DLG2
  • DLG3
  • DLG4
  • GNRP
  • GRF1
  • GRF2
  • GRIN1
  • GRIN2B
  • GRIN2D
  • GluN2D
  • HRAS
  • HRAS1
  • KIAA0968
  • KIAA1232
  • KIAA1365
  • LAP1
  • LRRC7
  • NEFL
  • NF68
  • NFL
  • NMDAR1
  • NMDAR2B
  • NMDAR2D
  • NRAS
  • PSD95
  • RASGRF1
  • RASGRF2
Homo sapiens (human)
Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway
  • CGA
  • CHST10
  • CHST8
  • FT3B
  • FUCA1
  • FUT3
  • FUT8
  • LE
  • LHB
  • MAN2A1
  • MAN2A2
  • MANA2
  • MANA2X
  • MGAT2
Homo sapiens (human)
Adenylate cyclase activating pathway
  • ADCY1
  • ADCY2
  • ADCY3
  • ADCY4
  • ADCY5
  • ADCY6
  • ADCY7
  • ADCY8
  • ADCY9
  • GNAL
  • KIAA0037
  • KIAA0422
  • KIAA0511
  • KIAA0520
  • KIAA1060
Homo sapiens (human)
Processive synthesis on the lagging strand
  • KIAA0039
  • LIG1
  • PCNA
  • POLA
  • POLA1
  • POLA2
  • POLD
  • POLD1
  • POLD2
  • POLD3
  • POLD4
  • POLDS
  • PRIM1
  • PRIM2
  • PRIM2A
Homo sapiens (human)
betaKlotho-mediated ligand binding
  • FGF19
  • FGFR4
  • JTK2
  • KLB
  • TKF
Homo sapiens (human)
MyD88 cascade initiated on plasma membrane
  • ECSIT
  • IRAK
  • IRAK1
  • IRAK2
  • IRAK4
  • MAP3K1
  • MAPKKK1
  • MEKK
  • MEKK1
  • MYD88
  • RNF85
  • TIL3
  • TLR10
  • TLR5
  • TRAF6
  • flaF
  • fliC
  • hag
Homo sapiens (human)
Sulfide oxidation to sulfate
  • DIC
  • ETHE1
  • HSCO
  • KAT
  • SLC25A10
  • SQOR
  • SQRDL
  • SUOX
  • TST
  • TSTD1
Homo sapiens (human)
RIP-mediated NFkB activation via ZBP1
  • C20orf183
  • CHUK
  • DDX9
  • DHX9
  • DLM1
  • FIP3
  • IKBA
  • IKBB
  • IKBKB
  • IKBKG
  • IKKA
  • IKKB
  • KBRAS1
  • KBRAS2
  • LKP
  • LYT10
  • MAD3
  • MYD88
  • NDH2
  • NEMO
  • NFKB1
  • NFKB2
  • NFKB3
  • NFKBI
  • NFKBIA
  • NFKBIB
  • NKIRAS1
  • NKIRAS2
  • PRVTIRB
  • RELA
  • RIP
  • RIP1
  • RIP3
  • RIPK1
  • RIPK3
  • TCF16
  • TICAM1
  • TLR3
  • TRIF
  • TRIP9
  • ZBP1
Homo sapiens (human)
Zinc influx into cells by the SLC39 gene family
  • BIGM103
  • HKE4
  • IRT1
  • KIAA0062
  • KIAA1265
  • LIV1
  • RING5
  • SLC39A1
  • SLC39A10
  • SLC39A14
  • SLC39A2
  • SLC39A3
  • SLC39A4
  • SLC39A5
  • SLC39A6
  • SLC39A7
  • SLC39A8
  • ZIP1
  • ZIP10
  • ZIP14
  • ZIP2
  • ZIP3
  • ZIP4
  • ZIP5
  • ZIP6
  • ZIP8
  • ZIRTL
Homo sapiens (human)
Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency
  • ACAC
  • ACACA
  • ACC1
  • ACCA
  • HLCS
  • MCCA
  • MCCB
  • MCCC1
  • MCCC2
  • PC
  • PCCA
  • PCCB
Homo sapiens (human)
NTRK2 activates RAC1
  • BDNF
  • DOCK3
  • KIAA0299
  • MOCA
  • NTRK2
  • RAC1
  • TC25
  • TRKB
Homo sapiens (human)
Defective SLC6A2 causes orthostatic intolerance (OI)
  • NAT1
  • NET1
  • SLC6A2
  • SLC6A5
Homo sapiens (human)
Defective B3GALTL causes PpS
  • ADAMTS1
  • ADAMTS10
  • ADAMTS11
  • ADAMTS12
  • ADAMTS13
  • ADAMTS14
  • ADAMTS15
  • ADAMTS16
  • ADAMTS17
  • ADAMTS18
  • ADAMTS19
  • ADAMTS2
  • ADAMTS20
  • ADAMTS21
  • ADAMTS3
  • ADAMTS4
  • ADAMTS5
  • ADAMTS6
  • ADAMTS7
  • ADAMTS8
  • ADAMTS9
  • ADAMTSL1
  • ADAMTSL2
  • ADAMTSL3
  • ADAMTSL4
  • ADAMTSL5
  • ADAMTSR1
  • ADMP2
  • B3GALTL
  • B3GLCT
  • B3GTL
  • C8orf84
  • C9orf8
  • C9orf94
  • CFP
  • DIL1
  • KIAA0366
  • KIAA0605
  • KIAA0688
  • KIAA0762
  • KIAA0960
  • KIAA1233
  • KIAA1312
  • KIAA1346
  • KIAA1445
  • KIAA1679
  • KIAA2029
  • KIAA2036
  • METH1
  • METH2
  • PCINP
  • PCPNI
  • PFC
  • RPESP
  • SBSPON
  • SEMA5A
  • SEMA5B
  • SEMAF
  • SEMAG
  • SPON1
  • SPON2
  • SSPO
  • SSPOP
  • THBS1
  • THBS2
  • THSD1
  • THSD4
  • THSD6
  • THSD7A
  • THSD7B
  • TMTSP
  • TSP
  • TSP1
  • TSP2
  • TSRC1
  • VSGP
Homo sapiens (human)
Formation of the ureteric bud
  • BMP2B
  • BMP4
  • CDHF12
  • CDHR16
  • CKTSF1B1
  • DAND2
  • DRM
  • DVR4
  • EGFL6L
  • EYA1
  • FKHL14
  • FKHL7
  • FNRB
  • FOXC1
  • FOXC2
  • FREAC3
  • GDNF
  • GDNFRA
  • GFRA1
  • GREM1
  • HOX1I
  • HOX3H
  • HOX4F
  • HOXA11
  • HOXC11
  • HOXD11
  • ITGA8
  • ITGB1
  • KIAA1568
  • MDF2
  • MFH1
  • MSK12
  • NPNT
  • PAX2
  • POEM
  • PTC
  • RET
  • RETL1
  • ROBO2
  • SAL1
  • SALL1
  • SIX1
  • SIX2
  • SLIL3
  • SLIT2
  • TRNR1
  • WNT11
  • ZNF794
Homo sapiens (human)
Beta oxidation of decanoyl-CoA to octanoyl-CoA-CoA
  • ACADM
  • ECHS1
  • HAD
  • HAD1
  • HADH
  • HADHA
  • HADHB
  • HADHSC
  • MECR
  • NBRF1
  • SCHAD
Homo sapiens (human)
Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex
  • DLAT
  • DLD
  • DLTA
  • GCSL
  • GSTZ1
  • KIAA1348
  • KIAA1990
  • LAD
  • MAAI
  • PDHA1
  • PDHA2
  • PDHAL
  • PDHB
  • PDHK1
  • PDHK2
  • PDHK3
  • PDHK4
  • PDHX
  • PDK1
  • PDK2
  • PDK3
  • PDK4
  • PDP
  • PDP1
  • PDP2
  • PDPR
  • PDX1
  • PHE1A
  • PHE1B
  • PHE3
  • PPM2C
  • SIR2L4
  • SIRT4
Homo sapiens (human)
FCGR3A-mediated IL10 synthesis
  • ADCY1
  • ADCY2
  • ADCY3
  • ADCY4
  • ADCY5
  • ADCY6
  • ADCY7
  • ADCY8
  • ADCY9
  • AHCYL1
  • CALM
  • CALM1
  • CAM
  • CAM1
  • CD16A
  • CD32
  • CD3G
  • DCAL
  • FCG1
  • FCG2
  • FCG3
  • FCGR1
  • FCGR1A
  • FCGR2A
  • FCGR2A1
  • FCGR3
  • FCGR3A
  • FGR
  • FYN
  • HCK
  • IGFR1
  • IGFR2
  • IGFR3
  • IGHG1
  • IGHG2
  • IGHG3
  • IGHG4
  • IGHV
  • IGHV1-2
  • IGHV1-46
  • IGHV1-69
  • IGHV2-5
  • IGHV2-70
  • IGHV3-11
  • IGHV3-13
  • IGHV3-23
  • IGHV3-30
  • IGHV3-33
  • IGHV3-48
  • IGHV3-53
  • IGHV3-7
  • IGHV3-9
  • IGHV4-34
  • IGHV4-39
  • IGHV4-59
  • IGHV7-81
  • IGKC
  • IGKV1-12
  • IGKV1-16
  • IGKV1-17
  • IGKV1-33
  • IGKV1-39
  • IGKV1-5
  • IGKV1D-12
  • IGKV1D-16
  • IGKV1D-33
  • IGKV1D-39
  • IGKV2-28
  • IGKV2-29
  • IGKV2-30
  • IGKV2D-28
  • IGKV2D-30
  • IGKV2D-40
  • IGKV3-11
  • IGKV3-15
  • IGKV3-20
  • IGKV3D-20
  • IGKV4-1
  • IGKV5-2
  • IGLC1
  • IGLC2
  • IGLC3
  • IGLC6
  • IGLC7
  • IGLV
  • IGLV1-40
  • IGLV1-44
  • IGLV1-47
  • IGLV1-51
  • IGLV2-11
  • IGLV2-14
  • IGLV2-23
  • IGLV2-8
  • IGLV3-1
  • IGLV3-19
  • IGLV3-21
  • IGLV3-25
  • IGLV3-27
  • IGLV6-57
  • IGLV7-43
  • IL10
  • INSP3R1
  • IRBIT
  • ITPR1
  • ITPR2
  • ITPR3
  • JTK8
  • KIAA0037
  • KIAA0422
  • KIAA0511
  • KIAA0520
  • KIAA1060
  • LPG1G
  • LPG1G2
  • LYN
  • PKACA
  • PKR1
  • PKR2
  • PKX1
  • PLC1
  • PLCG1
  • PLCG2
  • PRKACA
  • PRKACB
  • PRKACG
  • PRKAR1
  • PRKAR1A
  • PRKAR1B
  • PRKAR2
  • PRKAR2A
  • PRKAR2B
  • PRKX
  • SRC2
  • SYK
  • T3G
  • TSE1
  • V1-11
  • V1-13
  • V1-16
  • V1-20
  • V1-3
  • V1-5
  • V1-7
  • V1-9
  • V2-11
  • V2-15
  • V2-17
  • V2-19
  • V2-8
  • V3-2
  • V3-3
  • V3-4
  • V4-1
  • V4-2
  • V4-6
  • V5-1
  • V5-4
  • V5-6
  • XPVKONA
  • YES
  • YES1
Homo sapiens (human)
Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA)
  • EAAC1
  • EAAT3
  • HEAAC1
  • SLC1A1
Homo sapiens (human)
BBSome-mediated cargo-targeting to cilium
  • 99D8.1
  • ARL6
  • BBIP1
  • BBIP10
  • BBS1
  • BBS10
  • BBS12
  • BBS2
  • BBS2L1
  • BBS2L2
  • BBS3
  • BBS4
  • BBS5
  • BBS6
  • BBS7
  • BBS8
  • BBS9
  • C12orf58
  • C21orf112
  • C4orf24
  • CCT1
  • CCT2
  • CCT3
  • CCT4
  • CCT5
  • CCT8
  • CCTA
  • CCTB
  • CCTD
  • CCTE
  • CCTG
  • CCTQ
  • GPR24
  • KIAA0002
  • KIAA0098
  • LZTFL1
  • MCHR1
  • MKKS
  • NCRNA00081
  • PTHB1
  • RAB3IP
  • RABIN8
  • SLC1
  • SMO
  • SMOH
  • SRB
  • SSTR3
  • TCP1
  • TRIC5
  • TTC8
Homo sapiens (human)

About Release Notes Help Feedback

International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Contact: support@glycosmos.org

This work is licensed under Creative Commons Attribution 4.0 International


GlyCosmos Portal v4.0.0

Last updated: August 19, 2024